Met betrekking tot de wetenschappen twijfelen sommige mensen aan de betrouwbaarheid van de geschriften van St. Thomas, en de twijfelaars denken aan de fysische en experimentele wetenschappen, want in metafysica wordt erkend dat de scholastici meesters zijn. Leo XIII vestigt de aandacht op de volgende waarheden: (a) De scholastici waren niet tegen onderzoek. Als principe in de antropologie vasthoudend ‘dat de menselijke intelligentie alleen wordt geleid tot de kennis van dingen zonder lichaam en materie door dingen die verstandig zijn, begrepen ze heel goed dat niets meer van nut was voor de filosoof dan ijverig de mysteries van de natuur te onderzoeken, en serieus en constant te zijn in de studie van fysieke dingen ‘(ibid., p. 55) Dit principe werd in praktijk gebracht: St. Thomas, St. Albertus Magnus, Roger Bacon en anderen ‘besteedden veel aandacht aan de kennis van natuurlijke dingen’ (ibid., P. 56). (B) Onderzoek alleen is niet voldoende voor ware wetenschap. ‘Als de feiten zijn vastgesteld, is het is nodig om op te staan en ons toe te leggen op de studie van de aard van lichamelijke zaken, om onderzoek te doen naar de wetten die erop van toepassing zijn en de principes waaruit hun orde en gevarieerde eenheid en wederzijdse aantrekking in verscheidenheid ontstaan ‘(p. 55).
Zullen de wetenschappers van vandaag doen alsof ze betere redeneerders zijn dan St. Thomas, of krachtiger in synthese? Het is de methode en de principes van St. Thomas die Leo XIII aanbeveelt: ‘Als iets te subtiliteit wordt opgevat door de scholastische doktoren, of te onzorgvuldig wordt vermeld; als er iets is dat niet overeenkomt met de ontdekkingen van een latere leeftijd of, kortom, het is op enigerlei wijze onwaarschijnlijk, het komt niet in ons op om dat voor te stellen voor navolging van onze tijd ‘(p. 56). Net zoals St. Thomas in zijn tijd een beweging zag in de richting van Aristoteles en filosofische studies die niet konden worden gecontroleerd, maar wel in de goede richting konden worden geleid en ertoe gebracht de zaak van de waarheid te dienen, zo ook Leo XIII, die in de wereld van zijn tijd een geest van studie en onderzoek die zowel het kwade als het goede zou kunnen voortbrengen, had geen verlangen om het te controleren, maar besloot een moderator en meester voor te stellen die het op de paden van de waarheid zouden kunnen leiden.
Er had geen betere gids kunnen worden gekozen dan de heldere, analytische, synthetische en sympathieke Thomas van Aquino. Zijn buitengewone geduld en eerlijkheid in de omgang met dwalende filosofen, zijn goedkeuring van alles wat waar was in hun geschriften, zijn zachtheid in het veroordelen van wat onjuist was, zijn scherpzinnigheid in het wijzen op de richting van ware kennis in al zijn takken, zijn bekwaamheid en nauwkeurigheid in het uitdrukken van de waarheid – deze eigenschappen markeren hem als een groot meester, niet alleen voor de dertiende eeuw, maar voor altijd. Als iemand de neiging heeft hem te subtiel te vinden, is dat omdat ze niet weten hoe duidelijk, beknopt en eenvoudig zijn definities en onderverdelingen zijn. Zijn twee summae zijn pedagogische meesterwerken en markeren hem als de grootste menselijke leraar. Bovendien behandelde hij fouten die vergelijkbaar zijn met vele die in onze dagen onder de naam filosofie of wetenschap vallen. Het rationalisme van Abelard en anderen riep de stralende en eeuwige principes van St. Thomas op over de ware relaties van geloof en rede. Ontologisme werd stevig weerlegd door St. Thomas bijna zes eeuwen voor de dagen van Malebranche, Gioberti en Ubaghs (zie Summa I: 84: 5) De ware leerstelling over de eerste beginselen en over universalia, gegeven door hem en door de andere grote scholastici, is de beste weerlegging van Kants kritiek op metafysische ideeën (zie bv. “Post. Analyt.” , I, lect. Xix; “De ente et essentia”, c. Iv; Summa I: 17: 3 corp. En ad 2um; I: 79: 3; I: 84: 5; I: 84: 6 corp en ad 1um; I: 85: 2 ad 2um; I: 85: 3 ad 1um, ad 4um; Zie index van “Summa”: “Veritas”, “Principium”, “Universale”). Het moderne psychologische pantheïsme verschilt niet wezenlijk van de theorie van één ziel voor alle mensen die wordt beweerd door Averroës (zie “De unit. Intell.” En Summa I: 76: 2; I: 79: 5). De modernistische dwaling, die de Christus van het geloof onderscheidt van de Christus van de geschiedenis, had als voorloper het Averroïstische principe dat iets waar zou kunnen zijn in de filosofie en onwaar in religie.
In de encycliek “Providentissimus Deus” (18 november 1893) Leo XIII haalt uit de geschriften van St. Thomas de principes en wijze regels die de wetenschappelijke kritiek op de Heilige Boeken zouden moeten beheersen. Uit dezelfde bron hebben recente schrijvers principes getrokken die het meest nuttig zijn bij het oplossen van vragen die betrekking hebben op tot spiritisme en hypnose Moeten we dan concluderen dat de werken van St. Thomas, zoals hij ze verliet, voldoende instructie verschaffen aan wetenschappers, filosofen en theologen van onze tijd? In geen geval. Vetera novis augere et perficere – “Het oude versterken en vervolmaken met behulp van het nieuwe” – is het motto van de restauratie die Leo XIII voorstelt. We rusten.Thomas die vandaag leeft, zou graag alle feiten overnemen en gebruiken die bekend zijn gemaakt door recent wetenschappelijk en historisch onderzoek, maar hij zou zorgvuldig al het aangeboden bewijs afwegen ten gunste van de feiten. Positieve theologie is in onze dagen meer nodig dan in de dertiende eeuw. Leo XIII vestigt de aandacht op de noodzaak ervan in zijn encycliek, en zijn vermaning wordt hernieuwd door Pius X in zijn brief over het modernisme. Maar beide pausen verklaren dat positieve theologie niet mag worden geprezen ten nadele van de scholastische theologie. In de encycliek “Pascendi”, die remedies tegen het modernisme voorschrijft, geeft Pius X, in navolging van zijn illustere voorganger, de eerste plaats aan “Scholastische filosofie, vooral zoals die werd onderwezen door Thomas van Aquino”; St. Thomas is nog steeds “De engel van de scholen”.