Trots den egyptiska närvaron i Övre Nubien fortsatte den inhemska kulturen i regionen att blomstra. Denna kultur påverkades djupt av afrikanska folk i söder och förändrades lite av närheten till egyptiska garnisoner eller importen av lyxartiklar från egyptiska handlare. Egentligen verkar egyptiseringen av Nubia faktiskt ha förbättrats under nedgången i Egyptens politiska kontroll över Nubien under den andra mellanperioden (ca 1630–1540 f.Kr.), då nubierna i stort antal anställdes som legosoldater mot de asiatiska Hyksos-inkräktarna till Egypten. Denna erfarenhet gjorde mer för att införa egyptisk kultur, som legosoldaterna absorberade när de kämpade i egyptiska arméer, än de föregående århundradena av den egyptiska militära ockupationen. Omvänt bidrog närvaron av dessa legosoldater till Egypten till det växande afrikanska inflytandet inom den egyptiska kulturen.
Hyksos nederlag var resultatet av en nationell uppväxt av egyptierna som, när de en gång hade utvisat Hyksos från Nildalen, vände sin energi söderut för att återupprätta den militära ockupationen i Nubia som Hyksos-invasionen hade stört. Under Thutmose I (regerade 1493 – ca 1482 f.Kr.) fullbordades den egyptiska erövringen av norra Sudan så långt som till Kurqus, 50 mil söder om Abū Ḥamad, och efterföljande egyptiska militära expeditioner trängde in ännu längre upp på Nilen. Denna tredje egyptiska ockupation var den mest fullständiga och mest varaktiga, för trots sporadiska uppror mot egyptisk kontroll delades Nubia upp i två administrativa enheter: Wawat i norr, med sin provinshuvudstad Aswān och Kush (även stavad Cush) i söder, med sitt huvudkontor i Napata (Marawī). Nubien som helhet styrdes av en vicekonge, vanligtvis en medlem av det kungliga följet, som var ansvarig gentemot den egyptiska faraon. Under honom fanns två suppleanter, en för Wawat och en för Kush, och en hierarki av mindre tjänstemän. Byråkratin bemannades främst av egyptier, men egyptiserade nubier var inte ovanliga. Kolonier av egyptiska tjänstemän, handlare och präster omringade de administrativa centren, men bortom dessa utposter fortsatte nubierna att bevara sina egna distinkta traditioner, seder och hantverk. En synkretistisk kultur uppstod således i Kush, formad av den i Egypten i norr och de afrikanska folken i söder.
Kushs ståndpunkt mot handelsvägarna från Egypten till Röda havet och från Nilen till söder och väst, förde betydande välstånd från avlägsna platser. Dessutom var dess odlade områden längs Nilen rika, och i kullarna producerade guld- och smaragdgruvor guldfärg och juveler för Egypten. Nubierna uppskattades också högt som soldater.
När Egypten återigen sjönk till nedgång i slutet av Nya kungariket (1100-talet fvt) blev vicekungarna i Kush, med stöd av deras nubiska arméer, praktiskt taget oberoende kungar, fri från egyptisk kontroll. Vid 800-talet f.Kr. kom Kushs kungar från ärftliga härskande familjer av egyptiserade nubiska chefer som varken hade politiska eller familjeband med Egypten. Under en sådan kung, Kashta, förvärvade Kush kontrollen över övre (dvs. södra) Egypten, och under sin son Piye (tidigare känd som Piankhi; regerade cirka 750 – ca 719 f.Kr.) hela Egypten till Medelhavets stränder. fördes under administrationen av Kush. Som en världsmakt skulle dock Kush inte hålla. Precis när kungarna i Kush hade etablerat sitt styre från Abū Ḥamad till Nildeltaet, invaderade assyrierna Egypten (671 f.Kr.) och besegrade Kushs arméer under den otvivelaktiga Taharqa med sina överlägsna järnsmide vapen. år 654 hade kusiterna drivits tillbaka till Nubia och säkerheten för deras huvudstad, Napata.
Även om de hade reducerats från en stormakt till ett isolerat kungarike bakom de karga kullarna som blockerade söderutflyttningen från Aswān, fortsatte Kush att härska över mitten av Nilen i ytterligare tusen år. Dess unika egyptisk-nubiska kultur med dess starka afrikanska tillväxt bevarades, medan den i Egypten kom under persisk, grekisk och romersk inflytande. Även om egyptiseringen på många sätt var Kush-kulturen inte bara den egyptiska civilisationen i en nubisk miljö. Kushiterna utvecklade sitt eget språk, uttryckt först av egyptiska hieroglyfer, sedan av sitt eget och slutligen av ett kursivt manus. De dyrkade egyptiska gudar men övergav inte sina egna. De begravde sina kungar i pyramider men inte på egyptiskt sätt. Deras rikedom fortsatte att flyta från gruvorna och växa med sin kontroll över handelsvägarna. Strax efter reträtten från Egypten flyttades huvudstaden från Napata söderut till Meroe nära Shandī, där riket alltmer exponerades för de sedan länge etablerade afrikanska kulturerna längre söderut just då dess band med Egypten snabbt försvann.Den efterföljande historien om Kush är en av gradvis förfall och slutar med glansfull utrotning år 350 e.Kr. av kungen av Aksum, som marscherade ner från de etiopiska högländerna, förstörde Meroe och avskedade de avfallna städerna längs floden.
