DNA-polymeraasi

rakenteet / ECOD

RCSB ATE; PDBe; PDBj

rakenteen yhteenveto

DNA-polymeraasi perhe A
c: o6-metyyli-guaniinipari polymeraasi-2-pohjaparin asennossa
Tunnisteet
Symboli DNA_pol_A
Pfam PF00476
InterPro IPR001098
Älykäs
TYÖPAIKKA PDOC00412
SCOP2 1dpi / SCOPe / SUPFAM
Käytettävissä olevat proteiinirakenteet: Pf olen ATE PDBsum

rakenteet / ECOD

RCSB ATE; PDBe; PDBj

rakenteen yhteenveto

DNA-polymeraasiperhe B
rb69 gp43: n kiderakenne kompleksissa dymiinin kanssa, joka sisältää tymiiniglykolia
Tunnisteet
Symboli DNA_pol_B
Pfam PF00136
Pfam-klaani CL0194
InterPro IPR006134
TYÖPAIKKA PDOC00107
SCOP2 1noy / SCOPe / SU PFAM
Saatavilla olevat proteiinirakenteet: Pfam ATE PDBsum

rakenteet / ECOD

ATE

RCSB ATE; PDBe; PDBj

rakenteen yhteenveto


tyypin B DNA-polymeraasi, organellaarinen ja virus
phi29 dna-polymeraasi, ortorombinen kidemuoto, ssdna-kompleksi
Tunnisteet
Symboli DNA_pol_B_2
Pfam PF03175
Pfam-klaani CL0194
InterPro IPR004868
Käytettävissä olevat proteiinirakenteet: Pfam PDBsum

Sekvenssihomologian perusteella DNA-polymeraasit voidaan edelleen jakaa seitsemään eri perheeseen: A, B, C, D, X, Y, ja RT.

Jotkut virukset koodaavat myös erityisiä DNA-polymeraaseja, kuten hepatiitti B -viruksen DNA-polymeraasia. Nämä voivat replikoida selektiivisesti virus-DNA: ta useiden mekanismien avulla. Retrovirukset koodaavat epätavallista DNA-polymeraasia, jota kutsutaan käänteistranskriptaasiksi, joka on RNA-riippuvainen DNA-polymeraasi (RdDp). Se polymeroi DNA: ta RNA-templaatista.

perhe DNA-polymeraasityypit Taksot Esimerkkejä Ominaisuus
A Replikatiiviset ja korjaavat polymeraasit Eukaryoottinen ja prokaryoottinen T7-DNA-polymeraasi, Pol I, Pol γ, θ ja ν Kaksi eksonukleaasidomeenia (3 ”-5” ja 5 ”-3”)
B Replikaatio- ja korjauspolymeraasit Eukaryoottiset ja prokaryoottiset Pol II, Pol B, Pol ζ, Pol α, δ ja ε 3 ”-5 eksonukleaasi (oikoluku); virusvirukset käyttävät proteiinialuketta
C Replikatiiviset polymeraasit Prokaryootti Pol III 3 ”-5 eksonukleaasi (oikoluku)
D Replikatiiviset polymeraasit Euryarchaeota PolD (DP1 / DP2-heterodimeeri) Ei ”käsi” -ominaisuutta, kaksoisputkinen RNA-polymeraasi- Kuten; 3 ”-5 eksonukleaasi (oikoluku)
X Replikaatio- ja korjauspolymeraasit Eukaryootti Pol β, Pol σ, Pol λ, Pol μ ja terminaalinen deoksinukleotidyylitransferaasi -matriisi valinnainen; 5 ”fosfataasi (vain Polp); heikko ”käsi” -ominaisuus
Y Replikatiiviset ja korjaavat polymeraasit Eukaryoottiset ja prokaryoottiset Pol ι , Pol κ, Pol η, Pol IV ja Pol V Translesionisynteesi
RT Replikatiiviset ja korjaavat polymeraasit Virukset, retrovirukset ja eukaryootit Telomeraasi, B-hepatiittivirus RNA-riippuvainen

