Egyptin läsnäolosta Ylä-Nubiassa huolimatta alueen alkuperäiskulttuuri kukoisti edelleen. Afrikkalaiset ihmiset etelässä vaikuttivat syvästi tähän kulttuuriin, ja Egyptin varuskuntien läheisyys tai egyptiläisten kauppiaiden ylellisyystuotteiden tuonti ei muuttanut sitä juurikaan. Nubian egyptiläistyminen näyttää todellakin lisääntyneen, kun Egyptin poliittinen määräysvalta Nubiaa kohtaan heikentyi toisella välikaudella (n. 1630–1540 eKr.), Kun nuubialaisia työskenteli paljon palkkasotureina Aasian hyksos-hyökkääjiä vastaan. Egypti. Tämä kokemus toi enemmän esiin egyptiläistä kulttuuria, jonka palkkasoturit ottivat vastaan taistellessaan Egyptin armeijoissa, kuin edeltävien vuosisatojen ajan Egyptin armeijan miehitys. Sitä vastoin näiden palkkasotureiden läsnäolo Egyptissä vaikutti afrikkalaisen vaikutusvallan lisääntymiseen egyptiläisessä kulttuurissa.
Hyksosien tappio oli seurausta egyptiläisten kansallisesta noususta, jotka heti karkotettuaan hyksot Niilin laakso, käänsivät energiansa etelään palauttaakseen Nyksian sotilaallisen miehityksen, jonka Hyksos-hyökkäys oli häirinnyt. Thutmose I: n (hallitsi 1493 – noin 1482 eKr.) Alaisuudessa Egyptin valloitus Pohjois-Sudanissa saatiin päätökseen Kurqukseen asti, 50 mailia Abū Ḥamadista etelään, ja seuraavat Egyptin sotaretket tunkeutuivat vielä kauemmas Niiliin. Tämä kolmas Egyptin miehitys oli täydellisin ja kestävin, sillä huolimatta satunnaisista kapinoista Egyptin hallintaa vastaan, Nubia jaettiin kahteen hallintoyksikköön: Wawat pohjoisessa, maakunnan pääkaupunginaan Aswān, ja Kush (myös kirjoitettu Cush) etelässä, pääkonttori Napatassa (Marawī). Nubiaa kokonaisuudessaan hallitsi varakuningas, yleensä kuninkaallisen seurakunnan jäsen, joka oli vastuussa Egyptin faraolle. Hänen alaisuudessaan oli kaksi varajäsentä, yksi Wawatille ja toinen Kushille, sekä alempien virkamiesten hierarkia. Byrokratiassa työskenteli pääasiassa egyptiläisiä, mutta egyptiläistetyt nuubialaiset eivät olleet harvinaisia. Egyptin virkamiesten, kauppiaiden ja pappien siirtokunnat ympäröivät hallintokeskuksia, mutta näiden etuvartioiden ulkopuolella nuubialaiset jatkoivat omien erillisten perinteidensä, tapojensa ja käsityöläisensä säilyttämistä. Kushissa syntyi siten synkretistinen kulttuuri, jonka muodosti pohjoisen Egyptin ja etelässä olevien afrikkalaisten kansojen kulttuuri.
Kushin asema kiertää kauppareitit Egyptistä Punaisellemerelle ja Niilistä etelä ja länsi, toivat huomattavaa vaurautta kaukaisista paikoista. Lisäksi sen viljellyt alueet Niilin varrella olivat rikkaita, ja kukkuloilla kulta- ja smaragdikaivokset tuottivat jalometalliharkkoja ja jalokiviä Egyptille. Nuubialaisia arvostettiin myös sotilaina.
Kun Egypti liukastui jälleen taantumaan Uuden kuningaskunnan (1100-luvulla eKr.) Lopulla, Kushin varajäsenet, joita heidän nuubian armeijansa tukivat, tulivat käytännössä itsenäisiksi. kuninkaat, ilman egyptiläistä valvontaa. 8. vuosisadalle eKr. Kushin kuninkaat tulivat egyptiläisten nubialaisten päälliköiden perinnöllisistä hallitsevista perheistä, joilla ei ollut poliittisia eikä perhesiteitä Egyptiin. Yhden tällaisen kuninkaan, Kashta, alaisuudessa Kush hankki Ylä-Egyptin (ts. Eteläisen) hallinnan ja poikansa Piyen (aiemmin Piankhi; hallitsi n. 750 – noin 719 eKr.) Hallinnassa koko Egyptin Välimeren rannoille. saatettiin Kushin hallinnon alaisuuteen. Maailmanvallana Kushin ei kuitenkaan pitänyt kestää. Juuri kun Kushin kuninkaat olivat vakiinnuttaneet hallinnonsa Abū Ḥamadista Niilin suistoon, assyrialaiset hyökkäsivät Egyptiin (671 eKr.) Ja ylivoimaisella raudalla taottuilla aseillaan voittivat Kushin armeijat epäilemättömän Taharqan alla; vuoteen 654 mennessä kuushilaiset olivat ajaneet takaisin Nubiaan ja pääkaupunginsa Napatan turvallisuuteen.
Vaikka Kush jatkoi suurvallasta eristettyyn valtakuntaan karuiden kukkuloiden takana, jotka estivät eteläsuunnan Aswānista, Kush jatkoi. hallita Niilin keskiosaa vielä tuhat vuotta. Sen ainutlaatuinen egyptiläis-nuubilainen kulttuuri ja sen vahvat afrikkalaiset kasvut säilyivät, kun taas Egyptin kulttuuri kuului persialaisten, kreikkalaisten ja roomalaisten vaikutteiden alaisuuteen. Vaikka egyptiläistettiin monin tavoin, Kushin kulttuuri ei ollut pelkästään egyptiläinen sivilisaatio Nuubian ympäristössä. Kushilaiset kehittivät oman kielensä, joka ilmaistiin ensin egyptiläisillä hieroglyfeillä, sitten omalla kielellään ja lopuksi kursiivikirjoituksella. He palvoivat egyptiläisiä jumalia, mutta eivät hylänneet omiaan. He hautasivat kuninkaansa pyramideihin, mutta eivät egyptiläiseen tapaan. Heidän varallisuutensa virtasi edelleen kaivoksista ja kasvoi hallitessaan kauppareittejä. Pian Egyptistä vetäytymisen jälkeen pääkaupunki siirrettiin Napatasta etelään Meroeen lähellä Shandíä, missä valtakunta altistui entistä kauemmin etelässä oleville pitkään vakiintuneille afrikkalaisille kulttuureille juuri silloin, kun sen siteet Egyptiin katoivat nopeasti.Kushin myöhempi historia on asteittaista rappeutumista, joka päättyy Aksumin kuninkaan häpeälliseen sukupuuttoon 350 ce: ssä, joka marssi Etiopian ylängöltä, tuhosi Meroen ja potkut joen varrella olevat rappeutuneet kaupungit.
