Første kvinne som tjente som utenriksminister
I 1996 nominerte Clinton Albright til utenriksminister, og det amerikanske senatet bekreftet enstemmig sin nominasjon. 23. januar 1997 ble Madeleine Albright sverget inn som statssekretær. Hun ble den høyest rangerte kvinnen i USAs regjering.
Rett etter hennes bekreftelse avslørte Albrights fetter, Dasha Sima, for journalister i Washington Post at Albrights familie hadde vært tsjekkoslovakiske jøder, ikke katolikker slik hun hadde trodd, og at tre av besteforeldrene hennes hadde dødd i konsentrasjonsleirer. Før andre verdenskrig (1939–45) hadde nazistregjeringen i Tyskland opprettet konsentrasjonsleirer for å holde mennesker som de så på som fiender av staten. Til slutt ble minoritetsgrupper, inkludert jøder, tvunget inn i disse leirene, hvor mange mennesker døde i løpet av krigen. (Albright ble sitert i Newsweek for å si: «Jeg har vært stolt av arven jeg har kjent til, og jeg vil være like stolt av arven jeg nettopp har fått.» Noen måneder senere fløy Albright til Praha og var hedret av Tsjekkias president Vaclav Havel (1936–).
Albright startet et fredsoppdrag i Midtøsten høsten 1997, første møte med Israels statsminister Benjamin Netanyahu (1949–), deretter med palestinere leder Yasir Arafat (1929–), Syrias president Hafez al-Assad (1930–2000), Egyptens president Hosny Mubarak (1928–), kong Fahd ibn Abdul Aziz av Saudi-Arabia (1922–) og kong Hussein av Jordan (1935– 1999). Albright fordømte terroraktiviteter, oppfordret Netanyahu til å gjøre noen innrømmelser til palestinerne, og lovet deretter å ikke møte israelske og palestinske ledere igjen før de var «klare til å ta de harde beslutningene.» I juli 2000 kom Albright tilbake til midten Øst. Denne gangen, samtaler mellom den nye israelske statsministeren Ehu d Barak (1942–) og Arafat avsluttet da Barak sa at han tok seg fri fra fredsprosessen.
Albright skrev historie med sitt besøk 23. oktober 2000 hos Nord-Koreas leder Kim Jong II (1941–). Hun ble den første amerikanske utenriksministeren som besøkte Nord-Korea.