Globaali tasaus

Globaalit kohdistustyökalut luovat tasattavien sekvenssien päästä päähän -tasaus.

Neula (EMBOSS)

EMBOSS Neula luo kahden sekvenssin optimaalisen globaalin kohdistuksen Needleman-Wunsch-algoritmilla.

Käynnistä neula

Stretcher (EMBOSS)

EMBOSS Stretcher käyttää Needleman-Wunsch-algoritmin muunnosta, jonka avulla suuremmat sekvenssit voidaan kohdistaa maailmanlaajuisesti. Ne voivat kohdistaa proteiini- ja nukleotidisekvenssit.

Vesi (EMBOSS)

EMBOSS Water käyttää Smith-Waterman-algoritmia (modifioitu nopeuden parantamiseksi) kahden sekvenssin paikallisen kohdistuksen laskemiseksi.

Käynnistysvesi

Matcher (EMBOSS)

EMBOSS Matcher tunnistaa paikalliset yhtäläisyydet kahden sekvenssin välillä käyttämällä tiukkaa LALIGN-sovellukseen perustuvaa algoritmia.

Käynnistä Matcher

LALIGN

LALIGN löytää sisäiset päällekkäisyydet laskemalla proteiini- tai DNA-sekvenssien ei-leikkaavat paikalliset kohdistukset.

Käynnistä LALIGN