Apesar da presença egípcia na Alta Núbia, a cultura indígena da região continuou a florescer. Essa cultura foi profundamente influenciada pelos povos africanos do sul e pouco mudou com a proximidade de guarnições egípcias ou as importações de artigos de luxo por comerciantes egípcios. De fato, a egípcioização da Núbia parece realmente ter sido intensificada durante o declínio do controle político do Egito sobre a Núbia no Segundo Período Intermediário (c. 1630-1540 aC), quando os núbios foram empregados em grande número como mercenários contra os invasores hicsos asiáticos de Egito. Essa experiência contribuiu mais para introduzir a cultura egípcia, que os mercenários absorveram enquanto lutavam nos exércitos egípcios, do que os séculos anteriores de ocupação militar egípcia. Por outro lado, a presença desses mercenários no Egito contribuiu para a crescente influência africana na cultura egípcia.

A derrota dos hicsos foi o resultado de um levante nacional dos egípcios que, uma vez expulsos dos hicsos de o vale do Nilo, voltaram suas energias para o sul para restabelecer a ocupação militar da Núbia que a invasão hicsa havia interrompido. Sob Tutmosis I (reinou de 1493 a 1482 aC), a conquista egípcia do norte do Sudão foi concluída até Kurqus, 50 milhas ao sul de Abū Ḥamad, e as expedições militares egípcias subsequentes penetraram ainda mais alto no Nilo. Esta terceira ocupação egípcia foi a mais completa e a mais duradoura, pois, apesar das rebeliões esporádicas contra o controle egípcio, a Núbia foi dividida em duas unidades administrativas: Wawat no norte, com sua capital provincial em Aswān, e Kush (também conhecido como Cush) em o sul, com sede em Napata (Marawī). A Núbia como um todo era governada por um vice-rei, geralmente um membro da comitiva real, que era responsável perante o faraó egípcio. Sob ele estavam dois deputados, um para Wawat e outro para Kush, e uma hierarquia de funcionários menores. A burocracia era composta principalmente por egípcios, mas os núbios egípcios não eram incomuns. Colônias de funcionários, comerciantes e sacerdotes egípcios cercavam os centros administrativos, mas além desses postos avançados, os núbios continuaram a preservar suas próprias tradições, costumes e ofícios distintos. Assim, uma cultura sincrética surgiu em Kush, formada pela do Egito ao norte e pelos povos africanos ao sul.

A posição de Kush nas rotas comerciais do Egito ao Mar Vermelho e do Nilo ao o sul e o oeste trouxeram uma riqueza considerável de lugares distantes. Além disso, suas áreas cultivadas ao longo do Nilo eram ricas e, nas montanhas, as minas de ouro e esmeralda produziam ouro e joias para o Egito. Os núbios também eram altamente valorizados como soldados.

À medida que o Egito declinava mais uma vez no fim do Novo Império (século 11 aC), os vice-reis de Kush, apoiados por seus exércitos núbios, tornaram-se virtualmente independentes reis, livres do controle egípcio. No século VIII aC, os reis de Kush vieram de famílias governantes hereditárias de chefes núbios egípcios que não possuíam laços políticos ou familiares com o Egito. Sob um tal rei, Kashta, Kush adquiriu o controle do Alto (isto é, sul) do Egito, e sob seu filho Piye (anteriormente conhecido como Piankhi; reinou c. 750-c. 719 aC) todo o Egito até as margens do Mediterrâneo foi colocado sob a administração de Kush. Como potência mundial, no entanto, Kush não duraria. Apenas quando os reis de Kush estabeleceram seu governo de Abū Ḥamad ao delta do Nilo, os assírios invadiram o Egito (671 aC) e com suas armas forjadas de ferro superiores derrotaram os exércitos de Kush sob o temível Taharqa; por volta de 654, os kushitas foram rechaçados para a Núbia e a segurança de sua capital, Napata.

Embora reduzido de grande potência a um reino isolado atrás das colinas áridas que bloqueavam o avanço para o sul de Aswān, Kush continuou governar o meio do Nilo por mais mil anos. Sua cultura egípcia-núbia única, com seus fortes acréscimos africanos, foi preservada, enquanto a do Egito sofreu influências persa, grega e romana. Embora egípcio de várias maneiras, a cultura de Kush não era simplesmente a civilização egípcia em um ambiente núbio. Os kushitas desenvolveram sua própria linguagem, expressa primeiro pelos hieróglifos egípcios, depois pelos seus próprios e, finalmente, por uma escrita cursiva. Eles adoravam deuses egípcios, mas não abandonavam os seus próprios. Eles enterraram seus reis em pirâmides, mas não à maneira egípcia. Sua riqueza continuou a fluir das minas e a crescer com o controle das rotas de comércio. Logo após a retirada do Egito, a capital foi transferida de Napata para o sul para Meroe perto de Shandī, onde o reino foi cada vez mais exposto às culturas africanas estabelecidas mais ao sul, no momento em que seus laços com o Egito estavam desaparecendo rapidamente.A história subsequente de Kush é de decadência gradual, terminando com extinção inglória em 350 dC pelo rei de Aksum, que marchou das terras altas da Etiópia, destruiu Meroe e saqueou as cidades decrépitas ao longo do rio.