Erin Bruner, en ambitiös advokat som vill bli en äldre partner i hennes advokatbyrå, tar fallet med fader Richard Moore, en katolsk stiftpräst som anklagas för vårdslöst mord efter en försök till exorcism av den 19-åriga studenten Emily Rose. Medan ärkestiftet vill att Moore ska erkänna sig skyldig för att minimera brottets offentliga uppmärksamhet, erkänner Moore istället att han inte är skyldig. Under rättegången visualiseras vittnens uttalanden via flashbacks. Åklagaren Ethan Thomas förhör flera läkare och neurologer för att fastställa en medicinsk sak. för Emily död, särskilt epilepsi och schizofreni. Emily hade avbrutit sig från sina högskolestudier efter att hon genomgående drabbats av vanföreställningar och muskelspasmer klockan 03:00. Hon återvände till sina föräldrars hem och behandlades med epilepsi och psykosläkemedel. Moore rådfrågades när hennes tillstånd inte förbättrades, och hans bedömning och observationer ledde honom till slutsatsen att Emily besattes av en demon. Med tillstånd från Emily föräldrar utsatte Moore Emily för en utdrivning som slutligen misslyckades. Moore antog att Emily ’s mediciner var skyldiga för den misslyckade utvisningen, eftersom de förlamade Emily hjärnaktivitet och höll demonen utom räckhåll.

Moore, som vill berätta Emily’s historia, ger sin vittnesbörd när han kallas till vittnesboken Bruner börjar uppleva övernaturliga fenomen hemma och vaknar klockan 3:00 för lukten av brinnande material. Moore varnar henne för att hon kan vara ett mål för demonerna och avslöjar att han också har upplevt liknande fenomen den natten han förberedde exorcismen. Bruner stöder Moore genom att kalla antropologen Sadira Adani för att vittna om tron kring andlig besittning från olika kulturer, men Thomas avfärdar hennes påståenden som nonsens. Graham Cartwright, en läkare som deltog i exorcismen, ger Bruner ett kassettband där exorcismen spelades in, och Moore presenterar inspelningen som bevis. Cartwrights vittnesmål för att bekräfta exorcism och motbevisa åtalets medicinska fall är förekommande d när han plötsligt träffas av en bil. En förvirrad Bruner drar sig tillbaka till sitt kontor, där hennes chef hotar henne med uppsägning om hon tillåter Moore att vittna igen. Bruner besöker Moore i sin fängelsecell, där han övertygar henne om att låta honom berätta resten av Emily berättelse trots hennes chefs hot.

Nästa dag tar Moore vittnesboken igen och läser ett brev som Emily skrev innan hon dog. På morgonen efter exorcismen fick Emily besök av Jungfru Maria i ett fält nära hennes hus och fick valet att stiga upp till himlen. Emily valde emellertid att uthärda sitt lidande och fick senare stigmata på händerna. Thomas tolkar inte markeringarna som ett gudomligt tecken utan snarare som spår av självförvållade skador. Juryn når slutligen en dom om skyldig men överraskar domstolen genom att be domare Brewster att ge en strafftid. Även om tillfälligt chockad av förslaget accepterar Brewster det i slutändan, och Moore är fri att gå. Bruner erbjuds ett partnerskap i sitt företag men avböjer. Senare besöker Moore och Bruner Emily’s grav, och Moore säger att tiden kommer då Emily kommer att förklaras som en helgon.