Zirkonium objevil německý chemik Martin Heinrich Klaproth při analýze složení minerálního žargonu (ZrSiO4) v roce 1789. Zirkonium bylo izoloval švédský chemik Jöns Jacob Berzelius v roce 1824 a nakonec byl připraven v čisté formě v roce 1914. Získání čistého zirkonia je velmi obtížné, protože je chemicky podobný hafniu, prvku, který se vždy vyskytuje ve směsi s usazeninami zirkonia. Dnes se většina zirkonia získává z minerálů zirkonu (ZrSiO4) a baddeleyitu (ZrO2) procesem známým jako Krollův proces.

Zirkon je kov odolný proti korozi, který se používá ve vysoce výkonných čerpadlech a ventilech. Vzhledem k tomu, že také snadno neabsorbuje neutrony, je zirkonium široce používán v jaderných reaktorech. Jaderná energetika využívá téměř 90% zirkonia vyrobeného každý rok, který musí být téměř bez hafnia. Zirkonium se také používá jako legovací činidlo v oceli k výrobě některých typů chirurgických zařízení a jako getr, materiál, který se kombinuje se stopovými plyny a odstraňuje z nich vakuové trubice.

Zirkon (ZrSiO4) je zirkonium sloučenina, která může mít mnoho různých forem, z nichž nejpopulárnější je čirý a transparentní drahokam, který lze brousit tak, aby vypadal jako diamant a často se používá v klenotnictví. Oxid zirkoničitý (ZrO2) vydrží velmi vysoké teploty a používá se k výrobě kelímků a k obložení stěn vysokoteplotních pecí. Uhličitan zirkoničitý (3ZrO2 · CO2 · H2O) se používá v krémech k léčbě jedovatého břečťanu.