Sophies søskende, især hendes ældste bror Hans, som senere blev grundlægger af Weiße Rose, var også medlemmer af ikke-nazister grupper af unge. Disse foreninger delte og udbredte en kærlighed til naturen, udendørs eventyr såvel som musik, kunst og litteratur i den tyske romantik. Oprindeligt set som kompatible med nazistisk ideologi af mange, blev disse alternative grupper langsomt opløst og endelig forbudt i 1936. Hans forblev imidlertid aktiv i en sådan gruppe og blev arresteret i 1937 sammen med flere af Scholl-søskende. Denne anholdelse satte et præg på Sophies samvittighed og begyndte den proces, der til sidst vendte hende fra glad tilhænger af nazisystemet til aktiv modstandskæmper.
Den 1. september 1939 invaderede Hitler Polen og to dage senere, Frankrig og Storbritannien erklærede krig mod Tyskland. De ældre Scholl-brødre blev sendt ud for at kæmpe på fronten. Sophies liv i Ulm ændrede sig også. Hun dimitterede gymnasiet i foråret 1940 og startede en læreplads for at blive børnehagelærer. Til sidst ville hun studere biologi og filosofi. For at blive optaget måtte studerende bruge en periode på at arbejde for staten i Reichsarbeitsdienst (RAD; National Labor Service). Sophies håb om at blive lærer ville give hende mulighed for at erstatte RAD, blev ophævet, og hun måtte i stedet komme ind i tjenesten i foråret 1941. Hun hadede det. Den militærlignende behandling og sindsløvende rutine fik hende til at finde trøst i sin egen åndelighed styret af aflæsninger af teologen Augustinus af flodhesten. Hun skrev sine tanker ned og bemærkede, at hendes “sjæl var sulten” – hun længtes efter et autonomt liv, en ende på krigen og efter lykke med sin kæreste Fritz Hartnagel, som nu kæmpede på østfronten. Hendes tvivl om regimet voksede.
Da hun endelig flyttede til München for at studere biologi og filosofi i maj 1942, var hendes bror Hans, en medicinstuderende ved samme universitet, og nogle af hans venner allerede begyndt at aktivt sætte spørgsmålstegn ved systemet. Som tjeneste på østfronten lærte de om forbrydelserne begået i Polen og Rusland fra første hånd og så elendigheden med egne øjne. De vidste, at de ikke kunne forblive stille. Fra juni 1942 begyndte de at udskrive og distribuere foldere i og omkring München og kaldte deres medstuderende og den tyske offentlighed til handling. Andre medlemmer af deres kreds deltog i bestræbelserne og skrev fire pjecer indtil efteråret samme år. Som studerende havde Sophie set flyers og bifaldt deres indhold såvel som deres forfatteres mod til at tale sandhed til magten. Da hun fandt ud af, at hendes bror var involveret, krævede hun at blive medlem af gruppen. Hun ønskede ikke at forblive passiv længere.
Den hvide rose var en lille indsats med store konsekvenser. Kernen var søskende Hans og Sophie Scholl, deres medstuderende Alexander Schmorell, Willi Graf, Christoph Probst og professor i filosofi og musikvidenskab ved universitetet i München, Kurt Huber. Sammen udgav og distribuerede de seks pjecer, først skrevet på en skrivemaskine og derefter ganget via mimeograf. Først distribuerede de dem kun via mail og sendte dem til professorer, boghandlere, forfattere, venner og andre – gennemgå telefonbøger til adresser og håndskrev hver konvolut. Til sidst distribuerede de tusinder og nåede husstande over hele Tyskland. At erhverve så store mængder papir, konvolutter og frimærker på et tidspunkt med streng rationering uden at skabe mistanke var problematisk, men de studerende lykkedes ved at engagere et bredt netværk af tilhængere i byer så langt nord som Hamborg og så langt sydpå som Wien. Disse netværk blev også aktiveret for at distribuere pjecer, idet de forsøgte at narre Gestapo til at tro, at den hvide rose havde placeringer over hele landet.
Når man læser gruppens foldere i dag, kan man ikke lade være med at tænke på, hvor koldt nøjagtig de var i deres beskyldninger og opfordringer til handling og den magtfulde indsigt, de giver om Nazityskland: Den tredje pjece lyder:
