Født i Austinville, Wythe County, Virginia, 3. november 1793, flyttet Stephen Austin til Missouri i 1798, hvor hans far, Moses Austin, drev med blygruvedrift og landspekulasjon. Stephen gikk på Colchester Academy i Connecticut og Transylvania University i Kentucky før han kom hjem. I Missouri tjenestegjorde han i statslovgiveren fra 1814 til 1820, var direktør for Bank of St. Louis og offiser i statsmilitsen, og ble aktiv innen blygruvedrift, landspekulasjon og produksjon.
Da Panic of 1819 gjorde familiebedriftene konkurs, flyttet Austin til Arkansas, hvor han ble utnevnt til distriktsdommer. I august 1820 flyttet han igjen og søkte i Louisiana et middel for å tjene nok penger til å betale tilbake familiens gjeld. I New Orleans leste han lov og arbeidet med en avis.
Faren døde i juni 1821, forlot Austin en nylig ervervet tillatelse til å kolonisere 300 familier i spanske Texas. Han reiste til Mexico City i 1822-1823 for å sikre meksikansk anerkjennelse av det spanske tilskuddet. Dette gjorde han, koloniserte han de 300 familiene, samt ytterligere 750 familier under påfølgende kontrakter.
Liten av vekst, mager og tynt, med fine trekk, tykt hår og brune øyne, Austin var en verdig og reservert mann. En ungkar som ble gitt til selvanalyse, ledet han de texanske kolonistene av middel for sin sterke personlighet og overbevisende skrifter. Han kartla og kartlegge mye av Texas, oversatte meksikanske lover, fikset landsystemet og fungerte som sivil og militær kontakt med de meksikanske myndighetene. Han organiserte også Texans forsvar mot indianerne.
I 1833 reiste han til Mexico by til r presenterer det texanske ønske om separat stat. Han ble arrestert på anklager om oppvigling og fengslet, men prøvde aldri. Utgitt i 1835, vendte han tilbake til Texas, hvor han ble med i fraksjonen som kjempet mot diktaturet til Antonio López de Santa Ana. Ved kampens utbrudd ble han sjef for de texanske militærstyrkene, men i november 1835 ble han sendt til USA for å søke hjelp og senere anerkjennelse av uavhengighet.
På slutten av Texas-revolusjonen løp han motvillig til president for den nye republikken mot krigshelten, Samuel Houston. Beseiret aksepterte Austin stillingen som statssekretær i Houston-administrasjonen. Han døde 27. desember 1836 av lungebetennelse. Hans stille, effektive lederskap i årene 1821-1836 er anerkjent på mange måter i Texas; hovedstaden, et fylke og en høyskole er oppkalt til hans ære. Statuen hans i det nasjonale hovedstaden ble plassert der av takknemlige borgere i Lone Star State.