Erin Bruner, en ambitiøs advokat, der søger at blive seniorpartner i sit advokatfirma, tager sagen om fader Richard Moore, en katolsk bispedomspræst, der er anklaget for uagtsomt drab efter en forsøg på uddrivelse af den 19-årige studerende Emily Rose. Mens ærkebispedømmet ønsker, at Moore erkender sig skyldig for at minimere forbrydelsens offentlige opmærksomhed, erklærer Moore sig i stedet uskyldig. Under retssagen visualiseres vidnernes udsagn via flashbacks. Anklager Ethan Thomas forhører adskillige læger og neurologer for at fastslå en medicinsk sag. for Emily’s død, især epilepsi og skizofreni. Emily var droppet ud af sine universitetsstudier efter at have været konsekvent ramt af vrangforestillinger og muskelspasmer klokken 3. Hun vendte tilbage til sine forældres hjem og blev behandlet med epilepsi og psykosemedicin. Moore blev hørt, da hendes tilstand ikke kunne forbedres, og hans vurdering og observationer førte ham til den konklusion, at Emily blev besat af en dæmon. Med samtykke fra Emily “s forældre udsatte Moore Emily for en eksorsisme, der i sidste ende mislykkedes. Moore formodede, at Emily “medicin var skyld i den mislykkede udvisning, da de lammede Emily’s hjerneaktivitet og holdt dæmonen uden for rækkevidde.
Moore, der ønsker at fortælle Emily’s historie, giver sin vidnesbyrd, når han kaldes til vidnesbyrdet. Bruner begynder at opleve overnaturlige fænomener derhjemme og vågner klokken 3:00 til lugten af brændende materiale. Moore advarer hende om, at hun kan være et mål for dæmonerne og afslører, at han også har oplevet lignende fænomener den aften, hvor han forberedte eksorsisme. Bruner støtter Moore ved at tilkalde antropolog Sadira Adani til at vidne om troen på åndelig besiddelse fra forskellige kulturer, men Thomas afviser hendes påstande som vrøvl. Graham Cartwright, en læge, der deltog i eksorsisme, giver Bruner et kassettebånd, som eksorcismen blev optaget på, og Moore præsenterer optagelsen som bevis. Cartwrights vidnesbyrd om at bekræfte eksorsismen og tilbagevise anklagemyndighedens medicinske sag er udbredt d når han pludselig rammes af en bil. En fortvivlet Bruner trækker sig tilbage til sit kontor, hvor hendes chef truer hende med opsigelse, hvis hun tillader Moore at vidne igen. Bruner besøger Moore i sin fængselscelle, hvor han overbeviser hende om at tillade ham at fortælle resten af Emily’s historie på trods af sin chefs trussel.
Den næste dag tager Moore vidnesbyrdet igen og læser et brev, som Emily skrev, før hun døde. Om morgenen efter eksorsisme blev Emily besøgt af Jomfru Maria i en mark nær sit hus og fik valget om at stige op til himlen. Emily valgte imidlertid at udholde sin lidelse og modtog senere stigmata på hænderne. Thomas fortolker ikke markeringerne som et guddommeligt tegn, men snarere som spor af selvpåførte skader. Juryen når til sidst en dom over skyldig, men overrasker retten ved at bede dommer Brewster om at give en dom, der er forkyndt. Selvom Brewster i øjeblikket chokeret over forslaget, accepterer det i sidste ende, og Moore er fri til at gå. Bruner tilbydes et partnerskab i sit firma, men afviser. Senere besøger Moore og Bruner Emily’s grav, og Moore siger, at tiden kommer, hvor Emily vil blive erklæret som en helgen.
