Lagoner er skilt fra større vannmasser med sandstenger, barriererev, korallrev eller andre naturlige barrierer. Ordet «lagune» stammer fra det italienske ordet laguna, som betyr «dam» eller «innsjø.»
Selv om laguner er godt definert geografisk, brukes ordet «lagune» noen ganger som et navn på en større region som inneholder en eller flere laguner. Laguna Madre på Gulfkysten av Texas består for eksempel av mindre bukter og laguner, mens Laguna Beach i Sør-California faktisk er en strand og ikke en lagune i det hele tatt.
Det er to typer laguner: atoll og kyst. Atollaguner dannes når en øy helt legger seg under vannet, og etterlater en korallring som fortsetter å vokse oppover. I midten av ringen er det en vannmasse som ofte er dyp. Kombinasjonen av korallvekst og vann skaper en lagune. Det kan ta så lang tid som 300 000 år før en atollformasjon oppstår.
Kystlaguner dannes langs svakt skrånende kyst. De er generelt grunnere enn atolllaguner og har en tendens til å bli skilt fra havet av en øy, rev eller sandbank. Det meste av t tid, kystlaguner er koblet til havet av et innløp.
Havnivåstigning, mengden av eksisterende sediment og tidevannsområde bidrar alle til dannelsen av kystlaguner. Yngre og mer dynamiske enn atolllaguner, kystlaguner kan ha kortere «levetid» på grunn av deres utsatte steder i fjæra.