Erin Bruner, en ambisiøs advokat som ønsker å bli seniorpartner i advokatfirmaet hennes, tar saken til far Richard Moore, en katolsk bispedømmeprest tiltalt for uaktsomt drap etter et forsøk på eksorsisme av den 19 år gamle studenten Emily Rose. Mens erkebispedømmet ønsker at Moore erkjenner straffskyld for å minimere forbrytelsens oppmerksomhet, erkjenner Moore i stedet uskyldig. Under rettssaken blir vitnene forklart gjennom tilbakeblikk. Aktor Ethan Thomas forhører flere leger og nevrologer for å fastslå en medisinsk sak for Emily død, spesielt epilepsi og schizofreni. Emily hadde droppet studiene etter å ha blitt konsekvent rammet av vrangforestillinger og muskelspasmer klokka 03.00. Hun kom tilbake til foreldrenes hjem og ble behandlet med medisiner mot epilepsi og psykoser. Moore ble konsultert da tilstanden hennes ikke ble bedre, og hans vurdering og observasjoner førte ham til den konklusjon at Emily ble besatt av en demon. Med samtykke fra Emily foreldre utsatte Moore Emily for en eksorsisme som til slutt mislyktes. Moore antok at Emily «medisiner var skyld i den mislykkede utvisningen, da de lammet Emily ‘s hjerneaktivitet og holdt demonen utenfor rekkevidde.

Moore, som ønsker å fortelle Emily’s historie, gir sin vitnesbyrd når han blir kalt til vitneboksen. Bruner begynner å oppleve overnaturlige fenomener hjemme, og våkner klokken 03:00 av lukten av brennende materiale. Moore advarer henne om at hun kan være et mål for demonene og avslører at også han har opplevd lignende fenomener den natten han forberedte eksorsismen. Bruner støtter Moore ved å innkalle antropolog Sadira Adani for å vitne om troen på åndelig besittelse fra forskjellige kulturer, men Thomas avviser hennes påstander som tull. Graham Cartwright, en lege som deltok i eksorsismen, gir Bruner et kassettbånd der eksorsismen ble spilt inn, og Moore presenterer innspillingen som bevis. Cartwrights vitnesbyrd om å autentisere eksorsismen og tilbakevise påtalemyndighetens medisinske sak er utbredt d når han plutselig blir rammet av en bil. En fortvilet Bruner trekker seg tilbake til kontoret sitt, der sjefen hennes truer henne med oppsigelse hvis hun lar Moore vitne igjen. Bruner besøker Moore i fengselscellen, der han overbeviser henne om å tillate ham å fortelle resten av Emily’s historie til tross for sjefens trussel.

Dagen etter tar Moore vitnestanden igjen og leser et brev som Emily skrev før hun døde. Om morgenen etter eksorsismen fikk Emily besøk av Jomfru Maria i et felt nær huset hennes og fikk lov til å stige opp til himmelen. Emily valgte imidlertid å tåle lidelsene og fikk senere stigmata på hendene. Thomas tolker ikke markeringene som et guddommelig tegn, men snarere som spor av selvpåførte skader. Juryen når til slutt en dom over skyldig, men overrasker retten ved å be dommer Brewster om å gi en straff som er sonet. Selv om Brewster øyeblikkelig sjokkert over forslaget, godtar det til slutt, og Moore er fri til å dra. Bruner blir tilbudt et partnerskap i sitt firma, men avviser. Senere besøker Moore og Bruner Emily’s grav, og Moore uttaler at tiden vil komme hvor Emily vil bli erklært som en helgen.