Navzdory egyptské přítomnosti v Horní Núbii domorodá kultura regionu nadále vzkvétala. Tato kultura byla hluboce ovlivněna africkými národy na jihu a byla málo změněna blízkostí egyptských posádek nebo dovozem luxusních předmětů egyptskými obchodníky. Ve skutečnosti se zdá, že egyptizace Núbie byla ve skutečnosti posílena během poklesu egyptské politické kontroly nad Núbií ve druhém přechodném období (asi 1630–1540 př. N. L.), Kdy byli Núbijci ve velkém počtu zaměstnáni jako žoldáci proti asijským útočníkům Hyksosu Egypt. Tato zkušenost přinesla více představení egyptské kultury, kterou žoldáci absorbovali během bojů v egyptských armádách, než předchozí století egyptské vojenské okupace. Naopak přítomnost těchto žoldáků v Egyptě přispěla k rostoucímu africkému vlivu v egyptské kultuře.
Porážka Hyksosů byla výsledkem národního povstání Egypťanů, kteří, jakmile vyhnali Hyksos z údolí Nilu, obrátili své energie na jih, aby obnovili vojenskou okupaci Núbie, kterou narušila hyksoská invaze. Za vlády Thutmosa I. (vládl 1493 – c. 1482 př. N. L.) Bylo egyptské dobytí severního Súdánu dokončeno až na Kurqus, 50 mil jižně od Abú adamadu, a následné egyptské vojenské výpravy pronikly ještě dále po Nil. Tato třetí egyptská okupace byla nejkompletnější a nejtrvalejší, protože navzdory sporadickým povstáním proti egyptské kontrole byla Núbie rozdělena na dvě správní jednotky: Wawat na severu s hlavním městem provincie v Aswanu a Kush (také hláskovaný Cush) v na jih se sídlem v Napatě (Marawī). Núbii jako celek řídil místokrál, obvykle člen královského doprovodu, který byl odpovědný egyptskému faraonovi. Pod ním byli dva zástupci, jeden za Wawata a jeden za Kush, a hierarchie nižších úředníků. Byrokracii zaměstnávali hlavně Egypťané, ale egyptští Núbijci nebyli neobvyklí. Kolonie egyptských úředníků, obchodníků a kněží obklopovaly správní střediska, ale za těmito základnami Núbijci nadále zachovávali své vlastní odlišné tradice, zvyky a řemesla. V Kuši tak vznikla synkretistická kultura, kterou formovala kultura Egypta na severu a afrických národů na jihu.
Postavení Kuši na obchodních cestách z Egypta do Rudého moře a z Nilu do jih a západ, přinesly značné bohatství ze vzdálených míst. Kromě toho byly jeho obdělávané oblasti podél Nilu bohaté a v kopcích zlaté a smaragdové doly vyráběly pro Egypt drahokamy a drahokamy. Núbijci byli také vysoce ceněni jako vojáci.
Když Egypt na konci Nové říše (11. století př. N. L.) Opět upadl do úpadku, stali se místodržící Kush, podporovaní jejich núbijskými vojsky, prakticky nezávislí králové, bez egyptské kontroly. V 8. století před naším letopočtem králové Kush pocházeli z dědičných vládnoucích rodin egyptizovaných núbijských náčelníků, kteří s Egyptem neměli politické ani rodinné vazby. Pod jedním takovým králem Kashtou získal Kush kontrolu nad Horním (tj. Jižním) Egyptem a pod jeho synem Piye (dříve známým jako Piankhi; vládl kolem 750 –719 bce) celý Egypt až k pobřeží Středozemního moře byl přiveden pod správu Kush. Jako světová velmoc však Kush neměl vydržet. Ve chvíli, kdy Kušovi králové ustanovili vládu od Abú Támada po deltu Nilu, napadli Asyřané Egypt (671 př. N. L.) A svými vynikajícími železnými kovanými zbraněmi porazili armády Kúše pod pochybnou Taharqou; do roku 654 byli Kušité vyhnáni zpět do Núbie a do bezpečí jejich hlavního města Napaty.
Ačkoli se Kush snížil z velké moci na izolované království za pusté kopce, které blokovaly postup na jih od Aswanu, pokračoval vládnout nad středním Nilem dalších tisíc let. Zachovala se jeho jedinečná egyptsko-núbijská kultura se silnými africkými přírůstky, zatímco egyptská se dostala pod perské, řecké a římské vlivy. Přestože byla kultura v mnoha ohledech egyptská, kultura Kush nebyla pouze egyptskou civilizací v núbijském prostředí. Kušité vyvinuli svůj vlastní jazyk, vyjádřený nejprve egyptskými hieroglyfy, poté jejich vlastním jazykem a nakonec kurzívou. Uctívali egyptské bohy, ale neopustili své vlastní. Pohřbili své krále v pyramidách, ale ne egyptským způsobem. Jejich bohatství nadále proudilo z dolů a rostlo s jejich kontrolou nad obchodními cestami. Krátce po ústupu z Egypta bylo hlavní město přesunuto z Napaty na jih do Meroe poblíž Shandī, kde bylo království stále více vystaveno dlouho zavedeným africkým kulturám dále na jih v době, kdy jeho vazby s Egyptem rychle mizely.Následná historie Kush je historií postupného rozpadu a končí neslavným vyhynutím krále Aksum v roce 350 n. L., Který pochodoval z etiopské vysočiny, zničil Meroe a vyplenil zchátralá města podél řeky.