Prokaryoottinen polymeraasiEdit

Prokaryoottisia polymeraaseja on kahdessa muodossa: ydinpolymeraasi ja holoentsyymi. Ydinpolymeraasi syntetisoi DNA: ta DNA-templaatista, mutta se ei voi aloittaa synteesiä yksin tai tarkasti. Holoentsyymi aloittaa synteesin tarkasti. Tämä korjauspolymeraasi on mukana leikkauskorjauksessa sekä 3 ”–5” – että ”5” -3 ”-eksonukleaasiaktiivisuudella ja viivästyneen juosteen synteesin aikana syntyneiden Okazaki-fragmenttien prosessoinnilla. Pol I on yleisin polymeraasi, jonka osuus > 95% polymeraasiaktiivisuudesta E. colissa; silti solut, joilta puuttuu Pol I, on havaittu viittaavan Pol I -aktiivisuuteen voidaan korvata muilla neljällä polymeraasilla. Pol I lisää ~ 15-20 nukleotidiä sekunnissa, mikä osoittaa heikkoa prosessiteettisuutta. Sen sijaan Pol I alkaa lisätä nukleotideja RNA-aluke: templaattiliitos, joka tunnetaan replikaation aloituskohtana (ori). Noin 400 emäsparia alkuosasta alkuperästä Pol III -holoentsyymi kootaan ja ottaa replikaation erittäin prosessointinopeudella ja luonteeltaan.

Taq-polymeraasi on tämän perheen lämmönkestävä entsyymi, jolla ei ole oikolukukykyä.

Pol IIEdit

DNA-polymeraasi II on perheen B polymeraasi, jota koodaa polB-geeni. Pol II: lla on 3 ”–5” eksonukleaasiaktiivisuus ja se osallistuu DNA: n korjaamiseen, replikaation uudelleenkäynnistykseen vaurioiden ohittamiseksi, ja sen soluläsnäolo voi hypätä ~ 30-50 kopiosta solua kohti ~ 200-300: een SOS-induktion aikana. Pol II: n uskotaan myös olevan varmuuskopio Pol III: sta, koska se voi olla vuorovaikutuksessa holoentsyymiproteiinien kanssa ja olettaa korkean prosessiteetin. Pol II: n pääroolin uskotaan olevan kyky ohjata polymeraasiaktiivisuutta replikaatiohaarukassa ja auttoi pysäyttämään Pol III: n ohittamaan terminaaliset ristiriidat. hypertermofiilinen arkeoni Pyrococcus furiosus. Yksityiskohtainen luokittelu jakaa arkkiperheen B ryhmiin B1, B2, B3, joissa B2 on ryhmä pseudoentsyymejä. Pfu kuuluu perheeseen B3. Muut arkeista löydetyt PolB: t ovat osa ”Casposoneja”, Cas1: stä riippuvia transposoneja. Jotkut virukset (mukaan lukien ~ 29 DNA-polymeraasi) ja mitokondrioiden plasmidit kantavat myös polB: tä.

Pol IIIEdit

DNA-polymeraasi III -holoentsyymi on ensisijainen entsyymi, joka osallistuu DNA-replikaatioon E. colissa ja kuuluu C-ryhmän polymeraaseihin. Se koostuu kolmesta kokoonpanosta: pol III -ydin, beeta-liukuvan puristimen prosessointikerroin ja puristimen latauskompleksi. Ydin koostuu kolmesta alayksiköstä: α, polymeraasiaktiivisuuskeskus, ɛ, eksonukleolyyttinen oikolukija ja θ, jotka voivat toimia stabil: n stabilointiaineena. Beeta-liukuvan puristimen prosessointikerroin on läsnä myös kahtena kappaleena, yksi kullekin ytimelle, sellaisen puristimen luomiseksi, joka sulkee DNA: n mahdollistamaan korkean prosessiteetin. Kolmas kokoonpano on seitsemän alayksikön (τ2γδδ′χψ) puristimen latauskompleksi.

