Mezi anti-nukleárními protilátkami mají v klinické praxi nejvyšší význam anti-Sm a anti-RNP protilátky . Anti-Sm protilátky jsou namířeny proti 7 proteinům (B / B „, D1, D2, D3, E, F, G), které tvoří společné jádro malých částic U1, U2, U4 a U5 malých jaderných ribonukleoproteinů (snRNP); B / B “, D1 a D3 jsou zaměřeny častěji. Anti-RNP protilátky reagují s proteiny (70 Kd, A, C), které jsou spojeny s U1 RNA a tvoří U1snRNP. Anti-Sm a anti-RNP protilátky jsou namířeny proti diskontinuálním i lineárním epitopům, které jsou buď obsaženy v proteinové sekvenci, nebo jsou posttranslačně modifikovány. Testy k detekci anti-Sm a anti-RNP protilátek jsou antiimmunoelektroforéza (CIE), imunoblot a ELISA, založené na purifikovaných nebo rekombinantních proteinech nebo syntetických peptidech. Anti-Sm protilátky jsou detekovatelné u procenta pacientů se SLE v rozmezí 5 až 30%; jsou častější u černochů a kvůli své vysoké specificitě pro SLE byly zahrnuty do sérologických kritérií pro diagnostiku onemocnění. Anti-RNP jsou detekovatelné u 25–47% pacientů se SLE; vysoké titry anti-RNP protilátek jsou diagnostikou smíšené poruchy pojivové tkáně (MCTD). Měření protilátek anti-Sm a anti-RNP je důležitější v diagnostice SLE než v následném sledování pacientů. Protilátky anti-RNP jsou však častější u pacientů s Raynaudovým fenoménem a jsou spojeny s mírnějším postižením ledvin. Naopak, protilátky anti-Sm jsou spojeny se závažností a aktivitou postižení ledvin. Specifičnost anti-Sm protilátky společně s epidemiologickými údaji naznačují, že infekce virem Epstein-Barr má potenciál indukovat protilátky anti-Sm molekulární mimikry. Protijaderné protilátky, charakteristický znak systémových autoimunitních onemocnění, zahrnují několik populací protilátek s různými specificitami. oni, anti-Sm a anti-RNP protilátky jsou v klinické praxi nanejvýš důležité; ve výzkumu studium mechanismů vyvolávajících jejich produkci otevřelo nové perspektivy a pomohlo objasnit patogenezi autoimunitních poruch.