La présente étude visait à étudier les modifications physiques, structurelles et rhéologiques provoquées par le processus de modification chimique de la pectine d’agrumes. Par conséquent, trois pectines d’agrumes commerciales avec un degré d’estérification différent ont été chimiquement modifiées par un processus d’hydrolyse alcalin et acide séquentiel pour produire des pectines d’agrumes modifiées (MCP) avec des propriétés spéciales. La masse molaire (Mw), le degré d’estérification (DE), la composition des monosaccharides, les spectres RMN 13C, l’homogénéité, la morphologie (SEM) et le comportement rhéologique des pectines d’agrumes natives et modifiées (MCP) ont été étudiés. La modification chimique a réduit la teneur en acide uronique (jusqu’à 28,3%) et la masse molaire (jusqu’à 29,98%), cependant, a montré peu d’influence sur le degré d’estérification des pectines natives. Les pectines d’agrumes modifiées présentaient des quantités plus élevées de monosaccharides neutres, principalement du galactose, de l’arabinose et du rhamnose, typiques de la région Ramnogalacturonana-I (RG-I). Les tests rhéologiques ont indiqué que les pectines d’agrumes natives et modifiées présentaient un comportement pseudoplastique, cependant, les échantillons de MCP étaient moins visqueux que les échantillons natifs. Les échantillons modifiés présentaient une meilleure dissolution dans l’eau et des gels moins forts, avec une bonne stabilité lors du cisaillement oscillatoire à 25 ° C. Cette étude vise à mieux comprendre les implications que les modifications chimiques peuvent imposer sur la structure des pectines d’agrumes.