Použití intravenózního vankomycinu by mělo být omezeno na závažné infekce způsobené citlivými stafylokoky nebo jinými grampozitivními bakteriemi, pokud jsou jiná antibiotika neúčinná nebo nejsou tolerována .
Vankomycin je lékem volby pro závažné infekce způsobené meticilin-rezistentním Staphylococcus aureus a koaguláza-negativní stafylokoky (včetně S epidermidis). Mezi tyto infekce patří septikemie, endokarditida, osteomyelitida, pneumonie, plicní abscesy, infekce měkkých tkání, infekce ran a meningitida. K léčbě meningitidy může být nutné bederní intratekální nebo intraventrikulární podání.
Methicilin-rezistentní Staphylococcus epidermidis (a další koaguláza-negativní stafylokoky) se stal důležitou příčinou infekcí spojených se zavedenými zařízeními, včetně protetických srdečních chlopní, protetických boků, zkratů mozkomíšního moku a intravenózních (např. ) katétry. Vancomycin je lék volby pro léčbu těchto infekcí. U endokarditidy protetické chlopně způsobené S epidermidis rezistentní na methicilin se doporučuje intravenózní vankomycin v kombinaci s rifampinem a gentamicinem po dobu dvou týdnů, následovaný vankomycinem a rifampinem další čtyři týdny. Je často vyžadován chirurgický zákrok.
Vankomycin se doporučuje u závažných stafylokokových infekcí u pacientů, kteří nemohou dostávat (např. kvůli přecitlivělosti) nebo nereagovali na peniciliny a cefalosporiny.
Kombinace vankomycinu s gentamicinem nebo streptomycinem (pro citlivé kmeny) je režimem volby u enterokokové endokarditidy u pacientů alergických na penicilin. Přestože vankomycin lze použít k léčbě endokarditidy způsobené streptokoky viridany u pacientů alergických na penicilin, jsou obvykle upřednostňovány cefalosporiny první generace (např. Cefazolin, cefalothin, cefapirin) (pokud také neexistuje přecitlivělost na cefalosporiny).
Při intravenózním podání je vankomycin užitečný k profylaxi infekční endokarditidy u vysoce rizikových pacientů, kteří jsou alergičtí na penicilin a podstupují zubní nebo jiné chirurgické zákroky.
Vankomycin je alternativou k cefalosporinům první generace nebo antistafylokokovým penicilinům k profylaxi během určitých chirurgických zákroků (např. náhrada srdeční chlopně, totální náhrada kyčelního kloubu) u pacientů alergických na peniciliny a cefalosporiny.
Vankomycin je lék volby pro neobvyklé pneumokokové infekce rezistentní na penicilin G a pro závažné infekce (např. endokarditida protetické chlopně) způsobené kmeny JK korynebakterií rezistentní na penicilin. Může být účinný při meningitidě Flavobacterium meningosepticum, která je rezistentní na jiná antimikrobiální činidla.
Při intravenózním nebo intraperitoneálním podání je tento lék užitečný při léčbě peritonitidy spojené s kontinuální ambulantní peritoneální dialýzou (CAPD). Grampozitivní bakterie, zejména stafylokoky, jsou nejčastějšími původci těchto infekcí.
Vankomycin je špatně absorbován z gastrointestinálního traktu. Perorální vankomycin je lékem volby pro pseudomembranózní kolitidu spojenou s antibiotiky (AAPMC) způsobenou Clostridium difficile, zejména u vážně nemocných pacientů; perorální metronidazol se však jeví jako účinná a podstatně levnější alternativa pro mírné až středně závažné onemocnění a je u těchto pacientů často preferován.