Massacre e mais conflito
Às duas da manhã de 24 de agosto, dia de São Bartolomeu, 1572, tropas católicas se moveram para matar Coligny feridos e outros líderes huguenotes. Por fim, todo o senso de ordem se desfez; saques e combates eclodiram em Paris, e mais de dois mil homens, mulheres e crianças morreram. Catherine teria ordenado os ataques, mas isso nunca foi completamente provado. Outra guerra civil começou, mas por uma estranha reviravolta nos acontecimentos, a liderança do partido huguenote agora caiu sobre o filho mais novo de Catarina, Francisco, duque de Alençon. Colocando-se à frente das forças protestantes e sonhando com uma coroa, ele declarou que seu irmão mais velho, Henrique, que acabara de ser eleito para o trono da Polônia, não estava mais disponível para governar a França.
A partida do terceiro filho de Catarina, Henrique, para assumir o trono da Polônia levou outro levante huguenote. Com sua energia usual, Catherine organizou forças para impedi-lo e, com sua habitual determinação, testemunhou as execuções de seus líderes. Ela também testemunhou a morte de seu filho, o rei Carlos, de vinte e quatro anos. Ela se lembrou de seu favorito, Henry, para assumir como rei. Henrique III foi coroado em 1575 e casado, mas não teve filhos que eventualmente assumiriam o trono. Ele também teve desentendimentos com a família Guise, o que complicou as coisas. Catarina pediu a Henrique que resolvesse suas diferenças com a família Guise em prol da segurança nacional e católica.
Catarina permaneceu politicamente ativa até o fim de sua vida, viajando pela França em nome de Henrique e tentando manter a lealdade de seus muitos territórios devastados pela guerra. Ela também construiu uma enorme coleção de livros e pinturas , e ela construiu ou ampliou alguns dos melhores edifícios de Paris. Em 1589 ela adoeceu enquanto dançava no casamento de uma de suas netas. Ela morreu em 5 de janeiro, vivendo apenas o tempo suficiente para ouvir que os guarda-costas de Henrique assassinaram Guise, o que ela viu como uma rejeição de seu filho por tudo pelo que ela havia trabalhado. Mais tarde naquele ano, Henrique III foi assassinado. Em outra reviravolta , foi o príncipe huguenote Henrique de Navarra que assumiu o trono; ele não conseguiu sentar-se nele até que adotou a fé católica em 1593 com a famosa observação: “Paris vale uma missa”.
