Trzęsienia ziemi i wybuchy pary ogłosiły odrodzenie góry Pinatubo w 1991 roku, zaskakując wielu geologów, ponieważ Pinatubo nie figurował nawet w światowych katalogach wulkany. Ta góra (w tym czasie mająca wysokość 1745 metrów lub 5725 stóp) nie miała klasycznego stożkowego kształtu wulkanu, ponieważ erozja wyrzeźbiła jej szczyt w poszarpany grzbiet ze stromymi zboczami pokrytymi dżunglą i nie ma pisemnego zapisu o żadnym erupcje. Niemniej jednak naukowcy z Filipińskiego Instytutu Wulkanologii i Sejsmologii (PHIVOLCS) bardzo poważnie potraktowali przebudzenie Pinatubo, wiedząc, że im dłuższy odpoczynek między erupcjami, tym bardziej niebezpieczny może być wulkan. Obszar otaczający wulkan obejmował gęsto zaludnione regiony. Clark Air Base, główna baza sił powietrznych USA na Filipinach, również sąsiadowała z wulkanem.
Erupcja rozwijała się w kilku etapach. 15 marca W 1991 r. Rój małych, lokalnie dostrzegalnych trzęsień ziemi rozpoczął się po północno-zachodniej stronie Pinatubo. 2 kwietnia eksplozje pary otworzyły trzy duże otwory parowe i gazowo-siarkowe, czyli fumarole, wzdłuż szczeliny o długości 3 km (1,9 mili). wysoko na północnym zboczu wulkanu. Zalecono ewakuację mieszkańców mieszkających w promieniu 10 km (6 mil) od szczytu. W kwietniu i maju sieć sejsmometrów utworzona przez PHIVOLCS zarejestrowała od 30 do 180 małych trzęsień ziemi na dzień . Pod koniec kwietnia sieć sejsmiczna została rozszerzona we współpracy z US Geological Survey w celu lepszego określenia epicentrów i głębokości trwających trzęsień ziemi. Powietrzne pomiary dwutlenku siarki (SO2) gazowego z fumaroli rozpoczęto 13 maja, a pomiary wykazały wzrost emisji SO2 z 500 ton metrycznych (551 ton amerykańskich) dziennie do ponad 5000 ton metrycznych (5511 ton amerykańskich) dziennie do 28 maja.
1 czerwca rozpoczął się nowy rój trzęsień ziemi na płytkich głębokościach około 1 km (0,6 mili) na północny zachód od szczytu, co wskazuje, że magma tworzy pęknięcia, gdy wymusza otwarcie kanału w kierunku powierzchni z komory magmy pod wulkanem. 3 czerwca niewielka eksplozja oznaczała początek nowego etapu działalności. Drobne, przerywane erupcje popiołu rozpoczęły się w rejonie szczytu, a tiltmeter wysoko po wschodniej stronie wulkanu zaczął się odchylać na zewnątrz. 7 czerwca erupcja pary i popiołu osiągnęła wysokość od 7 do 8 km (4,3 do 5 mil), a następnego ranka obserwator w helikopterze potwierdził, że magma rzeczywiście dotarła na powierzchnię. Od 8 do 12 czerwca nasilały się erupcje popiołu i płytkie trzęsienia ziemi. Poziom alarmu podniesiono do „erupcji w toku”, a promień ewakuacji został rozszerzony do 20 km (12 mil) od szczytu. Około 25 000 mieszkańców opuściło, a baza lotnicza Clark ewakuowała 14 500 osób.
pierwsza poważna erupcja wybuchowa miała miejsce rankiem 12 czerwca; trwała około godziny i wygenerowała kolumnę gazu wulkanicznego i popiołu o wysokości 20 km (12 mil). Promień zagrożenia został zwiększony do 30 km (19 mil), a całkowita liczba ewakuowanych wzrosła do około 60 000 osób. Kolejna poważna eksplozja nastąpiła w nocy 12 czerwca, a następnie pięć kolejnych w ciągu kolejnych dwóch dni. Charakter erupcji zmienił się 14 czerwca wraz ze wzrostem produkcji strumieni piroklastycznych. Obserwacja wulkanu była znacznie utrudniona przez nadejście dużego tajfunu 15 czerwca. Dziesięć blisko położonych erupcji wybuchowych miało miejsce w nocy i rano tego dnia, ale niewiele było widać.