Vanha oppikirja ”pasuunamalli” kuvaa venymiskompleksia, jossa on kaksi ekvivalenttia ydinentsyymiä jokaisessa replikaatiohaarukassa (RF), yksi jokaiselle säikeelle, jäljessä ja johtava. Viimeaikaiset todisteet yksimolekyylitutkimuksista osoittavat kuitenkin keskimäärin kolme stökiometristä ekvivalenttia ydinentsyymiä kussakin radiotaajuudessa sekä Pol III: lle että sen vasta-aineelle B. subtiliksessa, PolC.Solunsisäinen fluoresoiva mikroskopia on paljastanut, että johtavan juosteen synteesi ei välttämättä ole täysin jatkuvaa, ja Pol III *: lla (ts. Holoentsyymin α, ε, τ, δ ja χ alayksiköillä ilman liukuvaa ß2-puristinta) on suuri dissosiaatiota aktiivisesta RF: t. Näissä tutkimuksissa replikaatiohaarukan vaihtuvuus oli noin 10 s Pol III *: lla, 47 s ß2 liukupidikkeellä ja 15 m DnaB helikaasilla. Tämä viittaa siihen, että DnaB-helikaasi voi pysyä stabiilisti assosioituneina radiotaajuuksilla ja toimia ytimipisteenä toimivaltaiselle holoentsyymille. Yksimolekyyliset in vitro -tutkimukset ovat osoittaneet, että Pol III *: lla on korkea radiotaajuuden vaihtuvuus ylimääränä, mutta se pysyy stabiilisti yhteydessä replikaatiohaarukoihin, kun konsentraatio on rajoittava. Toinen yksimolekyylitutkimus osoitti, että DnaB-helikaasiaktiivisuus ja juosteen pidennys voivat edetä irronnut, stokastinen kinetiikka.

Pol IVEdit

E. colissa DNA-polymeraasi IV (Pol IV) on virhealtista DNA-polymeraasia, joka osallistuu kohdistamattomaan mutageneesiin. Pol IV on perhe-Y-polymeraasi, jota ilmentää dinB-geeni, joka kytketään päälle replikointihaarassa pysähtyneiden polymeraasien aiheuttaman SOS-induktion kautta. SOS-induktion aikana Pol IV -tuotanto kasvaa kymmenkertaisesti ja yksi toiminnoista tänä aikana on häiritä Pol III -holoentsyymiprosessivuutta. Tämä luo tarkistuspisteen, lopettaa replikaation ja antaa aikaa korjata DNA-vauriot asianmukaisen korjausreitin kautta. Pol IV: n toinen tehtävä on suorittaa translesionisynteesi pysähtyneessä replikaatiohaarukassa, esimerkiksi ohittamalla N2-deoksiguaniiniadduktit nopeammin kuin vahingoittumattoman DNA: n transversointi. Soluilla, joista puuttuu dinB-geeni, on suurempi DNA-vahingollisten aineiden aiheuttama mutageneesin määrä.

Pol VEdit

DNA-polymeraasi V (Pol V) on Y-perheen DNA-polymeraasi, joka osallistuu SOS-vasteen ja translesionisynteesin DNA-korjausmekanismit. Pol V: n transkriptio umuDC-geenien kautta on erittäin säänneltyä tuottamaan vain Pol V: tä, kun solussa on vaurioitunutta DNA: ta, joka tuottaa SOS-vastauksen. Pysähtyneet polymeraasit saavat RecA: n sitoutumaan ssDNA: han, mikä saa LexA-proteiinin sulamaan. LexA menettää sitten kykynsä tukahduttaa umuDC-operonin transkriptiota. Sama RecA-ssDNA-nukleoproteiini modifioi posttranslationaalisesti UmuD-proteiinin UmuD-proteiiniksi. UmuD ja UmuD ”muodostavat heterodimeerin, joka on vuorovaikutuksessa UmuC: n kanssa, mikä puolestaan aktivoi umuC: n polymeraasin katalyyttisen aktiivisuuden vaurioituneeseen DNA: han. E. colissa polymeraasi” työkaluvyö ”-mallia pol III: n vaihtamiseksi pol IV: n kanssa pysähtyneessä replikointihaarassa, jossa molemmat polymeraasit sitoutuvat samanaikaisesti β-kiinnittimeen, on ehdotettu. Useamman kuin yhden TLS-polymeraasin osallistumista peräkkäin vaurion ohittamiseen ei kuitenkaan ole vielä osoitettu E. colissa. Lisäksi Pol IV voi katalysoida sekä insertiota että pidennystä suurella hyötysuhteella, kun taas pol V: tä pidetään tärkeimpänä SOS TLS-polymeraasina. Yksi esimerkki on intra-juosteen sisäisen guaniinitymiinin silloituksen ohitus, jossa kahden polymeraasin mutaatio-allekirjoitusten eron perusteella osoitettiin, että pol IV ja pol V kilpailevat juosteen sisäisen silloituksen TLS: stä. p>

