Cyrkon został odkryty przez Martina Heinricha Klaprotha, niemieckiego chemika, podczas analizy składu żargonu mineralnego (ZrSiO4) w 1789 roku. Cyrkon był wyizolowany przez szwedzkiego chemika Jönsa Jacoba Berzeliusa w 1824 r. i ostatecznie przygotowany w czystej postaci w 1914 r. Uzyskanie czystego cyrkonu jest bardzo trudne, ponieważ jest chemicznie podobny do hafnu, pierwiastka, który zawsze występuje zmieszany ze złożami cyrkonu. Obecnie większość cyrkonu uzyskuje się z minerałów cyrkonu (ZrSiO4) i baddeleyitu (ZrO2) w procesie znanym jako proces Krolla.

Cyrkon jest metalem odpornym na korozję, używanym w pompach i zaworach o wysokiej wydajności. Ponieważ również nie absorbuje łatwo neutronów, cyrkon jest szeroko stosowany w reaktorach jądrowych. Energetyka jądrowa zużywa prawie 90% cyrkonu produkowanego każdego roku, który musi być prawie wolny od hafnu. Cyrkon jest również stosowany jako dodatek stopowy w stali, do wytwarzania niektórych rodzajów sprzętu chirurgicznego oraz jako getter, materiał, który łączy się z gazami śladowymi i usuwa z nich.

Cyrkon (ZrSiO4) to cyrkon związek, który może przybierać różne formy, z których najpopularniejszym jest czysty, przezroczysty kamień, który można wyciąć, aby wyglądał jak diament i jest często używany w biżuterii. Dwutlenek cyrkonu (ZrO2) jest odporny na bardzo wysokie temperatury i jest używany do produkcji tygli oraz do wyściełania ścian pieców wysokotemperaturowych. Węglan cyrkonu (3ZrO2 · CO2 · H2O) jest stosowany w balsamach do leczenia trującego bluszczu.