Wyrównanie globalne

Narzędzia do wyrównywania globalnego tworzą wyrównanie od końca do końca sekwencji do wyrównywania.

Needle (EMBOSS)

EMBOSS Needle tworzy optymalne globalne dopasowanie dwóch sekwencji przy użyciu algorytmu Needleman-Wunsch.

Launch Needle

Stretcher (EMBOSS)

EMBOSS Stretcher wykorzystuje modyfikację algorytmu Needleman-Wunsch, która umożliwia globalne wyrównanie większych sekwencji.

Uruchom rozciągacz

Lokalne wyrównanie

Lokalne narzędzia do wyrównywania znajdują jedno lub więcej dopasowań opisujących najbardziej podobny region (y) w sekwencjach do wyrównania. Mogą dopasować sekwencje białek i nukleotydów.

Water (EMBOSS)

EMBOSS Water wykorzystuje algorytm Smitha-Watermana (zmodyfikowany w celu zwiększenia szybkości) do obliczenia lokalnego dopasowania dwóch sekwencji.

Launch Water

Matcher (EMBOSS)

EMBOSS Matcher identyfikuje lokalne podobieństwa między dwiema sekwencjami przy użyciu rygorystycznego algorytmu opartego na aplikacji LALIGN.

Uruchom dopasowywanie

LALIGN

LALIGN znajduje wewnętrzne duplikacje, obliczając nieprzecinające się lokalne dopasowania sekwencji białek lub DNA.

Uruchom LALIGN