Cutremurele și exploziile cu abur au anunțat trezirea din nou a Muntelui Pinatubo în 1991, surprinzând mulți geologi, deoarece Pinatubo nici măcar nu era listat în cataloagele lumii vulcani. Acest munte (la acea vreme cu o altitudine de 1.745 metri, sau 5.725 picioare) nu avea forma clasică conică a unui vulcan, deoarece eroziunea își sculptase vârful într-o creastă zdrențuită, cu pante abrupte acoperite de junglă și nu exista nici o înregistrare scrisă a eruptii. Cu toate acestea, oamenii de știință de la Institutul filipinez de vulcanologie și seismologie (PHIVOLCS) au luat trezirea în serios a trezirii lui Pinatubo, știind că cu cât este mai lungă repausul dintre erupții, cu atât mai periculos poate fi un vulcan. Zona din jurul vulcanului a inclus regiuni dens populate. Baza aeriană Clark, o bază majoră a Forțelor Aeriene din SUA din Filipine, a lovit și vulcanul.

Erupția s-a dezvoltat în mai multe etape. La 15 martie, 1991, un roi de cutremure mici, localizabile local, a început pe partea de nord-vest a Pinatubo. Pe 2 aprilie, exploziile cu abur au deschis trei guri de aerisire mari de abur și sulf-gaz, sau fumarole, de-a lungul unei fisuri de 3 km lungime situată pe flancul nordic al vulcanului. Evacuarea locuitorilor care trăiau pe o rază de 10 km (6 mile) a fost recomandată. Până în aprilie și mai, o rețea de seismometre înființată de PHIVOLCS a înregistrat între 30 și 180 de mici cutremure. pe zi . La sfârșitul lunii aprilie, rețeaua seismică a fost extinsă împreună cu Studiul Geologic SUA pentru a oferi o mai bună determinare a epicentrelor și adâncimilor cutremurelor în curs de desfășurare. Măsurătorile aeriene ale gazului de dioxid de sulf (SO2) din fumarole au fost începute pe 13 mai, iar măsurătorile au arătat că emisiile de SO2 cresc de la 500 tone metrice (551 tone scurte) pe zi la mai mult de 5.000 tone metrice (5.511 tone scurte) pe zi până pe 28 mai.

Pe 1 iunie, un nou roi de cutremure a început la adâncimi mici la aproximativ 1 km (0,6 mile) la nord-vest de vârf, indicând faptul că magma crea fracturi, deoarece a forțat să deschidă o conductă spre suprafață din camera magmatică de sub vulcan. Pe 3 iunie, o mică explozie a semnalat începutul unei noi etape de activitate. Erupții minore și intermitente de cenușă au început în zona de vârf și un înclinator înalt pe partea de est a vulcanului a început să se aplece spre exterior. Pe 7 iunie, o erupție de aburi și cenușă a atins o înălțime de 7 până la 8 km (4,3 până la 5 mile), iar a doua zi dimineață, un observator dintr-un elicopter a confirmat că magma a ajuns într-adevăr la suprafață. În perioada 8 – 12 iunie, erupțiile de cenușă și cutremurele de mică adâncime au crescut. Nivelul de alertă a fost ridicat la „erupție în curs”, iar raza de evacuare a fost extinsă la 20 km (12 mile) de la vârf. Aproximativ 25.000 de locuitori au plecat, iar baza aeriană Clark a evacuat 14.500 de persoane.

prima erupție explozivă majoră a avut loc în dimineața zilei de 12 iunie; a durat aproximativ o oră și a generat o coloană de gaz vulcanic și cenușă înaltă de 20 km (12 mile). Raza de pericol a fost mărită la 30 km (19 mile) și numărul total de evacuați a crescut la aproximativ 60.000 de persoane. O altă explozie majoră a avut loc în noaptea de 12 iunie, urmată de încă cinci în următoarele două zile. Caracterul erupțiilor s-a schimbat pe 14 iunie, odată cu creșterea producției de fluxuri piroclastice. Observarea vulcanului a fost mult împiedicat de sosirea unui taifun major în 15 iunie. Au avut loc zece erupții explozive strâns distanțate în cursul nopții și dimineaței acelei zile, dar puține au putut fi văzute.

Erupția climatică a început la începutul după-amiezii din 15 iunie. Observare vizibilă S-au imposibil din cauza vânturilor și ploii aduse de taifun, dar observațiile seismografului, barografului și satelitului au înregistrat cea de-a doua cea mai mare erupție din secolul al XX-lea – depășită doar de gigantica erupție din 1912 Novarupta lângă Muntele Katmai din Alaska. Imensa erupție de tip Plinian a lui Pinatubo a durat aproximativ nouă ore. Până la jumătatea după-amiezii, condițiile din jurul vulcanului includ întuneric intens, cenușă care se încadrează și bucăți de piatră ponce cu diametrul de până la 4 cm (1,6 inci), vânturi puternice și ploi abundente, fulgere și cutremure. Cutremure majore la sol au fost resimțite aproximativ la fiecare 10 până la 15 minute. Imaginile din satelit au arătat că s-a format un nor de erupție gigant, în formă de umbrelă, cu un diametru de 400 km (250 mile) și o înălțime de 34 km (21 mile) la vârful său. Cenușa căzută din acest nor a acoperit o suprafață de 7.500 km pătrați (2.900 mile pătrate) la o adâncime de 1 cm (0.4 inch) sau mai mult cu cenușă umedă, cenușie și piatră ponce; grosimea maximă a fost de aproximativ 50 cm (20 inci) la câțiva kilometri sud-vest de zona de aerisire. Volumul de cenușă a fost de aproximativ 5 km cubi (1,2 mile cubice). Majoritatea celor 300 de decese cauzate direct de erupție au fost rezultatul prăbușirii acoperișurilor și clădirilor din greutatea cenușii umede.

În timpul erupției uriașe, fluxuri uriașe piroclastice – amestecuri de cenușă fierbinte și gaze mai dense decât aerul – a măturat flancurile Pinatubo până la 16 km (10 mile) de vechiul său vârf. Aceste fluxuri de cenușă fierbinte intens au sterilizat 400 km pătrați (154 mile pătrate) de pământ în jurul vulcanului, umplând văile cu depozite la temperaturi ridicate de până la 200 de metri grosime. Inundațiile din ploile taifunului au provocat cenușa vulcanică și depozitele piroclastice și au revărsat fluxuri groase de noroi pe toate cursurile și văile râurilor din jurul muntelui. Ani după erupție, în timp ce precipitațiile abundente și inundațiile au erodat depozitele piroclastice groase, fluxurile de noroi recurente au îngropat orașe și câmpuri agricole, au distrus drumuri și poduri și au deplasat peste 100.000 de oameni.

Se estimează că 17 milioane de tone de Gazul SO2 a fost injectat în stratosferă de norul de erupție ridicat al lui Pinatubo. Aceasta a format un aerosol de mici picături de sulfat care, cu praful vulcanic extrem de fin, au încercuit globul în aproximativ trei săptămâni și au redus radiația solară care a ajuns la suprafața Pământului. Acest strat stratosferic de ceață s-a diminuat în următorii trei ani și se pare că a provocat o răcire medie de 0,4 ° C (0,7 ° F) a climei Pământului în perioada 1992-93.