Globale uitlijning

Globale uitlijningstools creëren een end-to-end uitlijning van de uit te lijnen sequenties.

Needle (EMBOSS)

EMBOSS Needle creëert een optimale globale uitlijning van twee sequenties met behulp van het Needleman-Wunsch-algoritme.

Launch Needle

Brancard (EMBOSS)

EMBOSS Brancard gebruikt een modificatie van het Needleman-Wunsch-algoritme waarmee grotere reeksen globaal kunnen worden uitgelijnd.

Stretcher starten

Lokale uitlijning

Lokale uitlijningstools vinden een of meer uitlijningen die de meest vergelijkbare regio (‘s) binnen de uit te lijnen reeksen beschrijven. Ze kunnen eiwit- en nucleotidesequenties uitlijnen.

Water (EMBOSS)

EMBOSS Water gebruikt het Smith-Waterman-algoritme (aangepast voor snelheidsverbeteringen) om de lokale uitlijning van twee sequenties te berekenen.

Launch Water

Matcher (EMBOSS)

EMBOSS Matcher identificeert lokale overeenkomsten tussen twee sequenties met behulp van een rigoureus algoritme gebaseerd op de LALIGN-applicatie.

Launch Matcher

LALIGN

LALIGN vindt interne duplicaties door niet-doorsnijdende lokale uitlijningen van eiwit- of DNA-sequenties te berekenen.

LALIGN starten