Family DEdit

Vuonna 1998 DNA-polymeraasin perhe D löydettiin Pyrococcus furiosuksesta ja Methanococcus jannaschiista. PolD-kompleksi on kahden ketjun heterodimeeri, joita kumpikin koodaa DP1 (pieni oikoluku) ja DP2 (suuri katalyyttinen). Toisin kuin muut DNA-polymeraasit, DP2-katalyyttisen ytimen rakenne ja mekanismi muistuttavat monialayksikköisten RNA-polymeraasien rakennetta ja mekanismia. DP1-DP2-rajapinta muistuttaa eukaryoottisen luokan B polymeraasisinkkisormen ja sen pienen alayksikön liitäntää. DP1, Mre11: n kaltainen eksonukleaasi, on todennäköisesti Pola: n ja ε: n pienen alayksikön edeltäjä, joka tarjoaa oikolukuominaisuudet, jotka ovat nyt kadonneet Eukaryooteissa. Sen N-terminaalinen HSH-domeeni on rakenteeltaan samanlainen kuin AAA-proteiinit, erityisesti Pol III -alayksikkö δ ja RuvB. DP2: lla on luokan II KH-domeeni. Pyrococcus abyssi polD on lämpöstabiilisempi ja tarkempi kuin Taq-polymeraasi, mutta sitä ei ole vielä kaupan. On ehdotettu, että perheen D DNA-polymeraasi kehittyi ensimmäisenä solu-organismeissa ja että viimeisen universaalin solujen esi-isän (LUCA) replikatiivinen polymeraasi kuului perheeseen D.

Eukaryoottinen DNA-polymeraasiEdit

Polymeraasit β, λ, σ, μ (beeta, lambda, sigma, mu) ja TdTEdit

X-perheen polymeraasit sisältävät tunnetun eukaryoottisen polymeraasin pol β (beeta) sekä muita eukaryoottisia polymeraasit, kuten Pol σ (sigma), Pol X (lambda), Pol μ (mu) ja terminaalinen deoksinukleotidyylitransferaasi (TdT). X-perheen polymeraaseja esiintyy pääasiassa selkärankaisissa ja muutamia kasveissa ja sienissä. Näillä polymeraaseilla on erittäin konservoituneita alueita, jotka sisältävät kaksi helix-hiusneula-helix-motiivia, jotka ovat välttämättömiä DNA-polymeraasi-vuorovaikutuksessa. Yksi motiivi sijaitsee 8 kDa: n domeenissa, joka on vuorovaikutuksessa alavirran DNA: n kanssa, ja yksi motiivi sijaitsee peukalon domeenissa, joka on vuorovaikutuksessa alukkeen kanssa.PolB: tä, jota koodaa POLB-geeni, tarvitaan lyhytlaastaisen emäksen poisto-korjaukseen, DNA-korjausreittiin, joka on välttämätön alkyloidun tai hapettuneen emäksen sekä hankauskohtien korjaamiseksi. Pol λ ja Pol μ, joita vastaavasti POLL- ja POLM-geenit koodaavat, ovat osallisena ei-homologisessa päätyliitoksessa, mekanismissa DNA-kaksisäikeisten katkosten liittämiseksi uudelleen vetyperoksidin ja vastaavasti ionisoivan säteilyn vuoksi. TdT ilmentyy vain imukudoksessa ja lisää ”n nukleotidia” kaksoisjuosteisiin katkeamiin, jotka muodostuvat V (D) J-rekombinaation aikana immunologisen monimuotoisuuden edistämiseksi.

