Allineamento globale

Gli strumenti di allineamento globale creano un allineamento end-to-end delle sequenze da allineare.

Needle (EMBOSS)

EMBOSS Needle crea un allineamento globale ottimale di due sequenze utilizzando l’algoritmo Needleman-Wunsch.

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Stretcher (EMBOSS)

EMBOSS Stretcher utilizza una modifica dell’algoritmo di Needleman-Wunsch che consente di allineare globalmente sequenze più grandi.

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Allineamento locale

Gli strumenti di allineamento locale trovano uno o più allineamenti che descrivono le regioni più simili all’interno delle sequenze da allineare. Possono allineare sequenze di proteine e nucleotidi.

Water (EMBOSS)

EMBOSS Water utilizza l’algoritmo Smith-Waterman (modificato per aumentare la velocità) per calcolare l’allineamento locale di due sequenze.

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Matcher (EMBOSS)

EMBOSS Matcher identifica le somiglianze locali tra due sequenze utilizzando un rigoroso algoritmo basato sull’applicazione LALIGN.

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LALIGN

LALIGN trova duplicazioni interne calcolando allineamenti locali non intersecanti di sequenze di proteine o DNA.

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