El presente estudio tuvo como objetivo investigar las modificaciones físicas, estructurales y reológicas causadas por el proceso de modificación química de la pectina cítrica. Por lo tanto, tres pectinas cítricas comerciales con diferente grado de esterificación fueron modificadas químicamente mediante un proceso hidrolítico alcalino y ácido secuencial para producir pectinas cítricas modificadas (MCP) con propiedades especiales. Se investigó la masa molar (Mw), el grado de esterificación (DE), la composición de monosacáridos, los espectros de 13C NMR, la homogeneidad, la morfología (SEM) y el comportamiento reológico de las pectinas cítricas nativas y modificadas (MCP). La modificación química redujo el contenido de ácido urónico (hasta 28,3%) y la masa molar (hasta 29,98%), sin embargo, mostró poca influencia en el grado de esterificación de las pectinas nativas. Las pectinas cítricas modificadas presentaron mayores cantidades de monosacáridos neutros, principalmente galactosa, arabinosa y ramnosa, típicas de la región Ramnogalacturonana-I (RG-I). Las pruebas reológicas indicaron que las pectinas cítricas nativas y modificadas presentaron comportamiento pseudoplástico, sin embargo, las muestras de MCP fueron menos viscosas, en comparación con las nativas. Las muestras modificadas presentaron mejor disolución en agua y geles menos fuertes, con buena estabilidad durante el cizallamiento oscilatorio a 25 ° C. Este estudio tiene como objetivo comprender mejor las implicaciones que las modificaciones químicas pueden imponer sobre la estructura de las pectinas cítricas.