Polymeraasit α, δ ja ε (alfa, delta, ja epsilon) Edit

Pol a (alfa), Pol 8 (delta) ja Pol e (epsilon) ovat perheen B polymeraasien jäseniä ja ovat tärkeimmät polymeraasit, jotka liittyvät ydin-DNA: n replikaatioon. Pola-kompleksi (pol-a-DNA-primaasikompleksi) koostuu neljästä alayksiköstä: katalyyttisestä alayksiköstä POLA1, säätelyalayksiköstä POLA2 ja pienestä ja suuresta primaasin alayksiköstä PRIM1 ja PRIM2. Kun primaasi on luonut RNA-alukkeen, Pola aloittaa replikaation pidentäen aluketta ~ 20 nukleotidilla. Korkean prosessiteettisuutensa vuoksi Pol δ ottaa johtava ja viivästyneen juosteen synteesin Pol a: lta. Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA), joka on DNA-puristin, jonka avulla Pol 5: llä on prosessiteetti. Pol e koodaa POLE1, katalyyttinen alayksikkö, POLE2 ja POLE3 geeni. On raportoitu, että PolE: n tehtävänä on pidentää johtavaa juosetta replikaation aikana, kun taas Pol 5 replikoi ensisijaisesti viivästyneen juosteen; Viimeaikaiset todisteet viittaavat kuitenkin siihen, että Pol 5: llä voi olla rooli myös DNA: n johtavan juosteen replikoinnissa. Pol ε: n ”C-terminaalisen” polymeraasijäännös ”-alueen katsotaan olevan välttämätön solujen elinvoimaisuudelle huolimatta siitä, että se on tarpeeton polymeraasiaktiivisuuden kannalta. C-terminaalisen alueen uskotaan tarjoavan tarkistuspisteen ennen anafaasiin pääsyä, antavan stabiilisuuden holoentsyymille, ja lisää proteiineja replikaation aloittamiseksi tarvittavaan holoentsyymiin. Pol e: llä on suurempi ”kämmen” -domeeni, joka tarjoaa korkean prosessiteetin riippumatta PCNA: sta.

Verrattuna muihin perheen B polymeraaseihin oikolukemisesta vastaava DEDD-eksonukleaasiperhe on inaktivoitu Pol a: ssa. Pol ε on ainutlaatuinen siinä mielessä, että sen C-terminaalissa on kaksi sinkkisormidomeenia ja toisen perheen B polymeraasin passiivinen kopio. Tämän sinkkisormen läsnäololla on vaikutuksia Eukaryotan alkuperään, joka tässä tapaus sijoitetaan Asgard-ryhmään archaeal B3 -polymeraasin kanssa.

Polymeraasit η, ι ja κ (eta, iota ja kappa) Edit

Pol η (eta), Pol ι ( iota) ja PolK (kappa) ovat perheen Y DNA-polymeraaseja, jotka ovat mukana D: ssä NA-korjaus translesionisynteesillä ja koodattu geenien POLH, POLI ja POLK vastaavasti. Perheen Y jäsenillä on viisi yleistä motiivia, jotka auttavat sitomaan substraatin ja alukkeen pään, ja ne kaikki sisältävät tyypillisiä oikean käden peukalon, kämmenen ja sormen domeeneja, joihin on lisätty domeeneja, kuten pikkusormi (LF), polymeraasiin liittyvä domeeni (PAD) tai ranne. Aktiivinen paikka on kuitenkin erilainen perheenjäsenten välillä korjattavien erilaisten leesioiden vuoksi. Perheen Y polymeraasit ovat matalan tarkkuuden polymeraaseja, mutta niiden on osoitettu tekevän enemmän hyötyä kuin haittaa, koska polymeraasiin vaikuttavat mutaatiot voivat aiheuttaa erilaisia sairauksia, kuten ihosyöpää ja Xeroderma Pigmentosum Variant (XPS). Näiden polymeraasien merkityksen osoittaa se tosiasia, että DNA-polymeraasia ri koodaavaan geeniin viitataan XPV: nä, koska tämän geenin menetys johtaa Xeroderma Pigmentosum -varianttiin. Polr on erityisen tärkeä ultraviolettisäteilystä johtuvien DNA-vaurioiden tarkan translesionisynteesin mahdollistamiseksi. Pol κ: n toiminnallisuutta ei ymmärretä täysin, mutta tutkijat ovat löytäneet kaksi todennäköistä toimintoa. Polk: n uskotaan toimivan tietyn emäksen jatkeena tai inserterinä tietyissä DNA-vaurioissa. Kaikki kolme translesionisynteesipolymeraasia, yhdessä Rev1: n kanssa, rekrytoidaan vaurioituneisiin vaurioihin pysähtyneiden replikatiivisten DNA-polymeraasien kautta. Vaurioiden korjaamiseen on kaksi polkua, joiden perusteella tutkijat päättelevät, että valittu reitti riippuu siitä, mikä säie sisältää vaurion, johtava vai viivästynyt säie.

