Massakre og mer konflikt

Klokken to om morgenen 24. august, den hellige Bartholomews-dagen, 1572, flyttet katolske tropper til å drepe den sårede Coligny og andre hugenotledere. Til slutt brøt all følelse av orden sammen; plyndring og slåssing brøt ut over Paris, og over to tusen menn, kvinner og barn avviklet døde. Catherine ble rapportert å ha bestilt angrepene, men dette har aldri blitt bevist fullstendig. En annen borgerkrig begynte, men av en merkelig begivenhet falt ledelsen av Huguenot-partiet nå til Catherine yngste sønn Francis, hertug av Alençon. Han plasserte seg selv i spissen for de protestantiske styrkene og drømte om en krone, og erklærte at hans eldre bror Henry, som nettopp hadde blitt valgt til Polens trone, var ikke lenger tilgjengelig for å styre Frankrike.

Avgangen til Catherine tredje sønn, Henry, for å ta over Polens trone førte til at nok et Huguenot-opprør. Med sin vanlige energi organiserte Catherine krefter for å stoppe den, og med sin vanlige besluttsomhet ble hun vitne til henrettelsene fra lederne. Hun var også vitne til døden til sønnen King Charles, 24 år gammel. Hun husket sin favoritt, Henry, til å ta over som konge. Henrik III ble kronet i 1575 og gift, men han hadde ingen barn som til slutt kunne overta tronen. Han hadde også uenigheter med familien Guise, noe som kompliserte ting. Catherine oppfordret Henry til å avgjøre sine uenigheter med familien Guise for nasjonal og katolsk sikkerhet.

Catherine forble politisk aktiv helt til slutten av sitt liv, turnerte Frankrike på Henrys vegne og prøvde å opprettholde lojaliteten til de mange krigsherjede områdene. Hun bygde også opp en enorm samling av bøker og malerier , og hun bygde eller forstørret noen av Paris ‘fineste bygninger. I 1589 ble hun syk mens hun danset ved ekteskapet til en av hennes barnebarn. Hun døde 5. januar og levde akkurat lenge nok til å høre at Henrys livvakter hadde myrdet Guise, som hun så som en avvisning av sønnen av alt hun hadde jobbet for. Senere samme år ble Henry III myrdet. I en annen vri , det var Huguenot-prinsen Henry av Navarra som tok over tronen; han klarte ikke å sitte på den før han adopterte den katolske troen i 1593 med den berømte bemerkningen «Paris er verdt en messe.»