Lagoner er adskilt fra større vandområder med sandstænger, barriererev, koralrev eller andre naturlige barrierer. Ordet “lagune” stammer fra det italienske ord laguna, som betyder “dam” eller “sø”.

Selvom laguner er veldefineret geografisk, bruges ordet “lagune” undertiden som et navn på en større region, der indeholder en eller flere laguner. Laguna Madre på Texas Gulf Coast består f.eks. faktisk af mindre bugter og laguner, mens Laguna Beach i det sydlige Californien faktisk er en strand og slet ikke en lagune.

Der er to typer laguner: atoll og kyst. Atollaguner dannes, når en ø helt lægger sig under vandet og efterlader en koralring, der fortsætter med at vokse opad. I midten af ringen er en vandkrop, der ofte er dyb. Kombinationen af koralvækst og vand skaber en lagune. Det kan tage så længe som 300.000 år, før en atolldannelse finder sted.

Kystlaguner dannes langs let skrånende kyster. De er generelt lavere end atollaguner og har tendens til at blive adskilt fra havet af en ø, et rev eller en sandbank. Det meste af t tid, kystlaguner er forbundet med havet ved et indløb.

Stigning i havniveauet, mængden af eksisterende sediment og tidevandsområdet bidrager alle til dannelsen af kystlaguner. Yngre og mere dynamiske end atollaguner, kystlaguner kan have kortere “levetid” på grund af deres udsatte placeringer ved kysten.