Polymerases Rev1 ja ζ (zeta) Edit

Pol ζ toinen B-perheen polymeraasi koostuu kahdesta Rev3-alayksiköstä, katalyyttisestä alayksiköstä, ja Rev7: stä (MAD2L2), joka lisää polymeraasin katalyyttistä toimintoa ja osallistuu transleesiosynteesiin. Pol ζ: sta puuttuu 3 ”- 5” eksonukleaasiaktiivisuus, se on ainutlaatuinen siinä mielessä, että se voi pidentää alukkeita terminaalisten ristiriitojen kanssa. Rev1: llä on kolme mielenkiintoista aluetta BRCT-domeenissa, ubikitiiniä sitovassa domeenissa ja C-terminaalisessa domeenissa, ja sillä on dCMP-transferaasikyky, mikä lisää deoksisytidiiniä vastakkaisiin leesioihin, jotka pysäyttäisivät replikatiiviset polymeraasit Pol 5 ja Pol e.Nämä pysähtyneet polymeraasit aktivoivat ubikvitiinikomplekseja, jotka puolestaan erottavat replikaatiopolymeraasit ja rekrytoivat Pol ζ: n ja Rev1: n. Pol Pol ja Rev1 lisäävät yhdessä deoksisytidiiniä ja Pol ζ ulottuu vaurion ohi. Vielä määrittelemättömän prosessin kautta Polζ hajoaa ja replikaatiopolymeraasit assosioituvat uudelleen ja jatkavat replikaatiota. Pol ζ: tä ja Rev1: tä ei tarvita replikaatioon, mutta REV3-geenin menetys orastavassa hiivassa voi lisätä herkkyyttä DNA: ta vahingoittaville aineille replikaatiohaarukoiden romahtamisen takia, kun replikaatiopolymeraasit ovat pysähtyneet.

TelomeraseEdit

Telomeraasi on ribonukleoproteiini, joka toimii replikoimaan lineaaristen kromosomien päitä, koska normaali DNA-polymeraasi ei voi replikoida päitä tai telomeereja. Kaksisäikeisen kromosomin yksijuosteinen 3 ”uloke sekvenssillä 5” -TTAGGG-3 ”rekrytoi telomeraasia. Telomeraasi toimii kuten muutkin DNA-polymeraasit pidentämällä 3” päätä, mutta toisin kuin muut DNA-polymeraasit, telomeraasi ei vaadi malli. TERT-alayksikkö, esimerkki käänteistranskriptaasista, käyttää RNA-alayksikköä muodostamaan alukkeen ja templaatin liitoksen, joka antaa telomeraasille mahdollisuuden pidentää kromosomin päiden 3 ”päätä. Telomeerien koon asteittainen pieneneminen monien replikaatioiden seurauksena käyttöiän uskotaan liittyvän ikääntymisen vaikutuksiin.: 248–249

