Erin Bruner, uma ambiciosa advogada que busca se tornar uma sócia sênior de seu escritório de advocacia, trata do caso do Padre Richard Moore, um padre diocesano católico acusado de homicídio negligente após um tentativa de exorcismo da estudante Emily Rose, de 19 anos. Enquanto a arquidiocese quer que Moore se declare culpado para minimizar a atenção pública do crime, Moore se declara inocente. Durante o julgamento, as declarações das testemunhas são visualizadas por meio de flashbacks. O promotor Ethan Thomas interroga vários médicos e neurologistas para estabelecer uma causa médica pela morte de Emily, particularmente epilepsia e esquizofrenia. Emily abandonou os estudos universitários depois de ser constantemente acometida por delírios e espasmos musculares às 3h. Ela voltou para a casa dos pais “e foi tratada com medicamentos para epilepsia e psicose. Moore foi consultada quando sua condição não melhorou e sua avaliação e observações o levaram à conclusão de que Emily estava sendo possuída por um demônio. Com o consentimento dos pais de Emily, Moore submeteu Emily a um exorcismo que acabou falhando. Moore presumiu que os medicamentos de Emily eram os culpados pela expulsão malsucedida, pois paralisaram a atividade cerebral de Emily e mantiveram o demônio fora de alcance.
Moore, querendo contar a história de Emily, relata depoimento quando é chamado para o banco das testemunhas. Bruner começa a experimentar fenômenos sobrenaturais em casa, acordando às 3h com o cheiro de material queimado. Moore avisa que ela pode ser um alvo para os demônios, revelando que ele também passou por experiências semelhantes fenômenos na noite em que estava preparando o exorcismo. Bruner apóia Moore convocando a antropóloga Sadira Adani para testemunhar sobre as crenças em torno da possessão espiritual de várias culturas, mas Thomas descarta suas alegações como absurdas. Graham Cartwright, um médico que participou do exorcismo, dá Bruner uma fita cassete na qual o exorcismo foi gravado, e Moore apresenta a gravação como prova. O testemunho de Cartwright para autenticar o exorcismo e refutar o caso médico da acusação é prevente d quando ele é repentinamente atropelado por um carro. A distraída Bruner se retira para seu escritório, onde seu chefe a ameaça com demissão se ela permitir que Moore testemunhe novamente. Bruner visita Moore em sua cela, onde a convence a permitir que ele conte o resto da história de Emily, apesar da ameaça de seu chefe.
No dia seguinte, Moore volta ao banco das testemunhas e lê uma carta que Emily escreveu antes de morrer. Na manhã seguinte ao exorcismo, Emily foi visitada pela Virgem Maria em um campo perto de sua casa e teve a opção de subir ao céu. No entanto, Emily optou por suportar seu sofrimento e mais tarde recebeu estigmas em suas mãos. Thomas não interpreta as marcações como um sinal divino, mas sim como traços de ferimentos autoinfligidos. O júri finalmente chega a um veredicto de culpado, mas surpreende o tribunal ao pedir ao juiz Brewster que dê uma sentença de tempo cumprido. Embora momentaneamente chocado com a sugestão, Brewster acaba aceitando, e Moore está livre para ir. Bruner recebe uma oferta de parceria em sua empresa, mas recusa. Mais tarde, Moore e Bruner fazem uma visita ao túmulo de Emily, e Moore afirma que chegará o momento em que Emily será declarada santa.
