• 1 Innledning
• 2 Structure
• 3 Function
• 4 3D Structures of Reverse transcriptase

Introduksjon

Reverse transcriptase (RT) eller RNA-avhengig DNA-polymerase transkriberer enkeltstrenget RNA til dobbeltstrenget DNA. HIV-1 RT er fra humant immunsviktvirus og er en heterodimer av P66- og P51-underkjeder. P15 er dets RNAse H-domene. Det er to typer inhibitorer for RT: NNRTI er ikke-nukleosidinhibitorene, og NRTI er nukleoideinhibitorene. Å være proteinet som gir navnet til Retroviruses, er Reverse Transcriptase sammen med Protease og Integrase, den viktigste delen av proteinsystemet som er involvert i prosessen med infeksjon og reproduksjon for virus som HIV, MuLV og AMV. RT har den uvanlige egenskapen å transkribere ssRNA til dsDNA som går mot den sentrale dogmen av molekylærbiologi. Siden oppdagelsen i 1970 har studien av dens egenskaper og virkningsmekanismer vært av høy interesse blant det vitenskapelige samfunnet på grunn av de unike egenskapene som gjør det er et viktig medisinsk målenzym og viktig verktøy for gentekniske applikasjoner som RT-PCR i konstruksjonen av cDNA-biblioteker. Se også

• Transkripsjon og RNA-prosessering
• HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with Nevirapine
• Phl p 2
• AZT-resistent HIV-1 revers transkriptase
• Katalytisk underenhet av T. Castaneum TERT Polymerase.
• Telomerase Reverse Transkriptase
• Reverse Transcriptase (hebraisk)

Reverse Transcriptase er en av CBI-molekylene som studeres ved University of Massachusetts Amherst Chemistry-Biology Interface Program ved UMass Amherst (se HIV Reverse Transcriptase (UMass Chem 423 Student Projects 2011-2)) og utstilt på Molecular Playground.

Struktur

Dette håndlignende proteinet har en vanlig lengde på 1000 rester (560 i kjede A (vist i rødt) og 440 for B (vist i grønt)), en tredjedel av dem involvert i alfa helices og nesten en fjerdedel involvert i beta-ark, og viser α + β-domener. har en vanlig vekt på 66KDa mens den er rundt 51KDa. Disse monomerene er avledet fra det samme genet, men p51 mangler aminosyrene til et aktivt sted og har en annen tertiær strukturkonformasjon sammenlignet med p66. På grunn av dette er p51 enzymatisk inaktiv. Det er fem forskjellige strukturer i p66-underkjeden som brukes til å beskrive funksjonene til RT: fingrene (rester 1–85 og 118–155), håndflaten (rester 86–117 og 156 –236), tommelen (rester 237–318), forbindelsen (319–426) og RNase H (rester 427-enden). Håndflaten inneholder det viktigste aktive stedet (rester 110, 185-186).

Funksjon

Som RNA -avhengig DNA-polymerase, er Reverse Transcriptase i stand til å gjenkjenne det opprinnelige RNA, transkribere det til ssDNA, klyve gjenværende RNA og deretter bygge opp dsDNA. For å gjøre dette har proteinet to aktive katalytiske soner. Kjede A har de som består av to fingerlignende domener: en av dem gjenkjenner den opprinnelige nukleinsyren ved h-bindingsinteraksjoner med fosfatgruppene i sidekjedene, så gjør begge domenene en konformasjonsendring som lukker gjenkjenningshullet for å tillate det andre domenet med støtte et koordineringssystem for å starte transkripsjonsprosessen og legge til de spesifikke DNA-nukleotidene. Denne endringen er tillatt av a mellom de to forrige domenene; det brukes som et vanlig farmasøytisk målsted for å forhindre endring og derfor hemme aktivitet. Denne sonen er den eneste sonen i kjede A som har ikke-konserverte aminosyrer, noe som gir viruset mer medisinresistens. Link til Consurf Data Base for PDB Entry: 1JLB.

Som samme hastighet som polymeriseringsprosessen skjer, et annet aktivt sted kjent som spaltene RNA, og frigjør ssDNA som kommer igjen gjennom det Polymerase-aktive stedet for å bli dsDNA (alt dette med et koordinerende system, som tillater ikke-spesifikk gjenkjenning, bare med fosfater). Til slutt har kjede B, til tross for den lignende aminosyresekvensen med kjede A, ingen enzymatisk aktivitet; dens funksjon er muligens å stabilisere og samhandle med begge aktive nettsteder ved å variere lengden mellom dem for å synkronisere begge funksjonene.

Dette er den mest generelle ideen om virkningsmekanismen til Reverse Transcriptase; prosessen er imidlertid uklar og nye tilnærminger blir rapportert.

En av de viktigste problemene med dette proteinet sammenlignet med vanlig DNA-polymerase (i tillegg til likheten med Klenow-fragmentet), er mangelen på en korreksjonsmekanisme. (vanligvis laget av DNA PolIII i DNA-polymerase); denne mangelen øker antall feil, produserer flere mutasjoner og gir derfor viruset mer fakultativ og motstandsevne.

3D-strukturer for omvendt transkriptase

Omvendt transkriptase 3D-strukturer