Global Alignment

Nástroje pro globální zarovnání vytvářejí end-to-end zarovnání sekvencí, které mají být zarovnány.

Needle (EMBOSS)

EMBOSS Needle vytváří optimální globální zarovnání dvou sekvencí pomocí algoritmu Needleman-Wunsch.

Launch Needle

Stretcher (EMBOSS)

EMBOSS Stretcher používá modifikaci algoritmu Needleman-Wunsch, která umožňuje globálně zarovnat větší sekvence.

Launch Stretcher

Místní zarovnání

Místní nástroje pro zarovnání najdou jednu nebo více zarovnání popisujících nejpodobnější oblasti v sekvencích, které mají být zarovnány. Mohou srovnávat proteinové a nukleotidové sekvence.

Voda (EMBOSS)

EMBOSS Voda používá k výpočtu lokálního zarovnání dvou sekvencí algoritmus Smith-Waterman (upravený pro zvýšení rychlosti).

Launch Water

Matcher (EMBOSS)

EMBOSS Matcher identifikuje lokální podobnosti mezi dvěma sekvencemi pomocí přísného algoritmu založeného na aplikaci LALIGN.

Launch Matcher

LALIGN

LALIGN najde interní duplikace výpočtem neprotínajících se lokálních srovnání proteinových nebo DNA sekvencí.

Spustit LALIGN