Erin Bruner, een ambitieuze advocaat die senior partner wil worden in haar advocatenkantoor, neemt de zaak van pater Richard Moore, een katholieke diocesane priester, beschuldigd van doodslag door nalatigheid na een poging tot uitdrijving van de 19-jarige studente Emily Rose. Terwijl het aartsbisdom wil dat Moore schuldig pleit om de publieke aandacht van het misdrijf te minimaliseren, pleit Moore in plaats daarvan niet schuldig. Tijdens het proces worden de verklaringen van de getuigen gevisualiseerd via flashbacks. Aanklager Ethan Thomas ondervraagt verschillende artsen en neurologen om een medische oorzaak vast te stellen. voor de dood van Emily, in het bijzonder epilepsie en schizofrenie. Emily was gestopt met haar studie nadat ze om 3 uur ’s nachts voortdurend werd getroffen door wanen en spierspasmen. Ze keerde terug naar het huis van haar ouders en werd behandeld met medicijnen tegen epilepsie en psychose. Moore werd geraadpleegd toen haar toestand niet verbeterde, en zijn beoordeling en observaties leidden hem tot de conclusie dat Emily bezeten was door een demon. Met de toestemming van Emily’s ouders onderwierp Moore Emily aan een exorcisme dat uiteindelijk mislukte. Moore vermoedde dat de medicijnen van Emily de schuld waren van de mislukte uitzetting, omdat ze Emily’s hersenactiviteit verlamden en de demon buiten bereik hielden.

Moore, die Emily’s verhaal wil vertellen, geeft zijn getuigenis wanneer hij naar de getuigenbank wordt geroepen. Bruner begint thuis bovennatuurlijke verschijnselen te ervaren en wordt om 3.00 uur wakker met de geur van brandend materiaal. Moore waarschuwt haar dat ze mogelijk een doelwit is voor de demonen en onthult dat ook hij soortgelijke ervaringen heeft opgedaan. verschijnselen op de avond dat hij het exorcisme voorbereidde. Bruner steunt Moore door antropoloog Sadira Adani op te roepen om te getuigen over de overtuigingen rond spiritueel bezit uit verschillende culturen, maar Thomas verwerpt haar beweringen als onzin. Graham Cartwright, een arts die bij het exorcisme was Bruner een cassettebandje waarop het exorcisme werd opgenomen, en Moore presenteert de opname als bewijs. Cartwright’s getuigenis om het exorcisme te verifiëren en de medische zaak van de aanklager te weerleggen is prevente d wanneer hij plotseling wordt aangereden door een auto. Een radeloze Bruner trekt zich terug in haar kantoor, waar haar baas haar met ontslag bedreigt als ze Moore toestaat opnieuw te getuigen. Bruner bezoekt Moore in zijn gevangeniscel, waar hij haar overtuigt om hem de rest van Emily’s verhaal te laten vertellen ondanks de dreiging van haar baas.

De volgende dag neemt Moore weer de getuigenbank in en leest voor. een brief die Emily schreef voordat ze stierf. Op de ochtend na de uitdrijving kreeg Emily bezoek van de Maagd Maria in een veld bij haar huis en kreeg ze de keuze om naar de hemel op te stijgen. Emily koos er echter voor om haar lijden te verdragen en kreeg later stigmata op haar handen. Thomas interpreteert de markeringen niet als een goddelijk teken, maar eerder als sporen van zelf toegebracht letsel. De jury komt uiteindelijk tot een schuldig vonnis, maar verrast de rechtbank door rechter Brewster te vragen een straf uit te spreken. Hoewel hij even geschokt is door de suggestie, accepteert Brewster het uiteindelijk, en Moore is vrij om te gaan. Bruner krijgt een partnerschap in haar bedrijf aangeboden, maar weigert. Later brengen Moore en Bruner een bezoek aan het graf van Emily, en Moore zegt dat de tijd zal komen dat Emily heilig verklaard zal worden.