John Harvard mészáros fia, marhakereskedő és Stratford-on-Avon éger fia leánya volt. A pestis 1625-ben megölte apját, valamint testvéreinek többségét. Édesanyja újra megnősült, és Johnt édesanyja és mostohaapja 1627-ben a cambridge-i Emmanuel College-ba küldte. 1631-ben diplomát szerzett, és 1635-ben mesterképzést kapott. 1636-ban megnősült, és a következő évben Új-Angliába hajózott.
1637. november 2-án Harvard szabadkává vált Charlestownban, a massachusettsi öbölben, ahol azonnal tanult és jámbor emberként ismerték el. A Charlestown-i Első Egyház segédlelkészeként szolgált, és a bizottság tagjává nevezték ki, hogy segítsen összeállítani a Szabadságok Testületét.
Harvard jelentős vagyont örökölt Angliában, és gazdagabb volt, mint a legtöbb gyarmati kortársai közül. Amikor valamivel kevesebb, mint egy évvel a tuberkulózisban halt meg, miután megérkezett Charlestownba, körülbelül 1600 fontnyi birtokot hagyott maga után. Végrendeletében azt állította, hogy pénzének felét a klasszikus és teológiai irodalom gyűjteményével együtt egy nemrégiben a szomszédos New Towne-ban létrehozott iskolának adják, amelyet hamarosan Cambridge-re keresztelnek. Az iskolát 1636-ban alapították, és Harvard ajándéka biztosította folyamatos működését. 1639-ben a Massachusettsi Törvényszék kimondta, hogy az iskolát Harvard College-nak nevezik el, hála első nagy jótevőjének. Iratkozzon fel most
1828-ban a Harvard öregdiákjai gránit emlékművet állítottak John Harvard emlékére, és egy ülő szobrot “az emlékezetes amerikai tanulás és vallás jótevőjének”, ahogy Edward Everett nevezte. , 1884-ben a Harvard Egyetem kapta.