Trotz der ägyptischen Präsenz in Obernubien blühte die indigene Kultur der Region weiter auf. Diese Kultur wurde stark von afrikanischen Völkern im Süden beeinflusst und durch die Nähe ägyptischer Garnisonen oder den Import von Luxusartikeln durch ägyptische Händler kaum verändert. Tatsächlich scheint die Ägyptisierung Nubiens während des Rückgangs der politischen Kontrolle Ägyptens über Nubien in der zweiten Zwischenzeit (ca. 1630–1540 v. Chr.), Als Nubier in großer Zahl als Söldner gegen die asiatischen Hyksos-Invasoren von Nubien eingesetzt wurden, tatsächlich verstärkt worden zu sein Ägypten. Diese Erfahrung trug mehr zur Einführung der ägyptischen Kultur bei, die die Söldner während des Kampfes in ägyptischen Armeen aufnahmen, als die vorangegangenen Jahrhunderte der ägyptischen militärischen Besetzung. Umgekehrt trug die Anwesenheit dieser Söldner in Ägypten zum wachsenden afrikanischen Einfluss innerhalb der ägyptischen Kultur bei.
Die Niederlage der Hyksos war das Ergebnis eines nationalen Aufstands der Ägypter, die die Hyksos nach ihrer Vertreibung vertrieben hatten Das Niltal richtete seine Kräfte nach Süden, um die militärische Besetzung von Nubien wiederherzustellen, die durch die Hyksos-Invasion gestört worden war. Unter Thutmose I. (reg. 1493 – 1482 v. Chr.) Wurde die ägyptische Eroberung des Nordsudan bis nach Kurqus, 50 Meilen südlich von Abū Ḥamad, abgeschlossen, und nachfolgende ägyptische Militärexpeditionen drangen noch weiter den Nil hinauf. Diese dritte ägyptische Besetzung war die vollständigste und nachhaltigste, denn trotz sporadischer Aufstände gegen die ägyptische Kontrolle war Nubien in zwei Verwaltungseinheiten unterteilt: Wawat im Norden mit seiner Provinzhauptstadt Aswān und Kush (auch Cush geschrieben) der Süden mit seinem Hauptsitz in Napata (Marawī). Nubien als Ganzes wurde von einem Vizekönig regiert, normalerweise einem Mitglied des königlichen Gefolges, der dem ägyptischen Pharao verantwortlich war. Unter ihm befanden sich zwei Abgeordnete, einer für Wawat und einer für Kush, und eine Hierarchie kleinerer Beamter. Die Bürokratie war hauptsächlich mit Ägyptern besetzt, aber ägyptisierte Nubier waren keine Seltenheit. Kolonien ägyptischer Beamter, Händler und Priester umgaben die Verwaltungszentren, aber jenseits dieser Außenposten bewahrten die Nubier weiterhin ihre eigenen Traditionen, Bräuche und Handwerke. So entstand in Kusch eine synkretistische Kultur, die von der Ägyptens im Norden und der afrikanischen Völker im Süden geprägt war.
Kushs Position behinderte die Handelswege von Ägypten zum Roten Meer und vom Nil nach Der Süden und Westen brachten beträchtlichen Reichtum von weit entfernten Orten. Darüber hinaus waren die Anbauflächen entlang des Nils reich, und in den Hügeln produzierten die Gold- und Smaragdminen Goldbarren und Juwelen für Ägypten. Die Nubier wurden auch als Soldaten hoch geschätzt.
Als Ägypten am Ende des Neuen Reiches (11. Jahrhundert v. Chr.) Wieder in den Niedergang geriet, wurden die Vizekönige von Kush, unterstützt von ihren nubischen Armeen, praktisch unabhängig Könige, frei von ägyptischer Kontrolle. Bis zum 8. Jahrhundert v. Chr. Stammten die Könige von Kusch aus erblichen Herrscherfamilien ägyptisierter nubischer Häuptlinge, die weder politische noch familiäre Beziehungen zu Ägypten besaßen. Unter einem solchen König, Kashta, erlangte Kush die Kontrolle über Oberägypten (dh Südägypten) und unter seinem Sohn Piye (früher bekannt als Piankhi; reg. Ca. 750 – ca. 719 v. Chr.) Ganz Ägypten bis an die Mittelmeerküste wurde unter die Verwaltung von Kush gebracht. Als Weltmacht sollte Kush jedoch nicht von Dauer sein. Gerade als die Könige von Kush ihre Herrschaft von Abū Ḥamad bis zum Nildelta begründet hatten, fielen die Assyrer in Ägypten ein (671 v. Chr.) Und besiegten mit ihren überlegenen eisengeschmiedeten Waffen die Armeen von Kush unter dem zweifelsfreien Taharqa. 654 waren die Kuschiten nach Nubien und in die Sicherheit ihrer Hauptstadt Napata zurückgetrieben worden.
Obwohl sie von einer Großmacht zu einem isolierten Königreich hinter den kargen Hügeln reduziert wurden, die den Vormarsch von Aswān nach Süden blockierten, fuhr Kush fort für weitere tausend Jahre über den mittleren Nil herrschen. Die einzigartige ägyptisch-nubische Kultur mit ihren starken afrikanischen Akkretionen blieb erhalten, während die Ägyptens unter persischen, griechischen und römischen Einflüssen stand. Obwohl in vielerlei Hinsicht ägyptisiert, war die Kultur von Kush nicht einfach eine ägyptische Zivilisation in einer nubischen Umgebung. Die Kuschiten entwickelten ihre eigene Sprache, die zuerst durch ägyptische Hieroglyphen, dann durch ihre eigene und schließlich durch eine Kursivschrift ausgedrückt wurde. Sie verehrten ägyptische Götter, gaben aber ihre eigenen nicht auf. Sie begruben ihre Könige in Pyramiden, aber nicht auf ägyptische Weise. Ihr Reichtum floss weiter aus den Minen und wuchs mit ihrer Kontrolle über die Handelswege. Bald nach dem Rückzug aus Ägypten wurde die Hauptstadt von Napata nach Süden nach Meroe in der Nähe von Shandī verlegt, wo das Königreich zu der Zeit, als seine Verbindungen zu Ägypten schnell verschwanden, zunehmend den seit langem etablierten afrikanischen Kulturen im Süden ausgesetzt war.Die nachfolgende Geschichte von Kush ist eine Geschichte des allmählichen Verfalls, die mit dem unrühmlichen Aussterben des Königs von Aksum im Jahr 350 ce endet, der vom äthiopischen Hochland herabmarschierte, Meroe zerstörte und die heruntergekommenen Städte entlang des Flusses plünderte.
