Nonostante la presenza egiziana nell’Alta Nubia, la cultura indigena della regione ha continuato a prosperare. Questa cultura è stata profondamente influenzata dai popoli africani del sud ed è stata poco cambiata dalla vicinanza delle guarnigioni egiziane o dalle importazioni di articoli di lusso da parte dei commercianti egiziani. In effetti, l’egittizzazione della Nubia sembra essere stata effettivamente migliorata durante il declino del controllo politico dell’Egitto sulla Nubia nel Secondo Periodo Intermedio (c. 1630-1540 aC), quando i nubiani furono impiegati in gran numero come mercenari contro gli invasori asiatici Hyksos di Egitto. Questa esperienza ha fatto di più per introdurre la cultura egiziana, che i mercenari hanno assorbito mentre combattevano negli eserciti egiziani, rispetto ai secoli precedenti di occupazione militare egiziana. Al contrario, la presenza di questi mercenari in Egitto contribuì alla crescente influenza africana all’interno della cultura egiziana.

La sconfitta degli Hyksos fu il risultato di una rivolta nazionale degli egiziani che, una volta espulsi gli Hyksos dal la valle del Nilo, volse le proprie energie verso sud per ristabilire l’occupazione militare della Nubia che l’invasione degli Hyksos aveva interrotto. Sotto Thutmose I (regnò dal 1493 al 1482 aC circa) la conquista egiziana del Sudan settentrionale fu completata fino a Kurqus, 50 miglia a sud di Abū Ḥamad, e le successive spedizioni militari egiziane penetrarono ancora più a monte del Nilo. Questa terza occupazione egiziana fu la più completa e la più duratura, poiché, nonostante sporadiche ribellioni contro il controllo egiziano, la Nubia fu divisa in due unità amministrative: Wawat nel nord, con la sua capitale provinciale ad Aswān, e Kush (scritto anche Cush) a il sud, con sede a Napata (Marawī). La Nubia nel suo complesso era governata da un viceré, di solito un membro dell’entourage reale, che era responsabile del faraone egiziano. Sotto di lui c’erano due deputati, uno per Wawat e uno per Kush, e una gerarchia di funzionari minori. La burocrazia era composta principalmente da egiziani, ma i nubiani egiziani non erano rari. Colonie di funzionari, commercianti e sacerdoti egiziani circondavano i centri amministrativi, ma al di là di questi avamposti i Nubiani continuarono a preservare le proprie tradizioni, costumi e artigianato distinti. Una cultura sincretista nacque così in Kush, modellata da quella dell’Egitto a nord e da quelle dei popoli africani a sud.

La posizione di Kush contrasta le rotte commerciali dall’Egitto al Mar Rosso e dal Nilo al il sud e l’ovest portavano notevoli ricchezze da luoghi lontani. Inoltre, le sue aree coltivate lungo il Nilo erano ricche e sulle colline le miniere d’oro e di smeraldi producevano lingotti e gioielli per l’Egitto. Anche i nubiani erano molto apprezzati come soldati.

Quando l’Egitto scivolò nuovamente verso il declino alla fine del Nuovo Regno (XI secolo a.C.), i viceré di Kush, supportati dai loro eserciti nubiani, divennero virtualmente indipendenti re, liberi dal controllo egiziano. Nell’VIII secolo a.C. i re di Kush provenivano da famiglie dominanti ereditarie di capi nubiani egiziani che non avevano legami né politici né familiari con l’Egitto. Sotto uno di questi re, Kashta, Kush acquisì il controllo dell’Alto (cioè meridionale) Egitto, e sotto suo figlio Piye (precedentemente noto come Piankhi; regnò tra il 750 e il 719 a.C. circa) l’intero Egitto fino alle rive del Mediterraneo è stato portato sotto l’amministrazione di Kush. In quanto potenza mondiale, tuttavia, Kush non doveva durare. Proprio quando i re di Kush stabilirono il loro dominio da Abū Ḥamad al delta del Nilo, gli Assiri invasero l’Egitto (671 aC) e con le loro armi di ferro forgiato superiori sconfissero gli eserciti di Kush sotto il temibile Taharqa; nel 654 i Kushiti erano stati ricacciati in Nubia e nella sicurezza della loro capitale, Napata.

Sebbene ridotto da grande potenza a regno isolato dietro le colline aride che bloccavano l’avanzata verso sud da Aswān, Kush continuò a governare il medio Nilo per altri mille anni. La sua unica cultura egiziano-nubiana con i suoi forti accrescimenti africani è stata preservata, mentre quella dell’Egitto è stata sotto l’influenza persiana, greca e romana. Sebbene egiziana in molti modi, la cultura di Kush non era semplicemente la civiltà egizia in un ambiente nubiano. I kushiti svilupparono la loro lingua, espressa prima da geroglifici egiziani, poi da loro e infine da una scrittura corsiva. Adoravano gli dei egizi ma non abbandonarono i propri. Seppellirono i loro re nelle piramidi ma non alla maniera egiziana. La loro ricchezza ha continuato a fluire dalle miniere ea crescere con il controllo delle rotte commerciali. Subito dopo la ritirata dall’Egitto, la capitale fu spostata da Napata verso sud a Meroe vicino a Shandī, dove il regno era sempre più esposto alle culture africane di lunga data più a sud proprio nel momento in cui i suoi legami con l’Egitto stavano rapidamente scomparendo.La successiva storia di Kush è caratterizzata da un graduale decadimento, che si conclude con una ingloriosa estinzione nel 350 d.C. ad opera del re di Axum, che marciò giù dagli altopiani etiopi, distrusse Meroe e saccheggiò le città decrepite lungo il fiume.