Fort Wagner, en del av det formidable konfødererte forsvaret av Charleston Harbour, ble bygget på Morris Island på den sørlige kanten av bukten. Fortets 30 meter høye jord og sandfylte vegger beskyttet 14 tunge artilleribiter som kunne bære angripere eller krigsskip som prøvde å komme inn i havnen. Union Navy forsøkte å redusere forsvaret til Charleston tidlig i 1863 med liten suksess. Tidlig Juni forsøkte brigadegeneral Quincy Gillmore å fange batteriene på Morris Island og bruke dem mot Fort Sumter i havnens inngang. 11. juni beordret Gillmore et angrep på Fort Wagner med en brigade, som hadde liten suksess. Strandhodet hans ble forsterket, og Gillmore planla å angripe fortet igjen. I skumringen 18. juli stormet et angrep som ble ledet av det 54. Massachusetts Infantry, et afroamerikansk regiment, og fanget de ytre riflegropene rundt fortet. Enhetens oberst, Robert Gould Shaw, ble drept. Ni andre regimenter i to brigader skalerte brystningen og gikk inn i fortet, men etter brutal hånd-til-hånd-kamp ble kjørt ut med store tap. Ikke overbevist om suksessen med frontale overgrep, benyttet føderalene seg til land- og sjø beleiringsoperasjoner for å redusere fortet. De konfødererte forlot Fort Wagner 7. september 1863, etter å ha motstått 60 dagers beskytning. Det 54. Massachusetts spilte en avgjørende kamprolle og beviste for skeptikere at afroamerikanske soldater ville kjempe tappert hvis de fikk sjansen.