Til tross for den egyptiske tilstedeværelsen i Øvre Nubia, fortsatte den innfødte kulturen i regionen å blomstre. Denne kulturen var dypt påvirket av afrikanske folk i sør og ble lite endret av nærheten til egyptiske garnisoner eller import av luksusartikler fra egyptiske handelsmenn. Egentlig ser det ut til at egyptiseringen av Nubia faktisk har blitt forbedret under nedgangen i Egyptens politiske kontroll over Nubia i den andre mellomperioden (ca. 1630–1540 f.Kr.), da nubierne i stort antall ble ansatt som leiesoldater mot de asiatiske Hyksos-inntrengerne av Egypt. Denne erfaringen gjorde mer for å introdusere egyptisk kultur, som leiesoldatene absorberte mens de kjempet i egyptiske hærer, enn de forrige århundrene med egyptisk militær okkupasjon. Motsatt bidro tilstedeværelsen av disse leiesoldatene i Egypt til den økende afrikanske innflytelsen innen den egyptiske kulturen. Nildalen, vendte energiene sørover for å gjenopprette den militære okkupasjonen av Nubia som Hyksos-invasjonen hadde forstyrret. Under Thutmose I (regjerte 1493 – c. 1482 fvt) ble den egyptiske erobringen av Nord-Sudan fullført helt til Kurqus, 50 miles sør for Abū Ḥamad, og påfølgende egyptiske militære ekspedisjoner trengte enda lenger oppover Nilen. Denne tredje egyptiske okkupasjonen var den mest komplette og mest varige, for til tross for sporadiske opprør mot egyptisk kontroll, ble Nubia delt inn i to administrative enheter: Wawat i nord, med sin provinshovedstad Aswān, og Kush (også stavet Cush) i sør, med hovedkvarter i Napata (Marawī). Nubia som helhet ble styrt av en visekonge, vanligvis et medlem av det kongelige følget, som var ansvarlig overfor den egyptiske faraoen. Under ham var to varamedlemmer, en for Wawat og en for Kush, og et hierarki av mindre tjenestemenn. Byråkratiet var hovedsakelig bemannet av egyptere, men egyptiserte nubere var ikke uvanlige. Kolonier av egyptiske tjenestemenn, handelsmenn og prester omringet administrasjonssentrene, men utenfor disse utpostene fortsatte nuberne å bevare sine egne forskjellige tradisjoner, skikker og håndverk. En synkretistisk kultur oppstod således i Kush, utformet av Egypt i nord og de afrikanske folkene i sør.

Kushs posisjon mot handelsruter fra Egypt til Rødehavet og fra Nilen til sør og vest, brakte betydelig rikdom fra fjerne steder. Dessuten var de dyrkede områdene langs Nilen rik, og i åsene produserte gull- og smaragdgruvene gull og juveler for Egypt. Nubianerne ble også høyt verdsatt som soldater.

Da Egypt nok en gang gled i forfall ved slutten av det nye riket (1100-tallet fvt), ble vicekongene i Kush, støttet av deres nubiske hærer, praktisk talt uavhengige. konger, fri for egyptisk kontroll. På det 8. århundre f.Kr. kom kusjene fra Kush fra arvelige herskende familier av egyptiserte nubiske høvdinger som verken hadde politiske eller familiebånd med Egypt. Under en slik konge, Kashta, fikk Kush kontroll over Øvre (dvs. det sørlige) Egypt, og under sønnen Piye (tidligere kjent som Piankhi; regjerte ca 750 – c. 719 fvt) hele Egypt til bredden av Middelhavet. ble brakt under administrasjon av Kush. Som verdensmakt skulle Kush imidlertid ikke vare. Akkurat da kongene i Kush hadde etablert sitt styre fra Abū Ḥamad til Nildeltaet, invaderte assyrerne Egypt (671 f.Kr.) og beseiret hærenes Kush under den utvilsomme Taharqa med sine overlegne jernsmidde våpen innen 654 hadde kusjittene blitt drevet tilbake til Nubia og sikkerheten til hovedstaden deres, Napata.

Selv om de var redusert fra en stormakt til et isolert rike bak de karrige åsene som blokkerte det sørlige fremrykket fra Aswān, fortsatte Kush å herske over den midterste Nilen i tusen år til. Den unike egyptisk-nubiske kulturen med dens sterke afrikanske tilvinning ble bevart, mens den i Egypt kom under persisk, gresk og romersk påvirkning. Selv om egyptiserte på mange måter, var ikke kulturen i Kush bare egyptisk sivilisasjon i et nubisk miljø. Kushittene utviklet sitt eget språk, først uttrykt av egyptiske hieroglyfer, deretter av sitt eget, og til slutt av et kursivt skrift. De tilba egyptiske guder, men forlot ikke sine egne. De begravde kongene sine i pyramider, men ikke på egyptisk måte. Rikdommen deres fortsatte å strømme fra gruvene og vokste med sin kontroll over handelsrutene. Rett etter tilbaketrekningen fra Egypt ble hovedstaden flyttet fra Napata sørover til Meroe nær Shandī, hvor kongeriket i økende grad ble utsatt for de veletablerte afrikanske kulturer lenger sør akkurat da båndene med Egypt raskt forsvant.Den etterfølgende historien til Kush er et gradvis forfall, som ender med storartet utryddelse i 350 e.Kr. av kongen av Aksum, som marsjerte ned fra det etiopiske høylandet, ødela Meroe og sparket de forfallne byene langs elven.