Sophies søsken, spesielt hennes eldste bror Hans, som senere ble grunnlegger av Weiße Rose, var også medlemmer av ikke-nazister grupper av unge mennesker. Disse foreningene delte og forplantet en kjærlighet til naturen, utendørs eventyr, så vel som musikken, kunsten og litteraturen til tysk romantikk. Disse alternative gruppene ble opprinnelig sett på som kompatible med nazistisk ideologi av mange, men ble sakte oppløst og til slutt forbudt i 1936. Hans forble imidlertid aktiv i en slik gruppe, og ble arrestert i 1937 sammen med flere av Scholl-søsknene. Denne arrestasjonen satte preg på Sophies samvittighet og startet prosessen som til slutt gjorde henne fra lykkelig tilhenger av nazisystemet til aktiv motstandsskjemper.
1. september 1939 invaderte Hitler Polen og to dager senere, Frankrike og Storbritannia erklærte krig mot Tyskland. De eldre Scholl-brødrene ble sendt ut for å kjempe på fronten. Sophies liv i Ulm endret seg også. Hun gikk på videregående skole våren 1940 og begynte i læreplass for å bli barnehagelærer. Hun ønsket til slutt å studere biologi og filosofi. For å bli tatt opp måtte studentene tilbringe en periode med å jobbe for staten i Reichsarbeitsdienst (RAD; National Labor Service). Sophies håp om at det å bli lærer ville tillate henne å erstatte RAD ble opphørt, og hun måtte i stedet komme inn i tjenesten våren 1941. Hun hatet det. Det militærlignende regimet og den bedøvende rutinen fikk henne til å finne trøst i sin egen åndelighet, ledet av avlesninger av teologen Augustine av Hippo. Hun skrev ned tankene sine og la merke til at hennes «sjel var sulten» – hun lengtet etter et autonomt liv, en slutt på krigen og etter lykke med kjæresten Fritz Hartnagel, som nå kjempet på østfronten. Hennes tvil om regimet vokste.
Da hun endelig flyttet til München for å studere biologi og filosofi i mai 1942, hadde hennes bror Hans, en medisinstudent ved samme universitet, og noen av hans venner allerede begynt å aktivt stille spørsmål ved systemet. Som tjenestegjør på østfronten lærte de om forbrytelsene begått i Polen og Russland fra første hånd og så elendigheten med egne øyne. De visste at de ikke kunne være stille. Fra juni 1942 begynte de å trykke og distribuere brosjyrer i og rundt München, og kalte medstudenter og det tyske publikum til handling. Andre medlemmer av kretsen deres ble med på arbeidet og skrev fire brosjyrer frem til høsten samme år. Som student hadde Sophie sett flyers og applaudert innholdet deres, så vel som forfatterenes mot til å snakke sannhet til makten. Da hun fikk vite om brorens engasjement, krevde hun å bli med i gruppen. Hun ønsket ikke å være passiv lenger.
Den hvite rosen var en liten innsats med store konsekvenser. Kjernen var søsknene Hans og Sophie Scholl, deres medstudenter Alexander Schmorell, Willi Graf, Christoph Probst, og professor i filosofi og musikkvitenskap ved universitetet i München, Kurt Huber. Sammen ga de ut og distribuerte seks brosjyrer, først skrevet på en skrivemaskin, deretter multiplisert via mimeograf. Først distribuerte de dem bare via post, og sendte dem til professorer, bokhandlere, forfattere, venner og andre – de gikk gjennom telefonbøker for adresser og håndskrev hver konvolutt. Til slutt distribuerte de tusenvis og nådde husholdninger over hele Tyskland. Å anskaffe så store mengder papir, konvolutter og stempler i en tid med streng rasjonering uten å mistenke var problematisk, men studentene klarte å engasjere et omfattende nettverk av støttespillere i byer og tettsteder så langt nord som Hamburg, og så langt sør som Wien. Disse nettverkene ble også aktivert for å distribuere pamflettene, og forsøkte å lure Gestapo til å tro at den hvite rosen hadde lokasjoner over hele landet. de var i sine beskyldninger og oppfordringer til handling, og den kraftige innsikten de gir om Nazityskland: Den tredje brosjyren lyder:
