První žena ve funkci ministra zahraničí

V roce 1996 Clintonová nominovala Albrightovou na ministryni zahraničí a Senát USA ji jednomyslně potvrdil. 23. ledna 1997 složila přísahu Madeleine Albrightová jako ministryně zahraničí. Stala se nejvýše postavenou ženou ve vládě Spojených států.

Krátce po jejím potvrzení Albrightova sestřenice Dasha Sima novinářům Washington Post odhalila, že Albrightova rodina byli českoslovenští Židé, nikoli katolíci, jak věřila, a že tři její prarodiče zemřel v koncentračních táborech. Před druhou světovou válkou (1939–45) nacistická vláda v Německu zřídila koncentrační tábory, které měly držet lidi, které považovali za nepřátele státu. Nakonec byly do těchto táborů nuceny menšinové skupiny, včetně Židů, kde během války zemřelo mnoho lidí. (Albright byl citován v Newsweeku slovy: „Byl jsem hrdý na dědictví, o kterém jsem věděl, a budu stejně hrdý na dědictví, které jsem právě dostal.“ O několik měsíců později Albright odletěl do Prahy a byl oceněn prezidentem České republiky Václavem Havlem (1936–).

Albright zahájil mírovou misi na Středním východě na podzim roku 1997, první setkání s izraelským premiérem Benjaminem Netanjahuem (1949–), poté s palestinskými vůdce Jásir Arafat (1929–), syrský prezident Hafez al-Assad (1930–2000), egyptský prezident Hosny Mubarak (1928–), saúdskoarabský král Fahd ibn Abdul Aziz (1922–) a jordánský král Husajn Albrightová odsoudila teroristické aktivity, vyzvala Netanjahua, aby učinil nějaké ústupky Palestincům, a poté slíbil, že se znovu nebude setkávat s izraelskými a palestinskými vůdci, dokud nebudou „připraveni učinit tvrdá rozhodnutí.“ V červenci 2000 se Albright vrátila na Střed Tentokrát rozhovory mezi novým izraelským premiérem Ehu d Barak (1942–) a Arafat skončili, když Barak řekl, že si užívá oddech v mírovém procesu.

Albright se zapsala do historie svou návštěvou 23. října 2000 u severokorejského vůdce Kim Čonga II (1941–). Stala se první americkou ministryní zahraničí, která navštívila Severní Koreu.