På trods af den egyptiske tilstedeværelse i Øvre Nubien fortsatte den oprindelige kultur i regionen med at blomstre. Denne kultur var dybt påvirket af afrikanske folk i syd og blev lidt ændret af nærheden til egyptiske garnisoner eller importen af luksusartikler fra egyptiske handlende. Faktisk ser egyptiseringen af Nubia ud til at være blevet forbedret under tilbagegangen i Egypts politiske kontrol over Nubia i den anden mellemperiode (ca. 1630–1540 fvt), da nubere i stort antal blev ansat som lejesoldater mod de asiatiske Hyksos-indtrængere Egypten. Denne erfaring gjorde mere for at introducere den egyptiske kultur, som lejesoldaterne absorberede, mens de kæmpede i egyptiske hære, end det gjorde de foregående århundreder med egyptisk militær besættelse. Omvendt bidrog tilstedeværelsen af disse lejesoldater i Egypten til den voksende afrikanske indflydelse inden for den egyptiske kultur.
Hyksos nederlag var resultatet af en national stigning af egypterne, der, når de først havde udvist Hyksos fra Nildalen, vendte deres energi sydpå for at genoprette den militære besættelse af Nubia, som Hyksos-invasionen havde forstyrret. Under Thutmose I (regeret 1493 – ca. 1482 fvt) blev den egyptiske erobring af det nordlige Sudan afsluttet så langt som Kurqus, 50 miles syd for Abū Ḥamad, og efterfølgende egyptiske militære ekspeditioner trængte endnu længere op på Nilen. Denne tredje egyptiske besættelse var den mest komplette og mest varige, for på trods af sporadiske oprør mod egyptisk kontrol blev Nubia opdelt i to administrative enheder: Wawat i nord med sin provinshovedstad Aswan og Kush (også stavet Cush) i syd med hovedkvarter i Napata (Marawī). Nubien som helhed blev styret af en vicekonge, normalt et medlem af det kongelige følge, der var ansvarlig over for den egyptiske farao. Under ham var to stedfortrædere, en for Wawat og en for Kush og et hierarki af mindre embedsmænd. Bureaukratiet var hovedsageligt bemandet med egyptere, men egyptiserede nubere var ikke ualmindelige. Kolonier af egyptiske embedsmænd, handlende og præster omringede de administrative centre, men ud over disse forposter fortsatte nuberne med at bevare deres egne særskilte traditioner, skikke og håndværk. En synkretistisk kultur opstod således i Kush, udformet af Egypten mod nord og afrikanske folkes syd.
Kushs holdning til at hindre handelsruterne fra Egypten til Det Røde Hav og fra Nilen til syd og vest bragte betydelig rigdom fra fjerne steder. Desuden var dens dyrkede områder langs Nilen rige, og i bjergene producerede guld- og smaragdminerne guldfarver og juveler til Egypten. Nubierne blev også højt værdsat som soldater.
Da Egypten igen faldt i tilbagegang ved slutningen af det nye rige (11. århundrede fvt), blev vicekonge i Kush, støttet af deres nubiske hære, praktisk talt uafhængige konger, fri for egyptisk kontrol. I det 8. århundrede fvt kom kusjernes konger fra arvelige herskende familier af egyptiserede nubiske høvdinge, der hverken havde politiske eller familiebånd med Egypten. Under en sådan konge, Kashta, erhvervede Kush kontrol over det øvre (dvs. det sydlige) Egypten, og under sin søn Piye (tidligere kendt som Piankhi; regerede omkring 750 – ca. 719 f.Kr.) hele Egypten til bredden af Middelhavet. blev bragt under administrationen af Kush. Som verdensmagt skulle Kush imidlertid ikke vare. Lige da Kushs konger havde etableret deres styre fra Abū Ḥamad til Nildeltaet, invaderede assyrerne Egypten (671 fvt) og besejrede Kushs hære under den tvivlsomme Taharqa med deres overlegne jernsmede våben ved 654 var kushitterne blevet drevet tilbage til Nubia og sikkerheden i deres hovedstad Napata. Selvom de var reduceret fra en stormagt til et isoleret kongerige bag de golde bakker, der blokerede det sydlige fremskridt fra Aswan, fortsatte Kush at herske over den midterste Nilen i yderligere tusind år. Dens unikke egyptisk-nubiske kultur med dens stærke afrikanske tilvækst blev bevaret, mens Egypten kom under persisk, græsk og romersk indflydelse. Selvom egyptiserede på mange måder, var Kush-kulturen ikke blot egyptisk civilisation i et nubisk miljø. Kushitterne udviklede deres eget sprog, udtrykt først af egyptiske hieroglyffer, derefter af deres eget og til sidst af et kursivt script. De tilbad egyptiske guder, men opgav ikke deres egne. De begravede deres konger i pyramider, men ikke på egyptisk måde. Deres rigdom fortsatte med at strømme fra minerne og voksede med deres kontrol over handelsruterne. Kort efter tilbagetrækningen fra Egypten blev hovedstaden flyttet fra Napata sydpå til Meroe nær Shandī, hvor kongeriget i stigende grad blev udsat for de længe etablerede afrikanske kulturer længere sydpå på det tidspunkt, hvor dets bånd med Egypten hurtigt forsvandt.Den efterfølgende historie med Kush er et gradvist forfald, der ender med storartet udryddelse i 350 e.Kr. af kongen af Aksum, der marcherede ned fra det etiopiske højland, ødelagde Meroe og fyrede de forfaldne byer langs floden.