Kulminacyjna erupcja rozpoczęła się wczesnym popołudniem 15 czerwca. Widoczna obserwacja Były niemożliwe z powodu wiatrów i deszczu przyniesionych przez tajfun, ale obserwacje sejsmograficzne, barograficzne i satelitarne zarejestrowały drugą co do wielkości erupcję XX wieku – przekroczoną jedynie przez gigantyczną erupcję Novarupta w 1912 roku w pobliżu góry Katmai na Alasce. Ogromna erupcja Pinatubo typu Plinian trwała około dziewięciu godzin. Po południu warunki wokół wulkanu obejmowały ciemność smolistą, opadający popiół i grudki pumeksu o średnicy do 4 cm (1,6 cala), silne wiatry i ulewne deszcze, błyskawice i trzęsienia ziemi. Silne wstrząsy podłoża były odczuwalne mniej więcej co 10 do 15 minut. Zdjęcia satelitarne pokazały, że uformowała się gigantyczna chmura erupcyjna w kształcie parasola, która miała 400 km (250 mil) średnicy i 34 km (21 mil) wysokości w wierzchołku. Popiół spadający z tej chmury obejmował obszar 7500 km kwadratowych (2900 mil kwadratowych) na głębokość 1 cm (0.4 cale) lub więcej z mokrym, szarym popiołem i pumeksem; maksymalna grubość wynosiła około 50 cm (20 cali) kilka kilometrów na południowy zachód od obszaru wentylacji. Objętość popiołu wynosiła około 5 km sześciennych (1,2 mil sześciennych). Większość z 300 zgonów spowodowanych bezpośrednio przez erupcję była wynikiem zawalenia się dachów i budynków pod ciężarem mokrego popiołu.
Podczas gigantycznej erupcji ogromne przepływy piroklastyczne – mieszanina gorącego popiołu i gazów gęstszych od powietrza – przetarł zboczami Pinatubo aż 16 km (10 mil) od jego starego szczytu. Ten intensywnie gorący popiół przepływa wysterylizowany 400 km kwadratowych (154 mil kwadratowych) ziemi wokół wulkanu, wypełniając doliny osadami wysokotemperaturowymi o grubości nawet 200 metrów (660 stóp). Powodzie wywołane przez deszcze tajfunów spowodowały powstanie luźnego popiołu wulkanicznego i osadów piroklastycznych oraz zlały gęste błoto we wszystkie strumienie i doliny rzek wokół góry. Przez lata po erupcji, gdy ulewne deszcze i powodzie spowodowały erozję grubych osadów piroklastycznych, powtarzające się błoto zasypało miasta i pola uprawne, zniszczyło drogi i mosty oraz wysiedliło ponad 100 000 ludzi.
Szacuje się, że 17 milionów ton Gaz SO2 został wprowadzony do stratosfery przez wysoką chmurę erupcyjną Pinatubo. To utworzyło aerozol drobnych kropelek siarczanu, które wraz z niezwykle drobnym pyłem wulkanicznym okrążyły kulę ziemską w ciągu około trzech tygodni i zmniejszyły promieniowanie słoneczne docierające do powierzchni Ziemi. Ta warstwa mgły stratosferycznej zmniejszyła się w ciągu następnych trzech lat i najwyraźniej spowodowała średnie ochłodzenie ziemskiego klimatu o 0,4 ° C (0,7 ° F) w latach 1992–93.