Født i Austinville, Wythe County, Virginia, den 3. november 1793 flyttede Stephen Austin til Missouri i 1798, hvor hans far, Moses Austin, beskæftigede sig med blyminedrift og jordspekulation. Stephen deltog i Colchester Academy i Connecticut og Transylvania University i Kentucky, før han vendte hjem. I Missouri tjente han i statslovgiver fra 1814 til 1820, var direktør for Bank of St. Louis og officer i statsmilitsen og blev aktiv inden for blyminedrift, jordspekulation og fremstilling.
Da panikken i 1819 gjorde familievirksomhederne konkurs, flyttede Austin til Arkansas, hvor han blev udnævnt til distriktsdommer. I august 1820 flyttede han igen og søgte i Louisiana et middel til at tjene penge nok til at tilbagebetale familiens gæld. I New Orleans læste han lov og arbejdede på en avis.
Hans far døde i juni 1821, forlod Austin en nyerhvervet tilladelse til at kolonisere 300 familier i spanske Texas. Han rejste til Mexico City i 1822-1823 for at sikre mexicansk anerkendelse af det spanske tilskud. Dette gjorde han, koloniserede han de 300 familier samt yderligere 750 familier under efterfølgende kontrakter.
Austin var en værdig og tilbageholden mand. En ungkarl, der blev givet til selvanalyse, førte de texanske kolonister af middel til sin stærke personlighed og overbevisende skrifter. Han kortlagde og undersøgte meget af Texas, oversatte mexicanske love, fikserede landsystemet og fungerede som civil og militær forbindelse med de mexicanske myndigheder. Han organiserede også det texanske forsvar mod indianerne.
I 1833 rejste han til Mexico City til r præsenterer det texanske ønske om separat stat. Han blev arresteret på anklager om oprør og fængslet, men aldrig prøvet. Udgivet i 1835 vendte han tilbage til Texas, hvor han sluttede sig til fraktionen, der bekæmpede diktaturet Antonio López de Santa Ana. Ved kampens udbrud blev han chef for de texanske militærstyrker, men i november 1835 blev han sendt til USA for at søge hjælp og senere anerkendelse af uafhængighed.
I slutningen af Texas-revolutionen løb han modvilligt som præsident for den nye republik mod krigshelten, Samuel Houston. Besejret accepterede Austin stillingen som udenrigsminister i Houston administrationen. Han døde den 27. december 1836 af lungebetændelse. Hans stille, effektive lederskab i årene 1821-1836 anerkendes på adskillige måder i Texas; hovedstaden, et amt og et kollegium er navngivet til hans ære. Hans statue i det nationale hovedstad blev placeret der af taknemmelige borgere i Lone Star State.
