În ciuda prezenței egiptene în Nubia Superioară, cultura indigenă din regiune a continuat să înflorească. Această cultură a fost profund influențată de popoarele africane din sud și a fost puțin schimbată de apropierea garnizoanelor egiptene sau de importurile de articole de lux de către comercianții egipteni. Într-adevăr, egiptizarea Nubiei pare să fi fost de fapt îmbunătățită în timpul declinului controlului politic al Egiptului asupra Nubiei în a doua perioadă intermediară (c. 1630-1540 î.e.n.), când nubienii erau angajați în număr mare ca mercenari împotriva invadatorilor asiați Hyksos din Egipt. Această experiență a făcut mai mult pentru a introduce cultura egipteană, pe care mercenarii au absorbit-o în timp ce luptau în armatele egiptene, decât în secolele precedente de ocupație militară egipteană. Dimpotrivă, prezența acestor mercenari în Egipt a contribuit la creșterea influenței africane în cultura egipteană.

Înfrângerea Hyksos a fost rezultatul unei creșteri naționale a egiptenilor care, odată ce i-au expulzat pe Hyksos din valea Nilului și-a îndreptat energiile spre sud pentru a restabili ocupația militară din Nubia pe care invazia Hyksos o perturbase. Sub Thutmose I (a domnit 1493 – c. 1482 î.e.n.), cucerirea egipteană a nordului Sudanului a fost finalizată până la Kurqus, la 50 de mile sud de Abū Ḥamad, iar expedițiile militare egiptene ulterioare au pătruns și mai departe pe Nil. Această a treia ocupație egipteană a fost cea mai completă și cea mai durabilă, deoarece, în ciuda rebeliunilor sporadice împotriva controlului egiptean, Nubia a fost împărțită în două unități administrative: Wawat în nord, cu capitala sa de provincie la Aswān, și Kush (de asemenea, scris Cush) în sudul, cu sediul la Napata (Marawī). Nubia în ansamblu era guvernată de un vicerege, de obicei membru al anturajului regal, care era responsabil față de faraonul egiptean. Sub el se aflau doi adjuncți, unul pentru Wawat și unul pentru Kush și o ierarhie de funcționari mai mici. Birocrația era formată în principal de egipteni, dar nubienii egipteni nu erau neobișnuiți. Coloniile de oficiali, comercianți și preoți egipteni au înconjurat centrele administrative, dar dincolo de aceste avanposturi nubienii au continuat să își păstreze propriile tradiții, obiceiuri și meșteșuguri distincte. A apărut astfel o cultură sincretistă în Kush, modelată de cea a Egiptului la nord și a popoarelor africane la sud.

Poziția lui Kush în ceea ce privește rutele comerciale din Egipt până la Marea Roșie și din Nil până în sudul și vestul, au adus bogăție considerabilă din locuri îndepărtate. Mai mult, suprafețele sale cultivate de-a lungul Nilului erau bogate, iar pe dealuri minele de aur și smarald produceau lingouri și bijuterii pentru Egipt. Nubienii erau, de asemenea, foarte apreciați ca soldați.

Pe măsură ce Egiptul a căzut din nou în declin la sfârșitul Noului Regat (secolul al XI-lea î.Hr.), viceregii din Kush, susținuți de armatele lor nubiene, au devenit practic independenți regi, fără controlul egiptean. Până în secolul al VIII-lea î.e.n., regii din Kush provin din familii conducătoare ereditare de șefi nubieni egipteni care nu dețineau legături politice și nici familiale cu Egiptul. Sub un astfel de rege, Kashta, Kush a preluat controlul asupra Egiptului de Sus (adică spre sud) și sub fiul său Piye (cunoscut anterior ca Piankhi; a domnit între 750 și 719 î.Hr.) întregul Egipt până la țărmurile Mediteranei a fost adus sub administrarea lui Kush. Cu toate acestea, ca putere mondială, Kush nu trebuia să dureze. Tocmai când regii din Kush își stabiliseră stăpânirea de la Abū Ḥamad până în delta Nilului, asirienii au invadat Egiptul (671 î.e.n.) și cu armele lor superioare forjate cu fier au învins armatele din Kush sub redutabila Taharqa; până în 654, cușiții fuseseră alungați înapoi în Nubia și în siguranța capitalei lor, Napata.

Deși reduși de la o mare putere la un regat izolat în spatele dealurilor sterpe care blocau avansul spre sud de la Aswān, Kush a continuat să conducă peste Nilul mijlociu încă o mie de ani. Cultura sa unică egiptean-nubiană cu puternicele sale acumulări africane a fost păstrată, în timp ce cea a Egiptului a intrat sub influențe persane, grecești și romane. Deși egiptizat în multe feluri, cultura lui Kush nu a fost pur și simplu civilizația egipteană într-un mediu nubian. Kushii și-au dezvoltat propriul limbaj, exprimat mai întâi prin hieroglife egiptene, apoi prin propriul lor și, în cele din urmă, printr-un script cursiv. S-au închinat zeilor egipteni, dar nu i-au abandonat pe ai lor. Ei și-au îngropat regii în piramide, dar nu în stil egiptean. Bogăția lor a continuat să curgă din mine și să crească odată cu controlul asupra rutelor comerciale. La scurt timp după retragerea din Egipt, capitala a fost mutată din Napata spre sud, în Meroe, lângă Shandī, unde regatul a fost din ce în ce mai expus culturilor africane de multă vreme, aflate mai în sud, chiar în momentul în care legăturile sale cu Egiptul dispăreau rapid.Istoria ulterioară a lui Kush este una a decăderii treptate, care se încheie cu dispariția glorioasă în anul 350 CE de către regele Aksum, care a mers în jos din munții etiopieni, a distrus Meroe și a prădat orașele decrepite de-a lungul râului.