Przed utworzeniem Kapitolu Zgromadzenie Ustawodawcze korzystało z budynku delegatury prowincji, w którym obecnie mieści się Departament Stanu. Pomysł budowy stolicy został po raz pierwszy przedstawiony przez byłego komisarza ds. Rezydenta Luisa Muñoza Rivera w 1907 roku i częściowo miał na celu zademonstrowanie pewnego stopnia cywilnych rządów na wyspie, która w tym czasie była kolonią Stanów Zjednoczonych. Projekt zaproponowany przez Muñoza Rivera przeznaczył 3 miliony dolarów na budowę i ustanowił zasady konkursu między architektami, aby zdecydować, która z nich wykona pracę.

We wrześniu 1907 roku komisarz do spraw wewnętrznych Laurence Grahame wysłał oficjalną prośbę dla architektów za pośrednictwem prasy i czasopism w Stanach Zjednoczonych. Budynek miał posiadać trzy główne instalacje: Radę Wykonawczą, Izbę Delegatów i Sąd Najwyższy. Miał być prosty, konserwatywny i odpowiedni do warunków pogodowych panujących na wyspie. Nadesłano 134 projekty architektoniczne z USA, Kuby, Kanady, Francji, Hiszpanii i Portoryko.

Ocena za propozycjami odpowiadali William F. Willoughby (przewodniczący Rady Wykonawczej), José de Diego (przewodniczący Izby reprezentowany przez Luisa Muñoza Rivera), José S. Quiñones (prezes Sądu Najwyższego) i Laurence Grahame. Do komisji zaproszono również trzech amerykańskich architektów: EB Homerde, Johna E. Howe’a i Bowen Bancroft Smith. Ostatecznie wybrano trzy projekty, należące do Franka E. Perkinsa (Nowy Jork), Jamesa H. Ritchiego i Lewis B. Abbot (Boston) i Henry L. Beadle (Nowy Jork).

Ostatecznie wybrany projekt był projektem Franka E. Perkinsa, który prezentował styl neoklasyczny z niewielkimi zdobieniami. Główne sale były zorganizowane wokół patio centralne, z południową fasadą prowadzącą do holu. Hol miał kopułę powyżej, która przypominała styl rzymskiego Panteonu, łącznie z oculusem. Po prawej stronie byłaby sala posiedzeń Rady Wykonawczej, a po lewej sala posiedzeń Izby Delegatów. Sąd Najwyższy zbierał się w sali wychodzącej na północ.

Jednak Luis Muñoz Rivera i lokalna prasa woleli inny projekt, który został zdyskwalifikowany przez komisję oceniającą, ponieważ architekt umieścił w planach hasło, co było zabronione. Projekt należał do portorykańskiego inżyniera Carlosa del Valle Zeno. Projekt Del Valle prezentował styl renesansowy, z neoklasycystycznymi porządkami.

Perkins został zatrudniony wbrew opinii publicznej do wykonania planów budowy Kapitolu, które następnie zostały sprzedane na aukcji. Dopiero w 1920 r. projekt został powtórzony, gdy komisarz ds. wewnętrznych Guillermo Esteves opublikował nowy projekt. Zmiana nastąpiła po rewizji dokonanej przez Departament Wnętrz, która uznała projekt Perkinsa za niewłaściwy. Pod nadzorem architektów Adriana C. Finlaysona, Francisco Roldána i Pedro de Castro wykonano nowe projekty w stylu renesansowym.

Budowa budynku rozpoczęła się ostatecznie w 1921 roku pod kierownictwem Antonio R. Barceló. Jednak budowa została wstrzymana po ukończeniu pierwszego poziomu. Gdy Finlayson zachorował, zastąpił go Rafael Carmoega, który wraz z architektami Joseph O „Kelly, William Schimmelpfennig, Harry Pembleton, Albert Nichols, Luis F. Pina i Gonzalo Fernós Maldonado stworzyli inny projekt wykończenia konstrukcji.

Ich projekt zawierał niektóre elementy z Perkinsa oryginalny projekt, w tym kopuła. Model centralnej konstrukcji i kopuły pochodzi z Biblioteki Low Memorial na Uniwersytecie Columbia.

Budynek został zainaugurowany 11 lutego 1929 r., podczas pierwszego spotkania Legislat ive Assembly odbyła się trzy dni później.

Został wpisany do Krajowego Rejestru Miejsc Historycznych USA w 1977 roku jako El Capitolio de Puerto Rico.