A pesar de la presencia egipcia en la Alta Nubia, la cultura indígena de la región continuó floreciendo. Esta cultura estuvo profundamente influenciada por los pueblos africanos del sur y poco cambió por la proximidad de las guarniciones egipcias o las importaciones de artículos de lujo por parte de los comerciantes egipcios. De hecho, la egiptización de Nubia parece haber aumentado durante el declive del control político de Egipto sobre Nubia en el Segundo Período Intermedio (c. 1630-1540 a. C.), cuando los nubios fueron empleados en grandes cantidades como mercenarios contra los invasores asiáticos de Hyksos. Egipto. Esta experiencia hizo más para introducir la cultura egipcia, que los mercenarios absorbieron mientras luchaban en los ejércitos egipcios, que los siglos anteriores de ocupación militar egipcia. Por el contrario, la presencia de estos mercenarios en Egipto contribuyó a la creciente influencia africana dentro de la cultura egipcia.

La derrota de los hicsos fue el resultado de un levantamiento nacional de los egipcios que, una vez que expulsaron a los hicsos de el valle del Nilo, dirigieron sus energías hacia el sur para restablecer la ocupación militar de Nubia que la invasión hicsos había interrumpido. Bajo Thutmosis I (reinó 1493-c. 1482 aC), la conquista egipcia del norte de Sudán se completó hasta Kurqus, 50 millas al sur de Abū ūamad, y las posteriores expediciones militares egipcias penetraron aún más arriba del Nilo. Esta tercera ocupación egipcia fue la más completa y duradera, ya que, a pesar de las rebeliones esporádicas contra el control egipcio, Nubia se dividió en dos unidades administrativas: Wawat en el norte, con su capital provincial en Aswān, y Kush (también deletreada Cush) en el sur, con su sede en Napata (Marawī). Nubia en su conjunto estaba gobernada por un virrey, generalmente un miembro del séquito real, que era responsable ante el faraón egipcio. Bajo él había dos diputados, uno para Wawat y otro para Kush, y una jerarquía de funcionarios menores. La burocracia estaba compuesta principalmente por egipcios, pero los nubios egipcios no eran infrecuentes. Colonias de funcionarios, comerciantes y sacerdotes egipcios rodeaban los centros administrativos, pero más allá de estos puestos de avanzada, los nubios continuaron conservando sus propias tradiciones, costumbres y oficios. Así surgió una cultura sincretista en Kush, modelada por la de Egipto al norte y la de los pueblos africanos al sur.

La posición de Kush a través de las rutas comerciales de Egipto al Mar Rojo, y del Nilo a el sur y el oeste trajeron una considerable riqueza de lugares lejanos. Además, sus áreas cultivadas a lo largo del Nilo eran ricas, y en las colinas las minas de oro y esmeraldas producían lingotes y joyas para Egipto. Los nubios también eran muy valorados como soldados.

Cuando Egipto cayó nuevamente en declive al final del Imperio Nuevo (siglo XI a. C.), los virreyes de Kush, apoyados por sus ejércitos nubios, se volvieron prácticamente independientes. reyes, libres del control egipcio. En el siglo VIII a. C., los reyes de Kush procedían de familias gobernantes hereditarias de jefes nubios egipcios que no tenían lazos políticos ni familiares con Egipto. Bajo uno de esos reyes, Kashta, Kush adquirió el control del Alto (es decir, el sur) de Egipto, y bajo su hijo Piye (antes conocido como Piankhi; reinó c. 750-c. 719 a. C.) todo Egipto hasta las costas del Mediterráneo. fue puesto bajo la administración de Kush. Sin embargo, como potencia mundial, Kush no iba a durar. Justo cuando los reyes de Kush habían establecido su dominio desde Abū Ḥamad hasta el delta del Nilo, los asirios invadieron Egipto (671 a. C.) y con sus superiores armas forjadas en hierro derrotaron a los ejércitos de Kush bajo el temible Taharqa; en 654, los kushitas habían sido expulsados de regreso a Nubia y la seguridad de su capital, Napata.

Aunque se redujo de una gran potencia a un reino aislado detrás de las colinas áridas que bloqueaban el avance hacia el sur desde Aswān, Kush continuó para gobernar el Nilo medio durante otros mil años. Se conservó su cultura única egipcio-nubia con sus fuertes aportes africanos, mientras que la de Egipto estuvo bajo influencias persas, griegas y romanas. Aunque egipciada de muchas maneras, la cultura de Kush no era simplemente una civilización egipcia en un entorno nubio. Los kushitas desarrollaron su propio lenguaje, expresado primero por jeroglíficos egipcios, luego por el suyo y finalmente por una escritura cursiva. Adoraban a los dioses egipcios pero no abandonaron los suyos. Enterraron a sus reyes en pirámides pero no al estilo egipcio. Su riqueza siguió fluyendo de las minas y creciendo con su control de las rutas comerciales. Poco después de la retirada de Egipto, la capital se trasladó de Napata hacia el sur a Meroe, cerca de Shandī, donde el reino estaba cada vez más expuesto a las culturas africanas establecidas desde hacía mucho tiempo más al sur en el mismo momento en que sus lazos con Egipto estaban desapareciendo rápidamente.La historia posterior de Kush es de decadencia gradual, que terminó con la ignominiosa extinción en 350 d.C. por el rey de Aksum, quien marchó desde las tierras altas de Etiopía, destruyó Meroe y saqueó las decrépitas ciudades a lo largo del río.