Különbség az eukarióta és a prokarióta promóterek között két rövid szekvenciából áll -10 és -35 pozícióban a transzkripció kezdő helyétől felfelé.
- A -10-es szekvenciát Pribnow mezőnek, vagy -10 elemnek hívják, és általában a TATAAT hat nukleotidból áll. A Pribnow mező feltétlenül szükséges a prokarióták transzkripciójának megkezdéséhez.
- A másik -35-ös szekvencia (a -35 elem) általában a TTGACA hat nukleotidból áll. Jelenléte nagyon magas átírási sebességet tesz lehetővé.
Eukarióta promóterek
Az eukarióta promóterek rendkívül sokfélék és nehezen jellemezhetők. Jellemzően a géntől lefelé fekszenek, és több kilobázissal rendelkezhetnek szabályozó elemekkel a transzkripciós kiindulási helytől. Az eukariótákban a transzkripciós komplex a DNS visszahajlásához vezethet, ami lehetővé teszi a szabályozó szekvenciák elhelyezését a transzkripció tényleges helyétől távol. Sok eukarióta promóter tartalmaz egy TATA dobozt (TATAAA szekvencia), amely viszont megköti a TATA kötő fehérjét, amely elősegíti az RNS polimeráz transzkripciós komplex képződését. A TATA doboz általában nagyon közel fekszik az átírás kezdő helyéhez (gyakran 50 bázison belül).
