První funkční období
Když byla Jacksona slavnostně otevřena 4. března 1829, bylo to poprvé za více než čtvrt století že volba nového prezidenta odráží zavržení jeho předchůdce. Stovky, kteří pracovali pro volbu Jacksona, doufali, že by to znamenalo, že úřadující funkcionáři budou nahrazeni přáteli nového prezidenta, a během několika týdnů začal proces odstraňování Jacksonových odpůrců, aby uvolnili cestu příznivcům. O několik let později v americkém Senátu William L. Marcy z New Yorku hájil princip „rotace úřadu“ aforismem: „K vítězům patří kořist.“ Systém takzvaných kořistů však u Jacksona nezačal, ani tuto praxi nevyužíval tak rozsáhle, jak bylo účtováno. Za osm let jako prezident Jackson odstranil méně než pětinu všech federálních funkcionářů.
Jackson byl ve svém špatném zdravotním stavu, když se stal prezidentem, a málokdo věřil, že bude mít sílu nebo chuť hledat druhé funkční období. Otázka nástupnictví proto jistě vzbudila časnou pozornost. Jedním zjevným kandidátem byl viceprezident John C. Calhoun z Jacksonova rodného státu Jižní Karolína. Dalším byl Martin Van Buren, Jacksonův první ministr zahraničí. Harmonie nové správy byla od počátku narušena soupeřením mezi Calhounem a Van Burenem. Jackson se navíc v roce 1830 dozvěděl, že během debat v kabinetu v roce 1818 Calhoun naléhal, aby byl Jackson za jeho invazi na Floridu odsouzen. V té epizodě Jackson zajal španělské pevnosti u St. Marks, Pensacola a několika dalších městech a získal okolní území pro USA. Zajal také dva britské poddané, Alexandra Arbuthnota a Roberta Ambristera, a pověsil je. Jackson, ačkoli byl pro tuto akci považován za hrdinu v mnoha částech země, byl Kongresem ostře kritizován. Calhoun byl nejvýznamnějším z těchto kritiků a Jackson dospěl k závěru, že mu už nemůže věřit. Od té doby byl Van Buren obecně považován za pravděpodobného nástupce Jacksona ve funkci prezidenta.
Spor mezi Jacksonem a Calhounem převzal zásadní význam v roce 1830, kdy Calhoun otevřeně zastával příčinu Jižní Karolíny v opozici vůči vysokému ochrannému tarifu. Pocit v Jižní Karolíně byl tak intenzivní, že skryté hrozby, že se stát pokusí zabránit výběru cla v rámci svých hranic. Otázka tarifu se však nevyřešila až do roku 1832, kdy vůdci Kongresu hledali kompromis v podobě mírného snížení cla. Jižní Karolína byla ne spokojen a v odpovědi přijal rezoluci prohlašující celní sazby z let 1828 a 1832 za neplatné a zakazující vymáhání buď v rámci jejích hranic po 1. únoru 1833. Jackson výzvu přijal, odsoudil teorii anulace a požádal Kongres o autoritu k odeslání jednotky do Jižní Karolíny k prosazení zákona. Prezident věřil, že tarif je příliš vysoký, a vyzval Kongres, aby snížil sazby, které přijal před několika měsíci. 1. března 1833 zaslal Kongres prezidentovi dva doprovodné účty. Jedno snížené celní clo na mnoho položek. Druhý, běžně nazývaný Force Force, zmocnil prezidenta k použití ozbrojených sil k prosazování federálních zákonů. Jižní Karolína zrušila své nařízení o zrušení platnosti, ale zároveň prohlásila zákon o platnosti za neplatný.
Bez ohledu na motivy si Jackson zachoval integritu Unie proti nejzávažnější hrozbě, které dosud čelila. Naproti tomu byl pozoruhodně spokojený, když se Gruzie vzepřela federální vládě. V roce 1829 Gruzie rozšířila svou jurisdikci na přibližně 9 000 000 akrů půdy (4 000 000 hektarů) půdy, která ležela v jeho hranicích, ale stále byla obsazena indiány Cherokee. Indiáni, kteří získali titul Cherokees k zemi, na které bylo objeveno zlato, zaručena smlouvou s USA, se odvolali k federálním soudům. Ve dvou samostatných případech Nejvyšší soud rozhodl proti Gruzii, ale Gruzie tato rozhodnutí ignorovala a pokračovala v prosazování své jurisdikce na území požadovaném Cherokees. Na rozdíl od své silné reakce proti vzdoru federální autority v Jižní Karolíně se Jackson nepokusil omezit Gruzii a jeho blízcí měli jistotu, že sympatizuje s postojem tohoto státu. Říká se, že soukromě prohlásil: „John Marshall učinil své rozhodnutí, teď ať ho prosadí!“ Jacksonova podpora Nejvyššího soudu zůstává nesmazatelnou skvrnou jeho záznamu.
Cherokee, ponechaní bez možnosti volby, podepsali v roce 1835 další smlouvu, která se vzdala své půdy výměnou za pozemky na indickém území západně od Arkansasu O tři roky později, poté, co je zabral generál Winfield Scott, bylo asi 15 000 Čeroků donuceno vydat se na západ, většinou pěšky, na cestu, která se stala známou jako Stezka slz. Na cestě, během zimy a vlhká zima, téměř čtvrtina z nich zemřela na hlad, nemoci a vystavení.
Situace Cherokee byla důsledkem politiky Jacksonovy vlády vůči indiánským národům, které žily na východ od Mississippi (zejména na jihu st) na pozemcích, které byly žádány pro bílé osídlení. Zákon o indickém stěhování z roku 1830 oprávnil Jacksona udělit těmto indiánským kmenům nevypořádanou západní prérijní zemi výměnou za jejich vlast. Když členové takzvaných pěti civilizovaných kmenů, včetně Cherokeesů, odmítli se přestěhovat, byl použit vojenský nátlak k vynucení souladu. Ještě neochotnější opustit svůj domov na Floridě byli Seminolové, kteří by odolali přesídlení ve druhé seminolské válce (1835–1842).