Ondanks de Egyptische aanwezigheid in Boven-Nubië bleef de inheemse cultuur van de regio floreren. Deze cultuur werd sterk beïnvloed door Afrikaanse volkeren in het zuiden en werd weinig veranderd door de nabijheid van Egyptische garnizoenen of de invoer van luxeartikelen door Egyptische handelaren. De egyptianisering van Nubië lijkt inderdaad versterkt te zijn tijdens de afname van de politieke controle van Egypte over Nubië in de Tweede Tussenperiode (ca. 1630-1540 vce), toen Nubiërs in grote aantallen werden ingezet als huurlingen tegen de Aziatische Hyksos-indringers van Egypte. Deze ervaring droeg meer bij aan de introductie van de Egyptische cultuur, die de huurlingen absorbeerden tijdens gevechten in Egyptische legers, dan de voorgaande eeuwen van Egyptische militaire bezetting. Omgekeerd droeg de aanwezigheid van deze huurlingen in Egypte bij aan de groeiende Afrikaanse invloed binnen de Egyptische cultuur.

De nederlaag van de Hyksos was het resultaat van een nationale opstand van de Egyptenaren die, nadat ze de Hyksos hadden verdreven uit de Nijlvallei, richtten hun energie naar het zuiden om de militaire bezetting van Nubië te herstellen die de invasie van Hyksos had verstoord. Onder Thoetmosis I (regeerde 1493-ca. 1482 vce) werd de Egyptische verovering van het noorden van Soedan voltooid tot aan Kurqus, 80 kilometer ten zuiden van Abū Ḥamad, en daaropvolgende Egyptische militaire expedities drongen zelfs verder de Nijl door. Deze derde Egyptische bezetting was de meest complete en meest duurzame, want, ondanks sporadische opstanden tegen de Egyptische overheersing, was Nubië verdeeld in twee bestuurlijke eenheden: Wawat in het noorden, met zijn provinciale hoofdstad Aswān, en Kush (ook wel gespeld als Cush) in het zuiden, met zijn hoofdkantoor in Napata (Marawī). Nubië als geheel werd bestuurd door een onderkoning, meestal een lid van de koninklijke entourage, die verantwoording verschuldigd was aan de Egyptische farao. Onder hem stonden twee plaatsvervangers, een voor Wawat en een voor Kush, en een hiërarchie van lagere ambtenaren. De bureaucratie werd voornamelijk bemand door Egyptenaren, maar Egyptische Nubiërs waren niet ongewoon. Kolonies van Egyptische functionarissen, handelaren en priesters omringden de administratieve centra, maar buiten deze buitenposten bleven de Nubiërs hun eigen tradities, gebruiken en ambachten in stand houden. Zo ontstond in Kush een syncretistische cultuur, gevormd door die van Egypte in het noorden en die van Afrikaanse volkeren in het zuiden.

Kush ‘positie dwars op de handelsroutes van Egypte naar de Rode Zee en van de Nijl naar het zuiden en westen brachten aanzienlijke rijkdom uit verre oorden. Bovendien waren de gecultiveerde gebieden langs de Nijl rijk, en in de heuvels produceerden de goud- en smaragdmijnen edelmetaal en juwelen voor Egypte. De Nubiërs werden ook zeer gewaardeerd als soldaten.

Toen Egypte aan het einde van het nieuwe koninkrijk (11e eeuw vce) opnieuw in verval raakte, werden de onderkoningen van Kush, gesteund door hun Nubische legers, vrijwel onafhankelijk koningen, vrij van Egyptische controle. Tegen de 8e eeuw vce kwamen de koningen van Kush uit erfelijke heersende families van Egyptische Nubische leiders die noch politieke, noch familiebanden met Egypte bezaten. Onder een dergelijke koning, Kashta, verwierf Kush de controle over Boven- (dwz zuidelijk) Egypte, en onder zijn zoon Piye (voorheen bekend als Piankhi; regeerde ca. 750-ca. 719 vce) heel Egypte tot aan de kusten van de Middellandse Zee. werd onder het beheer van Kush gebracht. Als wereldmacht zou Kush echter niet blijven bestaan. Net toen de koningen van Kush hun heerschappij hadden gevestigd van Abū Ḥamad tot aan de Nijldelta, vielen de Assyriërs Egypte binnen (671 vce) en versloegen met hun superieure ijzeren wapens de legers van Kush onder de geduchte Taharqa; tegen 654 waren de Kushites teruggedreven naar Nubië en de veiligheid van hun hoofdstad Napata.

Hoewel Kush was teruggebracht van een grote macht tot een geïsoleerd koninkrijk achter de kale heuvels die de opmars naar het zuiden van Aswān blokkeerden, ging Kush verder om nog duizend jaar over de middelste Nijl te regeren. De unieke Egyptisch-Nubische cultuur met zijn sterke Afrikaanse aanwas bleef behouden, terwijl die van Egypte onder Perzische, Griekse en Romeinse invloeden kwam. Hoewel de cultuur van Kush in veel opzichten egyptisch was, was de cultuur van Kush niet alleen de Egyptische beschaving in een Nubische omgeving. De Kushites ontwikkelden hun eigen taal, eerst uitgedrukt door Egyptische hiërogliefen, vervolgens door hun eigen taal en ten slotte door een cursief schrift. Ze aanbaden Egyptische goden, maar lieten hun eigen goden niet in de steek. Ze begroeven hun koningen in piramides, maar niet op de Egyptische manier. Hun rijkdom bleef uit de mijnen stromen en groeide met hun controle over de handelsroutes. Kort na de terugtrekking uit Egypte werd de hoofdstad verplaatst van Napata naar het zuiden naar Meroe bij Shandī, waar het koninkrijk in toenemende mate werd blootgesteld aan de lang gevestigde Afrikaanse culturen verder naar het zuiden, op het moment dat de banden met Egypte snel aan het verdwijnen waren.De daaropvolgende geschiedenis van Kush is er een van geleidelijk verval, eindigend met roemloze uitsterving in 350 gt door de koning van Aksum, die vanuit de Ethiopische hooglanden marcheerde, Meroe verwoestte en de vervallen steden langs de rivier plunderde.