Timbuktu, franske Tombouctou, by i det vestlige afrikanske landet Mali, historisk viktig som handelssted på den transsahariske campingvognruten og som et sentrum av islamsk kultur (ca. 1400–1600). Det ligger på den sørlige kanten av Sahara, omtrent 13 kilometer nord for Niger-elven. Byen ble utpekt som et UNESCOs verdensarvliste i 1988. I 2012, som svar på væpnet konflikt i regionen, ble Timbuktu lagt til UNESCOs liste over verdensarv i fare.
Timbuktu ble grunnlagt omkring 1100 e.Kr. som en sesongmessig leir av Tuareg-nomader. Det er flere historier om avledningen av byens navn. I følge en tradisjon ble Timbuktu oppkalt etter en gammel kvinne som var igjen for å overvåke leiren mens Tuareg streifet rundt i Sahara. Navnet hennes (forskjellig gitt som Tomboutou, Timbuktu eller Buctoo) betydde «mor med en stor navle», muligens en navlebrokk eller annen slik fysisk sykdom. Timbuktus beliggenhet ved møtepunktet i ørken og vann gjorde det til et ideelt handelssenter. På slutten av 1200- eller 1300-tallet ble det innlemmet i Mali-imperiet.
På 1300-tallet var det et blomstrende senter for handel med gull og salt over Sahara, og det vokste som et sentrum for islamsk Tre av Vest-Afrikas eldste moskeer – Djinguereber (Djingareyber), Sankore og Sidi Yahia – ble bygd der i løpet av 1300- og begynnelsen av 1400-tallet. Etter en ekstravagant pilegrimsreise til Mekka i 1324, bygde den maliske keiseren Mansa Mūsā den store moskeen ( Djinguereber) og et kongelig residens, Madugu (førstnevnte har siden blitt ombygd mange ganger, og av sistnevnte er det ingen spor igjen). Granada-arkitekten Abū Isḥāq al-Sāḥili fikk da i oppdrag å tegne Sankore-moskeen, rundt hvilken Sankore University var etablert. Moskeen står fremdeles i dag, sannsynligvis på grunn av al-Sāiliis direktiv om å innlemme en treramme i mudderveggene i bygningen, og dermed lette årlige reparasjoner etter regntiden. Tuareg fikk tilbake kontrollen over byen i 1433, men de regjerte fra ørkenen. Selv om Tuaregene innfridde store hyllest og plyndret med jevne mellomrom, fortsatte handel og læring å blomstre i Timbuktu. I 1450 økte befolkningen til rundt 100.000. Byens forskere, hvorav mange hadde studert i Mekka eller i Egypt, teller rundt 25.000.
I 1468 ble byen erobret av Songhai-herskeren Sonni ʿAlī. Han var generelt dårlig innstilt på byens muslimske lærde, men hans etterfølger – den første herskeren i det nye Askia-dynastiet, Muḥammad I Askia i Songhai (regjerte 1493–1528) – brukte den lærde eliten som juridiske og moralske rådgivere. I Askia-perioden (1493–1591) var Timbuktu på høyden av sin kommersielle og intellektuelle utvikling. Kjøpmenn fra Ghudāmis (Ghadamis; nå i Libya), Augila (nå Awjidah, Libya) og mange andre byer i Nord-Afrika samlet seg der for å kjøpe gull og slaver i bytte mot det Sahara-saltet av Taghaza og for nordafrikansk tøy og hester.
Etter at den ble erobret av Marokko i 1591, avviste byen. Dens lærde ble beordret arrestert i 1593 på grunn av mistanke om misfornøyelse; noen ble drept under en resulterende kamp, mens andre ble forvist til Marokko. Enda enda verre, de små marokkanske garnisonene som hadde kommandoen over byen tilbød utilstrekkelig beskyttelse, og Timbuktu ble gjentatte ganger angrepet og erobret av Bambara, Fulani og Tuareg.
Europeiske oppdagelsesreisende nådde Timbuktu tidlig på 1800-tallet. . Den ulykkelige skotske oppdagelsesreisende Gordon Laing var den første som ankom (1826), etterfulgt av den franske oppdagelsesreisende René-Auguste Caillié i 1828.Caillié, som hadde studert islam og lært arabisk, nådde Timbuktu forkledd som araber. Etter to uker reiste han og ble den første oppdagelsesreisende som kom tilbake til Europa med førstehåndskunnskap om byen (rykter om Timbuktus rikdom hadde nådd Europa flere hundre år før, på grunn av historier om Mūsas 1100-tallsvogn til Mekka). I 1853 nådde den tyske geografen Heinrich Barth byen under en fem år lang tur over Afrika. Også han overlevde reisen og publiserte senere en kronikk av sine reiser.
Timbuktu ble erobret av franskmennene i 1894. De restaurerte delvis byen fra den øde tilstanden de fant den i, men ingen forbindelsesbane eller hardovervei ble bygget. I 1960 ble en del av den nylig uavhengige republikken Mali.
Timbuktu er nå et administrasjonssenter i Mali. På slutten av 1990-tallet ble det gjort et restaureringsarbeid for å bevare byens tre store moskeer, som vi re truet av sandinngrep og av generelt forfall. En enda større trussel kom i 2012 da Tuareg-opprørere, støttet av islamske militanter, tok kontroll over den nordlige delen av landet. Tuaregene hevdet territoriet, som inkluderte Timbuktu, som den uavhengige staten Azawad. Imidlertid ble Tuareg-opprørerne fort fortrengt av de islamske militantene, som deretter påtvingte innbyggerne sin strenge versjon av Sharīʾah (islamsk lov). De islamske militantene – særlig en gruppe kjent som Ansar Dine – anså mange av Timbuktus historiske religiøse monumenter og gjenstander for å være avgudsdyrkende, og i den hensikt skadet eller ødela de mange av dem, inkludert graver til islamske hellige som var plassert på Djinguereber og Sidi Yahia-moskeer. Arbeidet med å reparere skadene begynte etter at militantene ble dirigert fra byen tidlig i 2013. Pop. (2009) 54,453.