Pomimo obecności Egipcjan w Górnej Nubii, rdzenna kultura tego regionu nadal kwitła. Kultura ta pozostawała pod silnym wpływem ludów afrykańskich na południu i niewiele się zmieniło z powodu bliskości egipskich garnizonów lub importu artykułów luksusowych przez egipskich kupców. Rzeczywiście, wydaje się, że egipcjalizacja Nubii została wzmocniona podczas spadku kontroli politycznej Egiptu nad Nubią w drugim okresie przejściowym (ok. 1630–1540 pne), kiedy Nubijczycy byli zatrudniani w dużej liczbie jako najemnicy przeciwko azjatyckim najeźdźcom Hyksosów z Egipt. To doświadczenie uczyniło więcej dla wprowadzenia kultury egipskiej, którą najemnicy wchłonęli podczas walk w armiach egipskich, niż poprzednie stulecia egipskiej okupacji wojskowej. I odwrotnie, obecność tych najemników w Egipcie przyczyniła się do wzrostu wpływów afrykańskich w kulturze egipskiej.
Klęska Hyksosów była wynikiem narodowego powstania Egipcjan, którzy po wypędzeniu Hyksosów z dolina Nilu, skierowała swe siły na południe, aby przywrócić militarną okupację Nubii, którą przerwała inwazja Hyksosów. Pod rządami Totmesa I (panującego w latach 1493 – ok. 1482 pne) egipski podbój północnego Sudanu zakończył się aż do Kurkusa, 50 mil na południe od Abū Ḥamad, a kolejne egipskie wyprawy wojskowe przenikały jeszcze dalej w górę Nilu. Ta trzecia okupacja egipska była najpełniejsza i najtrwalsza, ponieważ pomimo sporadycznych buntów przeciwko egipskiej kontroli, Nubia została podzielona na dwie jednostki administracyjne: Wawat na północy ze stolicą prowincji Aswān i Kush (pisane również jako Cush) w południe, z siedzibą w Napata (Marawī). Nubia jako całość była rządzona przez wicekróla, zwykle członka królewskiej świty, który był odpowiedzialny przed egipskim faraonem. Pod nim było dwóch zastępców, jeden z ramienia Wawata, a drugi z ramienia Kush, oraz hierarchia niższych urzędników. Biurokracja była obsadzona głównie przez Egipcjan, ale egipcjanizowani Nubijczycy nie byli rzadkością. Kolonie egipskich urzędników, kupców i kapłanów otaczały centra administracyjne, ale poza tymi placówkami Nubijczycy nadal zachowywali swoje odrębne tradycje, zwyczaje i rzemiosło. W ten sposób w Kuszu powstała kultura synkretyczna, ukształtowana przez kulturę Egiptu na północy i ludów afrykańskich na południu.
Pozycja Kusza na szlakach handlowych z Egiptu do Morza Czerwonego i od Nilu do południe i zachód przyniosły znaczne bogactwa z odległych miejsc. Co więcej, jego uprawiane obszary wzdłuż Nilu były bogate, a na wzgórzach kopalnie złota i szmaragdu produkowały złoto i klejnoty dla Egiptu. Nubijczycy byli również wysoko cenieni jako żołnierze.
Gdy Egipt ponownie podupadł pod koniec Nowego Państwa (XI w.p.n.e.), wicekrólowie Kuszu, wspierani przez ich armie nubijskie, stali się praktycznie niezależni królowie, wolni od egipskiej kontroli. W VIII wieku pne królowie Kush pochodzili z dziedzicznych, rządzących rodzin egipskich nubijskich wodzów, którzy nie mieli ani politycznych, ani rodzinnych powiązań z Egiptem. Pod rządami jednego z takich królów, Kashty, Kusz przejął kontrolę nad Górnym (tj. Południowym) Egiptem, a pod rządami swojego syna Piye (dawniej znanego jako Piankhi; panował ok. 750 – ok. 719 pne) cały Egipt aż do wybrzeży Morza Śródziemnego został objęty administracją Kush. Jednak jako potęga światowa Kush nie był trwały. Właśnie wtedy, gdy królowie Kush ustanowili swe rządy od Abū Ḥamad do delty Nilu, Asyryjczycy najechali Egipt (671 pne) i swoją potężną, kutą z żelaza bronią pokonali armie Kusz pod niewątpliwą Taharqą; 654 Kuszyci zostali wypędzeni z powrotem do Nubii i bezpieczeństwa ich stolicy, Napaty.
Chociaż Kush został zredukowany z wielkiej potęgi do odosobnionego królestwa za jałowymi wzgórzami, które blokowały atak na południe z Aswān, Kush kontynuował panować nad środkowym Nilem przez następne tysiąc lat. Jego wyjątkowa kultura egipsko-nubijska z silnymi afrykańskimi naleciałościami została zachowana, podczas gdy egipska uległa wpływom perskim, greckim i rzymskim. Chociaż egipcjalizacja na wiele sposobów, kultura Kush nie była po prostu cywilizacją egipską w środowisku nubijskim. Kuszyci rozwinęli swój własny język, wyrażony najpierw przez egipskie hieroglify, potem przez ich własny, a na końcu przez kursywę. Czcili egipskich bogów, ale nie porzucali swoich. Chowali swoich królów w piramidach, ale nie na sposób egipski. Ich bogactwo nadal napływało z kopalni i rosło wraz z kontrolą szlaków handlowych. Wkrótce po odwrocie z Egiptu stolica została przeniesiona z Napaty na południe do Meroe w pobliżu Shandī, gdzie królestwo było coraz bardziej narażone na odwieczne kultury afrykańskie położone dalej na południe, w tym samym czasie, gdy jego więzi z Egiptem szybko zanikały.Dalsza historia Kush to stopniowy upadek, zakończony niesławnym wymarciem w 350 roku przez króla Aksum, który maszerował z wyżyn Etiopii, zniszczył Meroe i złupił rozpadające się miasta wzdłuż rzeki.