Polymeraasit γ, θ ja ν (gamma, teeta ja nu) Muokkaa

Lisätietoja: DNA-polymeraasi nu

Pol γ (gamma), Pol θ (teeta) ja Pol ν (nu) ovat perheen A polymeraaseja. POLG-geenin koodaaman Pol γ: n ajateltiin pitkään olevan ainoa mitokondrioiden polymeraasi. Viimeaikaiset tutkimukset osoittavat, että ainakin Pol-beeta (beta), perhe X -polymeraasi, on läsnä myös mitokondrioissa. Pol γ sisältää C-pään polymeraasidomeenin ja N-pään 3 ”-5” eksonukleaasidomeenin, jotka ovat kytketty linkkerialueen kautta, joka sitoo lisälaitteen alayksikön. Lisäalayksikkö sitoo DNA: ta ja sitä tarvitaan Poly: n prosessiteettisuuteen. Kytkentäalueen pistemutaatio A467T on vastuussa yli kolmanneksesta kaikista Pol y: hen liittyvistä mitokondrioiden häiriöistä. Vaikka monia PolQ-homologeja, joita POLQ-geeni koodaa, löytyy eukaryooteista, sen toimintaa ei ymmärretä selvästi. Aminohapposekvenssi C-päässä luokittelee Pol θ: n perheen A polymeraasiksi, vaikka Pol θ: n virhetaso liittyy läheisemmin perheen Y polymeraaseihin. Pol θ pidentää yhteensopimattomia alukepäätteitä ja voi ohittaa hankauskohdat lisäämällä nukleotidin. Sillä on myös deoksiribofosfodiesteraasi (dRPaasi) -aktiivisuutta polymeraasidomeenissa ja se voi osoittaa ATPaasiaktiivisuutta lähellä ssDNA: ta. Pol v v (nu): n katsotaan olevan vähiten tehokas polymeraasientsyymeistä. DNA-polymeraasi nu: lla on kuitenkin aktiivinen rooli homologian korjautumisessa soluvasteissa ristilinkkeihin, ja se täyttää roolinsa kompleksina helikaasin kanssa.

Kasvit käyttävät kahta A-perheen polymeraasia kopioimaan sekä mitokondrion että plastidin genomit. Ne ovat samanlaisia kuin bakteerien Pol I kuin mamallian Pol γ.

Käänteinen transkriptaasiEdit

Retrovirukset koodaavat epätavallista DNA-polymeraasia, jota kutsutaan käänteiskopioijaksi, joka on RNA-riippuvainen DNA-polymeraasi (RdDp), joka syntetisoi DNA: n RNA-templaatista. Käänteistranskriptaasiperhe sisältää sekä DNA-polymeraasifunktionaalisuuden että RNaasiH-funktionaalisuuden, joka hajottaa RNA-emäksen pariksi DNA: ksi. Esimerkki retroviruksesta on HIV: Käänteistranskriptaasia käytetään yleisesti RNA: n monistuksessa tutkimustarkoituksiin. RNA-templaattia käyttämällä PCR voi käyttää käänteistranskriptaasia, mikä luo DNA-templaatin. Tätä uutta DNA-templaattia voidaan sitten käyttää tyypilliseen PCR-monistukseen. Tällaisen kokeen tuotteet ovat siis monistettuja RNA: n PCR-tuotteita.

Jokainen HIV-retroviruspartikkeli sisältää kaksi RNA-genomia, mutta infektion jälkeen kukin virus tuottaa vain yhden proviruksen. Infektion jälkeen käänteiskopiointiin liittyy mallinvaihto kahden genomikopion välillä (kopiovalinnan rekombinaatio). Jokaisessa replikaatiosyklissä tapahtuu 5 – 14 rekombinaatiotapahtumaa per genomi. Mallikytkentä (rekombinaatio) näyttää olevan välttämätöntä genomin eheyden ylläpitämiseksi ja korjausmekanismina vahingoittuneiden genomien pelastamiseksi.

Bacteriophage T4 DNA-polymeraasiEdit

Bakteriophage (faagi) T4 koodaa DNA-polymeraasia joka katalysoi DNA-synteesiä 5′-3′-suunnassa. Faagipolymeraasilla on myös eksonukleaasiaktiivisuus, joka toimii 3 ’- 5’ suunnassa, ja tätä aktiivisuutta käytetään vasta asetettujen emästen oikolukemiseen ja muokkaamiseen. Lämpötilaherkän DNA-polymeraasin kanssa faagimutantin, kun sitä kasvatettiin sallivissa lämpötiloissa, havaittiin rekombinoituvan taajuuksilla, jotka ovat noin kaksi kertaa korkeammat kuin villityypin faagilla.

Ehdotettiin, että faagin DNA-polymeraasin mutaatiomuutos voi stimuloida templaattisäikeiden vaihtamista (kopiovalinnan rekombinaatio) replikaation aikana.

Write a Comment

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista. Pakolliset kentät on merkitty *