Erin Bruner, una ambiciosa abogada que busca convertirse en socia principal de su bufete de abogados, toma el caso del padre Richard Moore, un sacerdote diocesano católico acusado de homicidio por negligencia tras un intento de exorcismo de la estudiante Emily Rose, de 19 años. Si bien la arquidiócesis quiere que Moore se declare culpable para minimizar la atención pública del crimen, Moore en cambio se declara inocente. Durante el juicio, las declaraciones de los testigos se visualizan a través de flashbacks. El fiscal Ethan Thomas interroga a varios médicos y neurólogos para establecer una causa médica por la muerte de Emily, particularmente la epilepsia y la esquizofrenia. Emily había abandonado sus estudios universitarios después de ser golpeada constantemente por delirios y espasmos musculares a las 3:00 am. Regresó a la casa de sus padres y recibió tratamiento con medicamentos para la epilepsia y la psicosis. Se consultó a Moore cuando su condición no mejoró y su evaluación y observaciones lo llevaron a la conclusión de que Emily estaba poseída por un demonio. Con el consentimiento de los padres de Emily, Moore sometió a Emily a un exorcismo que finalmente fracasó. Moore supuso que los medicamentos de Emily eran los culpables de la expulsión fallida, ya que paralizaron la actividad cerebral de Emily y mantuvieron al demonio fuera de su alcance.
Moore, queriendo contar la historia de Emily, da su testimonio cuando es llamado al estrado de los testigos. Bruner comienza a experimentar fenómenos sobrenaturales en casa, y se despierta a las 3:00 am con el olor a material quemado. Moore le advierte que ella puede ser un objetivo para los demonios, revelando que él también ha experimentado algo similar. la noche en que estaba preparando el exorcismo. Bruner apoya a Moore al convocar a la antropóloga Sadira Adani para que testifique sobre las creencias que rodean la posesión espiritual de varias culturas, pero Thomas descarta sus afirmaciones como una tontería. Bruner una cinta de casete en la que se grabó el exorcismo, y Moore presenta la grabación como prueba. El testimonio de Cartwright para autenticar el exorcismo y refutar el caso médico de la fiscalía está prevenido d cuando de repente es atropellado por un automóvil. Bruner, angustiada, se retira a su oficina, donde su jefe la amenaza con despedirla si permite que Moore vuelva a testificar. Bruner visita a Moore en su celda de la cárcel, donde la convence de que le permita contar el resto de la historia de Emily a pesar de la amenaza de su jefe.
Al día siguiente, Moore vuelve a tomar el estrado de los testigos y lee una carta que Emily escribió antes de morir. La mañana después del exorcismo, Emily recibió la visita de la Virgen María en un campo cerca de su casa y se le permitió la opción de ascender al cielo. Sin embargo, Emily decidió soportar su sufrimiento y luego recibió estigmas en sus manos. Tomás no interpreta las marcas como un signo divino, sino más bien como rastros de lesiones autoinfligidas. El jurado finalmente llega a un veredicto de culpabilidad, pero sorprende al tribunal al pedirle al juez Brewster que dicte una sentencia de tiempo cumplido. Aunque momentáneamente sorprendido por la sugerencia, Brewster finalmente la acepta y Moore es libre de irse. A Bruner se le ofrece una sociedad en su empresa, pero la rechaza. Más tarde, Moore y Bruner visitan la tumba de Emily, y Moore afirma que llegará el momento en que Emily será declarada santa.
